HsaINT0187140 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000147124 | ZNF41
Description
zinc finger protein 41 [Source:HGNC Symbol;Acc:13107]
Coordinates
chrX:47326809-47342345:-
Coord C1 exon
chrX:47341858-47342345
Coord A exon
chrX:47327160-47341857
Coord C2 exon
chrX:47326809-47327159
Length
14698 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGAGTGAGT
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
CGAACTTTTCTCTTCCGCAGCAT
3' ss Score
9.36
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGAGGCTCCCCGGTAGGGACGGCCTGAGGCCGAGGGCACCCTGAGGGCGGAAGAGGCAAAGCGCCTCGCCCGCCGGGGCCTCGGAGGTGACTAACTCCTAGAGGCTGCGGCGGAGGGGAGAAGCCTGGTGGTACATTCCATGGCCCAGTGCCTCGGCCACTGGAAAATCCCACAGGGGTATATCGAGTAGGGGACCGCGGGCTCCGCGGCAGAAATGACCGCCCTTCCAAGATGGCGGCTCCCGTAGAGACACTCCCAAGGAGACAGCCATGTTCCTTGCCTGAGAGTCACTGAAGGAAATTGGAAAGCCCGCCTCTCCTTCGACGCACACGCGCACGCGCACGCACGCACCGGCGCGGTGTAAGGGCACCCACCAGGTGTAATTGTGGGCGAGCGGCCGCTTCGGAGCTGACACTAAGCATGTGCAGATCAAGTCCAGAAGCGCCGGGGTTCCTCGAAGCAGTTTTCAGGACTTAAGGCTCTGGGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
CATCCAGCACAGTGAGCGGCCCCTGGGCACCACCAGAAAACATTTGTGAGTGAACGTGGAGTGATGACCATGTGGACACTGTCTTTCCAGGGTTTCTTGGAGCCTCTGCAGAGTCTGGGGGCCAGGCTTCTTAGTGGAAACTGCAGGATCTTCCTTCTGACCCCTGCTTGCCTCGCCCCAGCAGCTCCGGTTGAGTCCACAGATGCCAGCTCAGCTTCCAGCTTGGGGAAGAGTGGGGTTGTCAGCAGGAGAGCCTGAGGGCTGAGGCCCAGCGTGAACATGGCAGCTAATGGGGACTCTCCCCCATGGTCCCCGGCCCTGGCTGCAGAGGGACGTGGCAGCTCATGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000147124-ZNF41:NM_007130:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.526
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)