HsaINT0187927 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198551 | ZNF627
Description
zinc finger protein 627 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30570]
Coordinates
chr19:11597420-11614653:+
Coord C1 exon
chr19:11597420-11597630
Coord A exon
chr19:11597631-11614526
Coord C2 exon
chr19:11614527-11614653
Length
16896 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGCGT
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
ACACATGGGGGATGTTTCAGGAT
3' ss Score
3.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCTGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGGGATGTGATGCGGGAAACCTTCAGGAACCTGGCTTCTGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198551:ENST00000361113:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.045
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains