HsaINT0187380 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000127081 | ZNF484
Description
zinc finger protein 484 [Source:HGNC Symbol;Acc:23385]
Coordinates
chr9:95618474-95637341:-
Coord C1 exon
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Splice sites
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Seq C2 exon
GAATCAGTGTCATTCAAGGACGTAACTGTAGACTTCAGTAGGGATGAGTGGCAACAATTAGACCTTGCTCAGAAAAGCCTGTACAGAGAAGTGATGCTGGAAAACTATTTCAACTTGATCTCAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000127081-ZNF484:NM_031486:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.200 A=NA C2=0.046
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)