HsaINT0188208 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197951 | ZNF71
Description
zinc finger protein 71 [Source:HGNC Symbol;Acc:13141]
Coordinates
chr19:57112875-57135544:+
Coord C1 exon
chr19:57112875-57112959
Coord A exon
chr19:57112960-57132635
Coord C2 exon
chr19:57132636-57135544
Length
19676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TCTGTTTTTGTTTTTTTCAGACT
3' ss Score
11.16
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTGTTGGTCACCGCAGGCCTGTCTTCCTATTCACCGTGGGCAGCAGAGGGATGGCTGCTCAGCTGCTGACTGATGAGGCACTG
Seq A exon
GTGAGTCATGTTGCCCTGTCACTCTCCTTTCCAAAGGCTGGATCCTGCCTTGGGTGAGCCTCTGCTGCTCGAACCCTCTCCAAGGCCCCCAGTCCCATCTTCTGGGGCTGTGTCTGCCCTGATGAAGAGGGCTGTGCTTATAGATGATGCTGACCCTGGCTGTGGGGTCAGTTGTAGGGGACAGGGAAGCTTTGGAATGGCCAAACTAGCTCTCTGGACTCTTAGGAGACACAGGTGGGCACCTGTGGGAAGTGGTGGTTTAGACATGTGACATTGAGTGAAAACTTGCGCAGGACCATGCTGGATGTGTGACCTTTAAAATGGGCAAACACACTAAATGCTTCTTGTGAATGTGAATGCCCACATGTGTGATGAAAGTACAAAAGCTTATGGGAATGAGGCCCACAAATTCACCCATGATTTTACCCCAAAAGATAATCACTCTGGAATGTTTGAGTCTGGCTAAGCAATTTTAATGTTAAAGATTGCTTTTTCATCAGAGATTTCATCCTGAGCATTTCTCCACATCATTAAAAACTCCTTTGTAACGTCCATCTTAATGACCCCATAAAAGTGTTGTTCAGTGGCCATACCCTGGTTTACTTAATGGTTCCTCTGTTGTTGGACCTTTATTGGTTTCCAAGTATTCTTTTTTTGGTTATAAACAGTGTCATGAGGGACACTGGGCACAAATCTTTCTTTGTGTCTTATATGATTTCTTTAGGAGTGATTCCTTGAAGAGGAAGATTGGGTTGGGTATTTTTGAGGTATTTTGATATTATTTCCACATCAGTTACGGCGGTATGTATTCCCACCAGCATGTCTGAGCGGGTCTCTGATGATTTATATGGCTGTTGTCAGGCATTTATTCTGCATGTTGGATATATTTAGATTGGTGCAATATTGCACCATGATAATAAATGATAAATGGATATAAATGACAAATGCTATAAACCATGATGAGCCTGATAGGGGACAAATGGTGCCACGTGATTTATTTCTGAGTAGCATTGTTTGTATTATTAGTGAAGTTCAAGTCTTAGAAAATGTTTACTAGCCATTTCTGTGGGCAGGGAAATGATCCATCTTGTGCTTTAGCAGTCTACAGGAATCTGAGTATGCTTTAAAGACTTTACAGAAGCAAATGTGTGTGTGTAAATATTTGTGGCAAATATTCTTCCCAGATTTGCTTTTTGTTTCTTTATTTTACTTTATTTTTTCTGTATAAAAGCATTTCATATTTTTAAAATCAAATCTGTTGGTTTCTCCCACTGTGGTGTCTTTCTTCATCTTTAAGCTGTGAAAGGGTTTCTCCATCCACAGGTCACATAGCAGCTATATTTTCTTCCTTTTCACCATTTGTCATTTGAATGTTAACAATGAACTTTTGAATCTACCTGTAATTGATTTTGCTATATAAATGTGTCAGTAGACTTATTTGGGAGCTTTGGTTTATTCTGTCTTCATTTGTTTGGTACCTTTGTTGAGGTACACATCACGTATCACAAAGTGTACAATTCACTGATTTTGGGTACATTCATAGAGTCGCGTTAACCATCACCACAGTCCATTTCAGAATATTTTCATCATCCTGAAAAAGAGCCGAGTACCCATTGGCACTCATTTCCATTTTCCCCCATCAGTCCACGGCCCCTGGCAACCAGTAATCAGCTTTCTGTCTCTATGAATTTGACTGTTCTGGACATTTCAAATAAATGGAATCATACATGGTGTGGTCTTTTGTGACTGGCTTCTTTCACTCAGCATAATATTTGCAAGGTTCAACCATGTGGTAGCACATATAGAGCTTCATTCCTTTTTTTGACTGAATAATATTCCAGTGTGTGTTTCTACATATTTTATTTATCCTTTCATCAGTTGATGGACATTTGGGTTGTTTCCACTTTTTGGCTATTATGAATAATGCTGCTATGAATATTCATGTATAAGTCTTTGAACATATGTTCTCAGTTCTCTTAGGTGTGTACCTGGAAGTGGAATGTTGGGTCATATGGTTAACTCTGTTGAACCAGTAAAGGAACCACCAGACTGTTTTCCTAAGCGATTGCACCATGATGCCTTCATTTTTGTCTCATCTGTGATTCTTGCCTTGAATTCTTCTTTTACCTACATTACTTAGAAAGATTTGTTGATTGTTTTTATTTCAACAGGGTTGGGAGTTTTGGTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTAATTACTACTAGTGTAATTACATTCAATTTTTAAAAAAAATTGAGCCTGTCTGGTTTCAGCGTTTTCCCTGTGGTGAAATGGTTTGTGTCATTAGACAGGAAACCGAAAAAGATGGAGTACTAGAAAAAGGGGCCTTGGACACGTACGTGCAGAGAACTCAGAGGCCCTTTGTTAGCACTTCTGTCCCAACACGATGGGCTCCCAGACCTGGAAGGCTGTGTTCTGTGTCTCAGCACAACCCTGGTGCCAGTCTGGGCTTGGTGCCTGGAGACTGCTCAGTGAATAGTTGAGTGAATTAGGTGGGTGTACTTAGGGAAGACTTCCAGAAGGAATTGTTGTATTACAATTTTGTAAAATAAATAAATATAGGTGTGAGAGGGAACTTTTGGAGGTAATGGATCCGTTTATGGCCTTGATGGTGGTGATGGTTCCACGGGTGTATATGCATCTGCAAACTCATCAAGTTATGTATATTATTAAATATGCACAGCTTTTTATATATCAGTCACACCTCAATCAAGTAGTTTAAATTTTTAGAAAAGGAGGAATTATTAGCTGGGCTGGCTGAAAGATACATTGGGCCAAAAGGTCAAATAATATCATATAAGGATCTACAGTTGTACATAAGATATATATTAAATATCAACATTAAATAATAGCAAGAGTCGACATTTACTGAGAGCTTCCTCCATCACACGAGGCACTGTGTTTGGACCATATTTGTACACATTTAACCTTACGACCCTGTGGAGGGGGACATTGTTATCAGGAAGCCTGCCTCTCATATGAGGCTTAGAAAGAGAAAGACAGTTGTCCAAGGAAACACAGCTCATGAGGGGCAGAGCCAGGATTCCGTTGCAGAGTGTGGTTCCTGAGCCTACACTCTGAACCACCAGCCCAACTGCTTTCTATCAAAGGTGACCCCTCAGGCAGAGGAGGCTATCTTGAGCCCAAGCCCCAGAAGGGCACCCTAGGACCATAGAGGGACTAGCCAGCGGGGGTGAGGCCTCCCCTTGGGATTCAGTTGGTGGTGGGGACACTCAGTATGCTGGAGAGAGCCAGTGAGCTCTGAGTGTCAGTAACAATAGCTGGCACTTATTGAGTGCCTGCTGTATGCTATGCATTACCATTCTGAGTGTCTTACATAAATAAGTGGGCAGGTGGGGCCTGTAGCAAATTGGAGCTTTCTTGCCCCATCAAAGGGTCAGCCACCACTCAGCTCCAGCCTAGAGTGGCCAGATATTCTGCTGTTTAAAGAGAAACTAGAAATTCATTTTCTTGGTAAATTGTGGATGTGTTTTTCATGTGAGTAACAATTAAAAACAATTTTGAAACCCCCATAGGAGCAAAATAGAAATGTGTACAGCTGGCTTCAGGCCCAGGTACATCTCATATGCTCTGTGTGCTCAGAACTCCCGTTCTTTCCTTGTGCCTTGGGGGTTGTACCACTGAATCAGTTCAGAACAGCAGGTCCCTCTGTAGGACACAATAGGTCTCTCATTACTCACATGCCATGCTGTGAGGAAGCCCAAGCAGCCACAAGGAAAAGTGATGTGGAGAAAAAGAGATGCCCACCAAGGCCTCAGCTGTGCCATCCATACCAGCTCAAGAGACAGACTTGTAAACAAAGAAGCTAGCAGACTACTCTAGCCCAGCTGCCATCCAACTGCCACCACACAAGAGATGCCAGGCACGAACTGCCCAGCTGAGCCCATCAACCCCAAAATAGTAATAAATTGTTGTTTTTGAGCCATTAAGTTCTGAGATGGCTGCTACCCAGCAAAATATAACTGGATCAGAAATTTAATCTGTGGCCATGGCTCAAGATCTTCATGTGGCAGAGTCATGCATGGATGATGTGATCAGCCAGCAATAATGTGAGACGTGCAGGCCTTCATCACACTAGGGAGGAGGTCGACTGTCAAGCACCATCTCTGGAAGTGGCTTCAGGATCGCTTGTGATCTGTCTGGAAGAGAAGCGCCAGCTGGGACACTCTGTGATATTTATCCAACTGTCTTCTTTATAGGCAAAAGACGTGCCATCCATCTCAGGGTCTGATCCAAACTAAACTGCTCCTTGGCTGTGATGCCAGCTAGATTGGTATTATACATGGATGAGGCCATCTAATGTTGGGGCTGAGAGTTGAACTGACTAGGTTTAAAATGCTGCCACTCCCATCTGTGTGACCTCTTGTGCCTCAGTCTCCCCCTTTGTAAAAGAAATGAGCTCATAAAAGTGCCTACATAGTAGGGTTCTTTTGAAGATTAAGTGAGATGGTGTGTGCAGTGGGCTTAGAACAATACCTGGCATGTAGTATGTGCTTAATGAACATTAGTTATTTTTATCATTATTTACTAATGAATTAGTATGGAAGAAACCTGGTGCCAATACCATGTCTGTCTTATTCACAGTTGTATGCCCAGTGCCTGGTGCATGGCAGGCACTTAATAAATATTCGTCAAATGAATACATGAAAGGGTGAAGTATCACTCTGTGTGTTTCCAGGAACCATCAATGAACATATTTAGAATATGTTAGAATATGTATTAGATACCATTGATCTAGAATTCCTGTTTAGGGGGTAAAAATTCAACCATACTTTTCTGGTAGCCCGGAAAATTATAAATTAATCAGTTAAATTTCCGATCCAGTTATATTTTGCTGGGTAGTAACCATCTCAGAACTTAATGGCTCAAAAACTACAATTTATTACTATTTTGGGGTTGATGGGCTCAGCTGGGCAGTTCGTGCCTGGCATCTCTTGTGTGGTGGCTGTTGGATGGCAGCTGGGC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
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No structure available
Features
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NA
Main Skipping Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)