HsaINT0188016 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197343 | ZNF655
Description
zinc finger protein 655 [Source:HGNC Symbol;Acc:30899]
Coordinates
chr7:99158156-99169415:+
Coord C1 exon
chr7:99158156-99158318
Coord A exon
chr7:99158319-99169310
Coord C2 exon
chr7:99169311-99169415
Length
10992 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGG
5' ss Score
8.05
3' ss Seq
ATTTCCTTCTCTATGAGCAGGAT
3' ss Score
7.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTTCCAATTTCCAAGCCTGATGGGATCTCCCAGCTGGAACAGGATCTACAGGTCTTTGATCTGGAAACTAAGACTAGAGAAGTCTTAAGAGATGACTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197343-ZNF655:NM_001083956:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.924 A=NA C2=0.412
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)