HsaINT0188043 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197497 | ZNF665
Description
zinc finger protein 665 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25885]
Coordinates
chr19:53162421-53175571:-
Coord C1 exon
chr19:53175445-53175571
Coord A exon
chr19:53166348-53175444
Coord C2 exon
chr19:53162421-53166347
Length
9097 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGG
5' ss Score
6.74
3' ss Seq
TGGTTGTTTATATCTTACAGATA
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197497:ENST00000396424:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains