HsaINT0186178 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197961 | ZNF121
Description
zinc finger protein 121 [Source:HGNC Symbol;Acc:12904]
Coordinates
chr19:9679678-9695209:-
Coord C1 exon
chr19:9695137-9695209
Coord A exon
chr19:9679759-9695136
Coord C2 exon
chr19:9679678-9679758
Length
15378 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
GTATCTTTCCCTCTGTACAGGAC
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTTTTCCGGCGCTGGCTCCGCATGGTCAGTGCCATTTCGCCTTTATCGTGGTGGAGTCCACCCTGGCTGTG
Seq A exon
GTGAGTTCCGCCTGCTTGGGGATCCCGGAGATAGCGGGGGGCGGCAAAGGAACGATTGGGTGCTGTCGCCCAGGAGCCTCTCCGATCCGCCTCGTTTCACTCTCTTCTCCAGGGGCTGTCGGTCCTCCTTGCGCGGCCAGTGGCTAGAGGCCGCAGGCTCAGTGGGTCCCAGTCAGGAGCCAGGTCGGGAAGTGTGTTTGTCCCGACTCCGCGCGTTTTCTGGAGTGGTTTCATCCGCTGTGCTCCCTTCTTCAAAAGCTTGGAAAGCAACCTTTGTGAGTTTCTTTCTTTCTGAAAGTAAAAGGATTTCTGCCGTTCCAGTCAGGTTGGCTCCGGCCCCGCATTTCCGCGCCTCAGGAACCTGGCGTTTCCGGCATGTTCCTGGTGAACACCTGCAGAAAATTGGTTTCAAGAGGGCTCTGACTTCCATTTCTTTGCTTAAAAATGTCTCGTCTGAGAATCTGGCATTGATGTCCTATTCTTATTTTTGACACATTACTTTCTGATGGAAAAAAAATAGTCGTTTAGGGTGTGCCTATATCTGCATGTAAATATGAACACGTGTAGACTGTGAGCCTTTAGTTTCTTATTTTATTTTCTTGGACTTAATGTTTTTTGTTGTTACCAGCTACAAGCCTTTCTACAAAAGAAAGGCAGGCTGGGCGCGCTGGCTCACGCCTGTAGTCCCAGCCATTTGGGAGGTCGAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGCGATGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAAAAGAGGGAGACTCCGTCTCACACACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAGGCTTGGTGGCAGTCCCCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAACCTGAGAGGCCGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGATGAGAGCGAAACTCCGTCTCAAAAAAGAAAGAAAGGCAATAATACACAGCTGTTGTCTTTATCTGAAGTTCCTAGGTCTGTACCCCCCCACAGAGCTTCAAAACGGGCCCACAGGAAGAAAGGATGGAGGCTTTTGTTTGTTTTTTTCAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGAGTAGCAGGGACAACAGGCATGGGGACCATGCCCAGCTAATTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTTCACCATGCTCGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTAATCCGCCTGACGGCCTCCCAAAGAGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCTCCGCTCCTGGCCAGGATGGAGGCTTTATAATCAGAATATTATTCTAGTATTAGTGTAATAAAGTAGTATCTATTGAATTTATTAACAGCATGTTTAGACTAAGTGTAGTTTTGACATTTTTTTCTGAAAAATTTGATCCTAGGGAAAACTTGAACATCTAACACACCCAGTCTAGTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGCTACCCGGGTCGGGGTGCAGAGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTAATTCTCCTGCCTCCCTAGCATTAGGTGCGTCCATGTGAAGAGACCACCAAACAGGCTTTGTATGAGCAATAAAGCTTTTAATCACCTGGGTGCAGGCAGACTGAGTTCAGAAAAGGAGTCAGCAAAGGGAGATAGGGGTCGGGCAGTTTTATAGGATTTGGGTAGATAGTGGAAAATTACAGTTAAAGGAGGTTGTTCTCTTGCGGGCAGGGGCGGGGATCACAAGGTGCTCAGTGGGGAGCTCCTGAGATTCATTGTCCAGGAGAAGGAATGTCACAAGGTCAATTGATCAGTTAGGTTGGGGCAGGAACAAATCACAATGGTGGAATGTCATCAGTTAAGGCAGGAACTAGCTATTTTCGCTTCTTCTTGTTGTTCTTCAGTTGCTTCAGGCCATCTGGATGTATACGTGCAGGTCACAGGGAGTCTGATGGCTTGGCTTCGGCTCAGAGGCCTGACACCTAGTAGCTGGGACACAGGCACATGCCGCCATGCCCAGCTAATTTTTTTTTGTATTTTAGTAGAGACAAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAATCCTGAGCTCAGGCAGTTCACCTGCTTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGAACACTTACTTTTTGAGCATTGTGCTTGTTTTCTTTCACCTCAGGTAAATACATTTTATGGTGAACAATTTGAGTGTAAATTGAGCATAATTGCACACGTGATACTTGACCTTTAAATACTTGGTAATGCATCGCCTAAAAAAATAGCACTGTCATTCTGAAACCACAATACTAGTATTTCACTTAAATAAAAAATAATAATGTCATCTAATGTCTGCTTTTTATAATAACTAAAATTCTCCGCATTGATTCAACGTATGCTCTTGGATGTTTTTGGGTTTAAGATCCATTCAAGATTTTTACATTGCAATTGTTAATGTTTTCAGTGTCTTTTTACCTAGAACAGTTATTATTGTATATTATATTGACTTTTGGAGAGTCACACTGTGGGATATGAGGATATGATGAGGTTTCTCTTCAAATAATCTCATCAATCTTTTATTCTCTAATTCATAGTACCCCCCCTTTTTCTCCTTTTTTCTCCTTTTTGCCTTTGTTAGATGCCCAGGCATGCCACAGTACAAAGCGTTATCAGTACCAGCTCACATACCTTTCCTTACTTAGAAAGAGGACTTTCTAGCTCACTACAGACATCCCTTCCCCTTCCTCTCCACTTTTCTTCTACGTGCCCACCCTATCTAAAAAAAATCAGGTGTTTCACCAACCGGGATTAGTTTAGATTGTACGACCTGACCCCGGCCAATAGGGAAAGGGTACAGGGGCAGGACTTGCATCAGGAGTAAAGGCTCTCATGCCCCTTTGTTCAGGTGTGCTCTCATGGCAACTGGTCAAGGAGGCACCCCTCTGCACAGAAGTAAAATTGCTTTGCTAAGAATCCTTTGTTCGAGTGTTCAATTTCCTTAGGATTTTGAGCGTTATTCCTAACACTCATTCTCTTAGAAAGTCATACAATCAGATATTTCTGATTGGATTCTCATGGTGTGTGTAAATATTCCTTTATTTCATGCGATTTCCTACAAACTCGGGGTTTTTGGCCTAAAGGAGAAGCTGACAACCTTTGTTTGATAAGGGCTGACAGTATGTACTTCGTGCTTTGGGGACCAGAAAGTCTCAAATTACTCAGATCTGCCTTAGTTACTTCATGTCCCATGATTAGTTGTTCATTCTCTATCGCATGGTAGTGGCAAACCACAACCTGTTTCTCAAAAGAGAAACAGTTAATCTGCACAAGAGGGCATGGATTGACTATGGAATACCAGAGGCCTCTACTCTACATCTTCTGTTGGTGTATGCCAGAGGCTTCCAATAAATAGGATGCCATTTAACATGGACACGTTGAGTATCATTGGGTCTGCTGGATCAGGTGGACCAAGTGCTTGGGAAGCCTGCAGTGCAGCCTGAAATTGCTCTTGTCTACAGTTGAAACTAGAATCCTTACAGGCAACTGTGTGGGGCGTTAAAGCACATACAAATGTATATGTTGCCTCCAAAATTCAAGAGGTTTACGGGTGGTAGCTCTATTGACAGTTCTATTTTTAGTTTTTTGAGAAACCCCCATACTGAGTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTGAGTCTTGCTGGATCACCCAGGCTGGAGGGCAATGGCATAATCATGGCTCATTGCTCGTTTTTAGTGGTAGGTGGTATTAGGTGAAGTAACTTGGAGGGACATCTTGCAGGGAATGTCTTTTTGTAGGGAATGTCTTTACATGATCCAGACAAGGGAATATCTATCTTTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTGAGACTAGTTTTTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAAACTGGGCTTACTGCAAACTCTGCCTCCCGAGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCAACACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTATTGACGAGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACGTCGTGATCCGCCCGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATAACAGGTGTGAGCCACCCGCGCCTGGCTGACAAGGGAATATCTTTACCCACAGACATGGTGGCCCCAGAATCTCCCACCCTCTATTTGAAAATTCAAAAAAAGTTTTTTGATTCATAATAGACGTACATGTTTTCTGAGTACATGTGATAATTTGATGCATTTATATTATCAAATCAGGGTAAGTAGAATATCTGTCACCTTAAATATTTATCCTTTCTTTATTGCAGGAAAATCAAGTTATTCTCTTAGCTGTTTTGAAATGTACAATAGATGAGTGTTAAATGTAGTCACCCTACTGATCTATTGAACACTAGTTCTTATTTCTTCTAACTGTGTATTTTACCCATGAATCAACCTCTCTTTTTTTTCTAGAGACGGAGTCTCACTGTTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGTAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTGGGACTACAGGCGCACGCCACAATTCCCAGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGAGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATT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Seq C2 exon
GACCTATTCAAACTCAGTCTGTCTCTTGACTGGAGGAGGAGAAGGAAAAGTTGAGCACATTGCCAACCGGAGTTCCCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197961-ZNF121:NM_001008727:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)