HsaINT0187938 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000075292 | ZNF638
Description
zinc finger protein 638 [Source:HGNC Symbol;Acc:17894]
Coordinates
chr2:71607643-71623321:+
Coord C1 exon
chr2:71607643-71607695
Coord A exon
chr2:71607696-71623270
Coord C2 exon
chr2:71623271-71623321
Length
15575 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TGTTTTTCTTGTTGTTTTAGCCA
3' ss Score
8.84
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGAGATGCAGATGCTTCAAAAGCTGTTGAAATTGTTACTTCAACTTCTGCTG
Seq A exon
GTAAGTTGTTACTTTTAATATTCTTTCAAATGAGTGTATCTTGTCAGTTTAGTAGAAACTTAGATGATGATGCTATGAAGACACTATTGTGCTTTAATGAAGGAGACCCAAATTACATTCTTTAATTGGCCCCTGTATTAAGCAGGCGGTTAATATTTAATGCTGTGTAATTACAGAATCACTTCTGGAGTAAATACAACAAATCTGTGAGATAATGTATGTGAAATAGCTATCGTAGTTCCACAGTTAATAGCTGTTTTTTACATGTTTAGGTTAGTTATGCAATATCTCCCTCCATCCCTTCCCGATAAACCCACAAGACACAAAACATAAGAAAGGTATGTTAAGAATGCTTATCTGGTCCTCTTTGATTTTGGAGGTTAATTGAGAGCCAAAAAGCAAGCAAAAAAGACTATCCAGAAATGGATGCTATCATACTCATGTACTAAAAGCTATTTCTTTATACTCAGGAAAATACTTGAAGCCATCATTATGAATCCAGTTAAATAAATTTTGCATACAGTTTTATAATCCGGGTTCTCCTTTTTCTTAGTCCATTTAGGACTAGAAAGGTGGAAAGTTTTGAGACTAGTACTAGTGAGAATAAACAGCTCGATAGTGAAAGACAGGAAAGAAAAGCTAAAATAAGGCAGAGACAAATTTAGGAACTTACATTGCGTTTTGTATGTTCTGTTTGGGGAAGGTAAAAATATAGTGTGTTGGTTTTTCTAACTGGAATGAGGTAAGAATTTAGGCACTAAGTTTTACTAGTGAGGTGAAAATTGGATTGTGGAATATCTCATTTCCCCGTAATGTTTAGTTGTATAGAGTATTGAAGTATTGAAGGTTAGCAGAGATACTATGAATGGCTTCTGGAAGGCAGTACATTTTGATTAAGATTTTAAATTAGGTAACATTATGTGAAGAGATAAAATGTGGAGGCAGAAGATTACTTCATCTGGGGGGCACACAACAACAAAGGTAACAAAGTTCAATTATTCTATTGAAGGCCTTGAAGGGTCATGCTGAGAAGTTTTCAAATTTGACCCCATTAGTAGCATTTTCAGAATGTGTCATGTTAAAGAGTAATTTCTGAAAGAAGTTTTGGGTAAAAAGGTTTGGGGTGTGTGTTATAGCTATTTTTTCTCTTTTGAAAAAATAATTCACAGAACACATTTTATGAAATCCTTCAGGAAAGAAACCTATTTAGCTTTGTTTAGTCCACTGTTTCCTAAGCTTGGCAAAAGTACACTCCATTTTTTCTGGATAAGAGCTAGTAAAAATTGGTACAGACTCTGGGAAATTGCAGTAGAGAATATGGAGCCACTCACTAATTGTTTAGGATTCTTATATAGATTGGATAAATTGGAGAGATGTAAAAATCCCACTGAGAAAAAACAGCTGGGCTTCACTTTGGGATGATGAGGACCTGATGTGAAAAAGGTTAATTTAAGTGATGTGAGGAGGTAAAATTTGCATTTTATTATATGGAATTTTTCAGTAAGTGAGTTTAAAAAATTTTTTAAATAATTATAAAATTTCCAAGTTTCAGTCCTGATAGGTTTTACTAAGAGTGCGATGATATTATTGATTACAATTGGAAAACTCACAGTGGTGCCTTTGAATTTGGGGTTAGGTCCTTAGATTTCAACATTACCAAGTTTCAGCTGTCACGAGTATCTGCTAGAGATATTCTTTAGTCAGCCAATCATATGGCATTGAAAGTGAGATACTTGGGAATTTTTTTAAGTTTAAGGTCTAAATTTTGGAAAGCTAAAATACTTCCTTGCAATATAAATGTAGAAAGAAAAAGGAGCCTATAAACAGGACTGAGAAAGTGACAGGTGAGAAAGGAAGGGTACTTGATAATTTTTTGAGATCCGCTCAGATTGAAGAGTGACAGGAAGAGTTAATTAGAGCAGTTTTAAGGATAAATTTGATTATAAGCACAGGGAGGAAGCAAGAGTGTAATTTGATCATGAATGGAAACATTCGAGCTCTTACCCAGTACTAATTAAAAAGAAAAATAGTAATTACTGAGTAGCTATTATATGCCCATGATAGGGGGCACTTTGTAGAGGCTTAGGATGTATCAGTGGACCAAATAGGCATGGCTGTCCCCAGACAGTTTACATTTTTAACTTGAGGTGACAAATATTAAATATAAAATAAACATTAAATAATATGAGTTTTAGAAAATGAGAAGTTCTGTGACACAAAGCTAAAGCAGAACCAGGGTAAAGGTGATGCAGGATTAGTTTGTTTTAAAGTTAGAATTTAGTGTACAAAATAAGGTAAAAATGACTTATTAAGTAGACAGACCTACTAACATAATCTGTACCAGAAGAGAGAAAACAAAGAAAAGAAGCCTCACATTTGTGGGTATGATATTTATGCTGGACACATGGGCACATAGTATATTTATGTTATTTTGTTTAATCTTTCAAACCGTTCTTTGAGTTGTAGTTAATGTTTGGCTGGGTGCGATGGCTTATGCCTACAATCCCAGCACTTTGGGAGTTTGAGGCGGGTGCATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAATACAAAGATTAGCTGTGTGTGGTGGTAGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCCGAGGCACGAGAGTCTCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGCGAGACTCCACCTCAAAAAAATATATTGTTCTCATTTTCTAGAAGAGATAGATTCAGAAAGGTTAAATGAGTCAGGGCCACATGGAGGAGTTAGAATTTGAACGCAAAACTTTATGATTCCAAAGCGTTGCATATACTAAATTACCTCCCTCAAGAATGAAAACTTCTTGATTTTCTTGGATCACTACTTTTCTCCAGCCTTTCTAGTTTTCCTAATAATCTTTTCCTCTTCTCATGTCATGCTTTTCTTCCTGGGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTTTTATTGAGATGGAGTTTCACTCTGTTGCCTAGTTTGGAGTACAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCCGTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACGGGTATGCGACACTATGCCTGGCTAATTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCTTGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTAAACTTAAGTGATGCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCCTCTTCCTGGGTGATTTCTTTCCTGTCAGTCTTTAAGGACATCTCCCTTACGTACATAAACTCTTCTATCCCCTTGAGTATACTCTTCTCATTTTCTTATATTATTTAACAGTTACCACTAATCATCCGGTAGAGTAGTTCTTAACCCTGTCTTCTCTTTTCTTCTGTTCAACATAATTCAGATTTAGATAACATCCTTCCCCTTTTCAGCCAATCAGTGGCGGATCCATATTAGTTTTCCACTGACTCTACTTCAGCTCTCAAATTCTTTATATGTAGCTCCATCATGCCTGTAACTCCTTTTAATTCAGACCTGTCGTCTCACATTTGAACTTTGGAAGATAGCCTCCTGACTGGTATTTTTTATTCCATACTCTGCTTTATTATACACGTTGTTGCCCAGAGGTCTCTTTAAAGCAGATCTGATCATTCTACTTCTAGCAACCAGTGGAATAAAGTCCAAATTCTTTGGCTTTCCATAAATTATTCTTTGCCCTTTGACCCCAGATTATCTTTTGAACCTATTAACAGTCAACTGTGTATTATTTTGTAGTCACTCAGAATAGTTTATTTTCCATGTTACTTCATTCCTTGGTTCTTTATTTATGCTGTCTATTTGCATGGAATTGATGGCTGACTTCATTTAACTTCAGTAAGCACTTAATAGGTCGCAGGCAAGGTACTGAAGATAAAAAGTCAGTTAAGACTTCTTTTGGGGAGAGTTGGAGGACAGATTCTGATTTATCCTGTAAGGCTCATCTCTGATGAAACTTCCTTGATCGAATGATTTTTTTCTCTTGTTATGGCTTTTCTCTTTTTTAGAAATAATATGTCCCCTTTTCTTTTTACCTTTTCAGTTCCCAGCTGAAAATGACATTCTTTTAAATCTAAGTATAAAAGTAATGAATGTTTATTGTGAAAATTTTAAAATATTTCAGAAAATGTTTAAAGAAAGTGATTTACACCATTCAGAGATCACCTCTTGTTTATTTGCTTAAGTCAGTTATTTTCCCAATAAAAGCCCTTTGCTCACCTGTGGGAACTCCCACATGTGAGTTCCACCAAATCTTTCAGAAAGCAATATCGATTTCAGCTATACCATGGCATTCAGGAGAAGGGAAAGCTTCCTGTAAAAGGGGAAATGAGAAAAGGTGGGGGAACAGGCTAATACATCAAATACTGACAAAGACACTACACACCTATCAGAATGGCTAAAATAAAAAATACTGATAGCACCAAATGCTGATGAGTATGTAGAGAAACTCATACATTGTGTGCAAGAGCAATTGTGAAATAGTACAGCCATTCTAGAAAAGAGTATGACAGTTTAACTTAACAAAACTAAACACATGCTTACCATATGACATCACTTACACTCTTGGGCACTCATCCCAGAGAAATGAAAACTTAGCTCATACAAGGGCCTATACACGAGTATTTATGGGTACTTTGTTTATAATTGCCCCAAACTGGAAACAACCCAAATGTTCTTCAGTGGATGAATGGCTATTTTAAAAAGTTTTATATTATAAAATTTCATGTATATCACATTGAAATGAAATTACAGAGAGAGAACAGATTAGTGATAGTCAGGGTTGGTGGGAGGGAGGTGGCTATTGCTATAAATGGGTTTTAGAAGAGATCATTATGAAGGAACCATTCTG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Seq C2 exon
CCAAAACTGGACAAGCCAAGGCATCTGTAGCCAAAGTAAACAAATCTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000075292-ZNF638:NM_001014972:10
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.069 A=NA C2=0.625
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)