HsaINT0187643 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000188321 | ZNF559
Description
zinc finger protein 559 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28197]
Coordinates
chr19:9324695-9337865:+
Coord C1 exon
chr19:9324695-9324780
Coord A exon
chr19:9324781-9337795
Coord C2 exon
chr19:9337796-9337865
Length
13015 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
AACAACTTCATCTTCTGCAGAGA
3' ss Score
7.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACAGCATCTCTGCCTTCCTGTTCACGGTGACCTTCGCTTGGTGTCCTCCTGGCCTCAGCAACCTGACAATTCTGTCGTGTCCCG
Seq A exon
GTGAGCACTTCATGCACTTGTTCTGGCTGTGGGTGTCGGGTCTTGAAGTTTAAGTTGTGTCGAGGTGGAAAGAAACCTTTTCAGGTGGTTGTTCGAGAGCACATGGATCTGATACCATCGAATGCATGAGTGGATGAATGCACATAACTGTAAAATTTACCACCAAGGAAAAACACAGGACTACTCAACTGTGGTTCCAGGCCATCACCTAGATCTCACTCTAGCGCCCTGTAGATTCCCCCAGAGGTTCAAAACGAGGGCATCCCCAGGAACACGGTGCGGGCTGATTTACTAGCAGGAGGGATTGAATTGATAATGAATGCGAAGATAACTTTTGACAGGTGGGTTTTCTACCAGTTACTCATTTGAAAGTCTTACTGAGGGCGGGGCAAGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCGTTTTGGGAGGCTGAGGCTGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAATTTGATGCCAACCTGGAAAAAATAGGGCAAGCCTCTGTCTCTACTAAAAATAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTCTGTGGTCCCATCCACTTTGGAGGCCGAGATGCGAGGATCACTTGAGCATGGGAGGTCGAGGCTGCTGTGAGCCATTATTGTGTCACTGCATTCCAGCTTAGGCAACAGAGTGAGACCCTGTTTCAAAAAGAAGAAAAAAAAACAAATACTGATCTAGAGAACATCTGTAGCTCGAGTAAAACAAATGTCTTTAGTCCAGGTGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCATGTTGGGAGGCTGAGGCTGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCGTCTTTACTCAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGCCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACCCTTGCATTCCAGCCTGGGCAACAGTGCGAGACTCCGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTTTAACCCTTAACTACATTCACTAGTTGTTAAGATTTGTTTCATTTTTTTGTATATGTACTTTATCATGAGCCATTTAAATTGGAAGTGAATGAACTTTCCCCTTTTAAGCGTGTATCTCAAATACCTCCTGAAAGTGAAGACAAGCTTAAAACAAGACTTCATTGTCCATCCCCACCCCCAAATCAAATCAGATTTCCCCAGCTGTCCAAAAGTCACCATAGTCACCATTATAGTTGCCAGGTTGTTTGCATGTTTTTAGATCTGTTAAATCTGTTTTTTAACTAGACTATTCACCTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTGTCTGTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGCGTTCAAGCGATTCTCCTGACTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGAATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTAATTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCTGCCGGCCTTGGCCTCCCAAAGTACTGCGTGAACCACCATGCCCCGCCATTCACCTGAATTTTTAAAAATAAAATTTTGGCCTTTGAAGATTTCAGGAGCATTATCTTGTAAAATGCTGCCGTTCTCATGCAATGATGTTTTCCTGTGATTTTATTTGATTTACCTATGTCCTGTATTTCTTGTAAAGTGGATGTTGGGGTTACAGTGGTACTGTCTAATACAAATATAATGCAAGGCACAGATGTAATTTTTAAAAATTTTAGTAGCCAAATTAGAAAATGTTAAATGTATGTGTGATATCATTTTTAATATATTAAAAATGCAGCATATCCAGTTATCAATATAAGTTTTTGAAATTAGTGACTAATGTAGTCAGTTTAAAACTGAGACATTTCACACTTCTTTTGTACTAAGTCTTTGGAATCCTGCACGTATTTTACACTTACAGCTAATTTTCATTGGAAATTCTTGATCTGTATTTAGAGTTTATAAAATTAACTATTGAAAAAGTAGATTAACAAACCCAGGTTGTTCCAAACATACTTAAAAGTTTTTCAATAACAATTTTATTTTTAAAGTTGAATTAAAAGTAAATAAAATTAAGAATTCATTTCCTCAGTTGCACTAGCCACATGGGGCTAGTGGCTGTTGAGTTAGACTGGCCAGATCCAAGGCTTCCATTTTCTAGGTAATGTACTGGGCTTCATATTATATCCTATCAGTAGTCACATACTACAAGTTTGTTAGTGATACTACGCATTTGGTCAAGGTACTCATCTCTGTATAGTCATGTTTTTCTTATAGTAATCTATAAGTGATACTTTGGCTACAGGGGAATATTCTGTTCCCCAACAGCCTTTCACCCAGTGGTTTTTTTGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGACGGAGTCTCACTCTGCCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCCGGTTCAAGTGATTCTCCTGTCTCAGCCTTCTGGGTAGCTGGGATTAGAGATGTGGGTCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAATTTTAGTAGAGAAGGGGTTTCACCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCTTGACCTCAGGTGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCATGAGCTACCGCGCCTGGCCTCACCCAGTGGCTTTTAACATCACTCAGTCATCTTCTCCTGAACCTGTTTTTACATTGAGAGGTTAACAGTTTTTTTTCCTAGTTCTGTTGTTCTTTCTCCATTCTTTAGCTGACAGTCTTAGGTGAAGAGGAGCTTTCTTTCACCACTTTCACTGCCCTCTATACTTTTTTTCTTTTTTGGAATGTCACAACTTATTCTAATTTTTTTTTCTTTTCATTCACTGTATTATAATCAATTCCTGTCATTCGTATTGATGCTCAAACTGTCCCAATTTTGACCAATGGTAATTTTTAAATTTGGCTCTGTGTCTTGTGACACAACTCTACTAATCTGAGTGCAAAATCAGACCCCAGTTCACTTTGTATTTTCCTCTTACAGACCTGGAATCAATGATTGCTCCAAAAAGTCATGTTCCTTTTAGACACTAAGGTCTGTGTGATAGGCCCACAGTGGACATCTATGGCCTTACAGTGGACATCTAGAATATGTATTTTCTTACATCATACATTTATACTCATATTCCTATTACAAACTTAAGAGGTTTTTTGTTTTTCCTTATGTTTGTATCTCTTATCTCTTATAATAAAGACCTTGACTCCTAATGACACTGATATATTATTTGTTGTAGCAACATTACCAGATGACTAGTATTACTACCATTACTTTATTTAGTATTGAGTTTCTTTATATTTCTTTTTGTCCTTACTAAGGATATAAAGTTCAAACATTTGCTTGAACTCAGTTTTTTTCTCTGTGTGGTTATGTTATGAATTTGACATACTATTAGGCTTGTTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTTGCTCTTGTCCAGGCTGTAGTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCTCCTGCCACCACACCTCACTAATTTCTGTATTTTAGTAGAGACGAGCTTTCATCATGTTGGCTAGGCTGGTCTCAACTCCTGACCTCAGGTGGTCTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCTGGCCTAAATGCATCAGCATTTTGATAGTCTCAGCGCAAAGTAGGGCTGTATAAAGGGGTCATCATCCGTATCTGGGTGCAAACAACACGGTGTCGCATTTCCTTGGAAAACAGTAAATTTGAGTAGATGTGGAATGTTGTGTCAGAAGTCTTTTCTTTGAAACTCAGCACCTGGGTTGTAAATGGATACTTCTTCTTGGTGTCAAAATATTACATAAGCCCTCCAGGTGAAAGTGGGATATTTCAGTCTTTCTGATATTTCTTACTGATAGAATTTCAAACAGCAAATTTCTAATAACTGATTTTAGAGAACAAAGTTTCACAGTGTGTAAAAAAGCAACAACTCAAAAAAGTCATTAGAACTGCTTTGTTCTTTTTGTGGTGACTGTGCAGCTGTGTTTTTTTGTTTTTTGGGCTGGGGGTTTGAAGTTTTAAACTTTTCTTTATTATTCTTGTGCTTACCCAATACAGCTGTTTAAAAATCATAGTTTATTATTCCTGTTTCATAAATGGAATGACCTTGAGCATATGTGGTGCCATAGTTTTTAATTTCTTTTATATTTATATACAATATGATTGATTTTTGTAGTTAGTCTTTGTTTTTCAAGGTCACTATTTTCTTATTACTATTTTGTCTGGGTGATCCAGTCATTGTTGAAAGTGGAGTGTTGAAGTCCCCTACTGTTATCATATTGCTTTTTCTTCTTTCAGATCCATTAATATTTGCTTTATGTATGATGAGCTCCCTAAATATATTGGTGTATATGTACTTAAAACTTCTATATCCTTTTGATAAATTGGTCCATTTATTATATAATGATCTTTGTCTCTTGTCACAATTTTTGTCTTAAAGTCTATTTTGTGTGATGTAAGAATAGGGGCTCCTGCTGTCCTTTGGTTATCATTTGCATGGAATATCTTTTTCTAACCCTTGACATTTAGTCTGTGCCCCTTAAAATTAAAACGAGTCTCTTGTAGCCAGGAGATAGTTGGATCTTGTTTAGTTTGTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTAGAATGCAGTGGCGTGATCTTGGCCTACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTTCTGTCTC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Seq C2 exon
AGAGATGGCTAATGAATGGCGCTTGATGACAGATGAGTAATGCCTGTTGCTGAAAGATTGACGGTATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188321:ENST00000317221:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains