HsaINT0187760 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000245680 | ZNF585B
Description
zinc finger protein 585B [Source:HGNC Symbol;Acc:30948]
Coordinates
chr19:37680926-37698156:-
Coord C1 exon
chr19:37697942-37698156
Coord A exon
chr19:37681053-37697941
Coord C2 exon
chr19:37680926-37681052
Length
16889 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
ACAGGAATGTGCCCTTACAGGGA
3' ss Score
5.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGATCAGTGTCCTTCAGGGATGTGGCTATCGATTTCAGCAGAGAGGAATGGCGGCACCTGGACCTTTCTCAGAGAAACCTGTACCGGGATGTGATGCTGGAGACCTACAGCCACCTGCTCTCAGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000245680-ZNF585B:NM_152279:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.875 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)