HsaINT0186994 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr19:52477599-52490079:-
Coord C1 exon
chr19:52490023-52490079
Coord A exon
chr19:52477785-52490022
Coord C2 exon
chr19:52477599-52477784
Length
12238 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
ATTTGCTCTTCAACCCACAGGTT
3' ss Score
11.16
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCAGTTTACGGAAGTGTAACGTTGAGGCCCTTCTTGTGTATCTGGAGAAAATAGAG
Seq A exon
GTCAGTGTGTGGTTTTGTCCCTGAAAGTTTTTTGTCCTAGTTCAGGTTTTGTCTCAGTGGAAGGTTTGGGAGATCTGAGGACGTGGTGTACCCTGGACCACATAGTTTTTGGCAGGAAGACTGGGGAGCGCCGGGGTATAGGCATTTGGGAGGTACCTGGTGGGAGTCTGTGATCCCCCTGTCTGTGGTCCGCGTGCCTTTGGTGTGAGTACAGTGACTAAGGGTCTGTAGTGATCAACGGCCGTGTCCTAACTGTCAAGGTATGGATCACTCTGCTTGTAAAGGATGGAGGTGGCGATTAGGATCGATGCGGCGTCTGCTTCGGGTTCAGGATTTAATTTGGAACTCAGTGATGTTGGAGTCTGGGAGGATGTCCATCGCTGTAGAGTGTCTGGTCCGTGGTTCGGATGAGTAAGAGGCATGGGGCCAGTGTCTGTGGTACAAAGGCTTGTGAGGGCTGAAGCTTTCGAGACTTTGGAGCCCTGGGTCCTGGGTTGAGGTTCGAACCTCGGTTACTGGGGCAAAAGGCGACACAGCCCCCAGCATTAGTTCGAAACCATATATCTACTCTTCTGATCCTTGGGGTGGCTATTTACAGATCGGGGGGTCAAGTTCAGTCATACCCTCCGATTATATATTGTCTATGGCTGCAAAGGCAGCGGTTGAGTTGTTGTGACAGAGACCTCGTGGCCGGCAAAATCGAAAATGTTGCCAACCTCTGCATTCACTTCTTTTATTTTTTATTTATTTTTTTTATTTTTTGAGACGGAGTTTCACTTTTGTCTCCCAGACTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCCCACGCCACCACGCCCGGCTAGTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACCACGTTGGGCAGGTTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCACCTTGGCTTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTCACTTCTTAATATATAGTGAGTGTTGCTTGCCCGCCTTATATTCACACTTTCTTAACAGAATCTCCATTTCGTGAAGTATTCATCCCTGTGGCAAGGCGACCCAAATCCCAGTTTCTTAGTAAGGCCTTGTTGGTCTTAGCCAATCTTGCTGGTTCCAATTGCCATTGCTAGTGATAGGTTTGACATGGAAATGAGCTTAGGCGTATGGTGCAATTCTAGCCAACTATGTATGTGAAAATCTGCCTGGGAGTTTCTGAGGGAGCATTTTCTTTTTTAAATATGTAATTTCTTGAATCTCTTTTTCCATGTTCGTGATGATATCGCCTGAAAATAACATTAATTTTCTGTCTTACTTTGTAATGCTTATAATTCATTCTTATCTTAATGCATTGGCTCAACTTTCCAGTATAAAGTAGGAAAATAGGGTGTTAGTGGACGTTCTTGTTTTATTACCCACCTGTAAAATTCACCCGTTGTGTTGTCTGGAGTTAACACCTTTCCTGGAGGTAAACTGTTTGGTATGGTTGATCTCTTCCTTTACTTTGTTAATTTTTCTACATTTATATATTTTAAATGTACAATTTAATTATCATGGAGGCAATATATGTATAAGCAGTCATTGCCCAGGTCAAGAAATAGAATATGGTCAGCACACCAGTGGTGTTCTGTGAGTCTTTTTCCATTCTCACACCGAAAAGTATTTTAGGCTTTTCTTTATATAATTAATCATTATTTATCATTGTAGTTAATACAGTTTTGCCTATTTTAAACTCTGTATATCAGTGGAATTGTACATCACTCTTTTTTTGTGTCAGCCTTCTTTTGCTCATTATTGGTGAGGGTCTTTCCTGTTGCATCTGAGTATATTTTCTTTGCTCAATGACAAGGATCAGGCGAATTTACAGTAAATATTTTAGGGCTTGCAGGCTACATATGGTCTCTTGCATATGCTAATTTGCTTTTTGTTTTACAGTCTTTCAAAAATGTAAAAAGCATTCTTGCAGGCTGGACCAAAGGTATAATAGGTTTTCTATCACATTCCATTATGTAAAATATAGCAGTTTTTTCTATTATTAATTACATTTGTATTACCTAAAGCTTGTATTATTAAGAATAATGCATGTGTGAAAATTTGTGTAAATGTCTTTTGGTTCATATGTGCTCTCATATGGGGGAGGCAGAGATGTATATCTAGATGTGCACCTCGGAGGAAAATTGCTGCTTCATAGAGTGTGTATAAACTCCGTCTAAATAGATGTCAAACTGTTTTCTAAAGTGGTTGTACCACTTACAGTTCCCCTAGCAGGATATAGTTTGCTTTATAGGGTGCTTTATGTGGCCTCTTTAAAATATCTGGCCATACCCTAATAACATTGAGAGATTCTCCTATATTAATGTTCTTTAAAGCTTTATTGATATGTTTCTACCATTGAAATTGACAGTTGATTCTAAAATGGTTTTTGTGTATGTTGTGAGGGGGGTTTTAACTTTCTGTCCCCATCCCCAGTACCATTTATTGATTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTTTTAGATAGAGTCTTGCTCTCGTCGCCCAGGCTGGAGTGTAGTGGCGTGCTTGGCTCAACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGCTCAAGTGATTCTTGTGCCACGGCCTCCCGAGTAGCTGGAATTACCAGCAGGTGCCACCTTGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGATGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCTGGCTCAAGTGGTCCACCTGCCTGAAGGGGGCCTGCCCCTCCACACCTGTGGGTATTTTTTGCAAGGTGGAAATGAGAGACTGAGAAAAGAAATCAGACACAGAGAGAAAGTACAGAGGAAGAAAAGTGGGCCCAGGGGACTGGTGTTCAGCATATGGGGGACCCACACCGGCACTGGTCTCTGAGTTTTGTTAGTATTTATTGATTACTATTTTTACCATCTTGGTGAGGGGGGTGTGGCAGGACTATAGGGTAATGGTGGGGAGAGGGTCAGTAGGAAAACATGTGAGTAAAGGACTCTGTGTTATAAATAAGTTTAAGGAAAGGTCCTGTGCCTTGATGTGTACGTAGGCCAGATTTATGTTTGACTTTACACAGACATCTTAGTGTAGTAAAGAGTAGTATTGCCGCCAGTATGTCTCACCTTTAGTTATAAGGTGGTTTTCTCCTATCTTAGTAAATAGAATGTATGATTGGGTTTTATACCGGGACATTCCATTCCCAGGGAGGAGCAGGAGACAGATGGCTTTCTCTTATTTTAACTGTAAAGAGGTCTTCCTCTTTCACTAATCCTCCTCAGCACAGACCCTTTACGAGTGTTGGGCTGGGAGATGGTCAGGTTTTTCCCTTCCCACGAGACCATATCTCAGGCTGTATCAGTGGGAGGAAACCTTGGACAATACCCAGGCTTTCTTGGGCAGAGGTCCCTGCGGCCTTCCGCAGTGCATTGTGTCCCTGGGTACTTGAGACTGGAGAATGGTGATGACTTTTACCAAGCATACTGCCTGCAAACACATTTTAACAAAGCACGTCCTGCACAGCCCTAAATCCATTAAACCTTGAGCCAACACAGCACACGTTTCTGAGCACAGGGTTGGGGCTAGGGTTACAGATTAACAGTATCTCAAGACAGAGGAACTTTTCTTTGTACAGATTAAAATGGAGTTTCTTATGTCTTCCTCTTTCTATATAGACACAGTAACAGTCTGATCTCTCTTTCCCCCACACCTTCCTCAGCTTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACGGCGCCCTTAGTTCCATTTATTGAAAAGACAGCTTTTATCTACTTCCCTGTAGTGCTATCATTGCCATTGAGTCTCTATATGTGCTTAATTCTGCTTATAAGGATTTTATTCTGTTCCTTTGTCCTATTTGCCTGTTATTGTACTAATATTGTGCTGTCCTAATTAAAGTAGCTTTATAAGTCCTCATAACTGATATGGCAAGTCTTCTAACTTTTTTTTCAAACTTTAAAAAAAAGTTTATAGCTATTTAAACTTTTCAGTATCAGTTTGGGATTGTGACTGTGATTTCATTGAATCTGTAGATTTGGGAGACTTGACATTTTTAAAATGCTTTGTTTTCCAGCCCATCTTTATAGTACATCTTTGCATTTATTTAAAACTGTTAAAATTTATCTCAGTAAATCTAATTTTAAAAATATATTCGAGTTCTTCTAAATGATATCGTTTATGTCAGCCTAAAAGAGGAAACTGCACAAAATACAATTTTAAAGAGTTTACTTGAGCCAAAATGAGGACAGCTGCCTGGGAAAATACTTTCAGGTTGCCTTGGTTAAGTGCTCTGTTAGGATTTTGTTAGAAACAGGTTTTAAAGTCAAAAGGGAACAAACCGTGAGCTGACATAAAGTTGTTTGGCAAGAATTCTCATTGGTTTACAGAAATAATATCAATTAACAATTGGCTGTACATTGTTAACTATGGGGTTTTATGAGTTAGGATGTCCAGTGAATGGCATTTTATGGCTACTCAGTGTGAGTTAGTCTAGAGCCTACATAGCAAGTGGCTTTAAGAGATAATTATTTAGCTTGAGGGGGAAATGAGATGTGACTATTGTCACATTAAATTTTTTTTTTAGTTTTTAATTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTCAGGGGAACCCCTATCAGAAAGACTGCTGTCACATTTTAATGCCTCTCTAGACCTGATAATTTAAAGGGAGTCACATTCCTCAGATAAAAGATTCATTTCTTTCTCATTTATAAATTTTATTTTGTTTGTTGATGGTCTGTTCTGTCAGTTACTAGGAAAGGTCTGTTAAAGTCTTTAGTCTGAATTTTCTATTTCTTGTTTTTGGTTCTATTTTTTGCTGTATACATTTCAAGACTGTTGTTAGGGGTATACATATGGTGTATT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Seq C2 exon
GTTCTGACTCCTCAGGAGCAAAAAACATAACCTGAAGAGGGAGGAAGTGGATTTGGGGTTCACCATTTCTTGGGGCACACTTGATTGAAAACTGAGACTTCTGAAGAGAAGGCCAGAAGATACAAAGACAGACCATCCCAGTTGAATGCTGTCTTCCAAGAACAGAAGAAAATGATCCAGGCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-ZNF350:NM_021632:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)