HsaINT0187927 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198551 | ZNF627
Description
zinc finger protein 627 [Source:HGNC Symbol;Acc:30570]
Coordinates
chr19:11708235-11725468:+
Coord C1 exon
chr19:11708235-11708445
Coord A exon
chr19:11708446-11725341
Coord C2 exon
chr19:11725342-11725468
Length
16896 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGCGT
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
ACACATGGGGGATGTTTCAGGAT
3' ss Score
3.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCTGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGGGATGTGATGCGGGAAACCTTCAGGAACCTGGCTTCTGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198551-ZNF627:NM_145295:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3),PF0202611=RyR=PU(82.0=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)