Special

HsaINT0188208 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger protein 71 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13141]
Coordinates
chr19:56601507-56626481:+
Coord C1 exon
chr19:56601507-56601591
Coord A exon
chr19:56601592-56621267
Coord C2 exon
chr19:56621268-56626481
Length
19676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TCTGTTTTTGTTTTTTTCAGACT
3' ss Score
11.16
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTGTTGGTCACCGCAGGCCTGTCTTCCTATTCACCGTGGGCAGCAGAGGGATGGCTGCTCAGCTGCTGACTGATGAGGCACTG
Seq A exon
GTGAGTCATGTTGCCCTGTCACTCTCCTTTCCAAAGGCTGGATCCTGCCTTGGGTGAGCCTCTGCTGCTCGAACCCTCTCCAAGGCCCCCAGTCCCATCTTCTGGGGCTGTGTCTGCCCTGATGAAGAGGGCTGTGCTTATAGATGATGCTGACCCTGGCTGTGGGGTCAGTTGTAGGGGACAGGGAAGCTTTGGAATGGCCAAACTAGCTCTCTGGACTCTTAGGAGACACAGGTGGGCACCTGTGGGAAGTGGTGGTTTAGACATGTGACATTGAGTGAAAACTTGCGCAGGACCATGCTGGATGTGTGACCTTTAAAATGGGCAAACACACTAAATGCTTCTTGTGAATGTGAATGCCCACATGTGTGATGAAAGTACAAAAGCTTATGGGAATGAGGCCCACAAATTCACCCATGATTTTACCCCAAAAGATAATCACTCTGGAATGTTTGAGTCTGGCTAAGCAATTTTAATGTTAAAGATTGCTTTTTCATCAGAGATTTCATCCTGAGCATTTCTCCACATCATTAAAAACTCCTTTGTAACGTCCATCTTAATGACCCCATAAAAGTGTTGTTCAGTGGCCATACCCTGGTTTACTTAATGGTTCCTCTGTTGTTGGACCTTTATTGGTTTCCAAGTATTCTTTTTTTGGTTATAAACAGTGTCATGAGGGACACTGGGCACAAATCTTTCTTTGTGTCTTATATGATTTCTTTAGGAGTGATTCCTTGAAGAGGAAGATTGGGTTGGGTATTTTTGAGGTATTTTGATATTATTTCCACATCAGTTACGGCGGTATGTATTCCCACCAGCATGTCTGAGCGGGTCTCTGATGATTTATATGGCTGTTGTCAGGCATTTATTCTGCATGTTGGATATATTTAGATTGGTGCAATATTGCACCATGATAATAAATGATAAATGGATATAAATGACAAATGCTATAAACCATGATGAGCCTGATAGGGGACAAATGGTGCCACGTGATTTATTTCTGAGTAGCATTGTTTGTATTATTAGTGAAGTTCAAGTCTTAGAAAATGTTTACTAGCCATTTCTGTGGGCAGGGAAATGATCCATCTTGTGCTTTAGCAGTCTACAGGAATCTGAGTATGCTTTAAAGACTTTACAGAAGCAAATGTGTGTGTGTAAATATTTGTGGCAAATATTCTTCCCAGATTTGCTTTTTGTTTCTTTATTTTACTTTATTTTTTCTGTATAAAAGCATTTCATATTTTTAAAATCAAATCTGTTGGTTTCTCCCACTGTGGTGTCTTTCTTCATCTTTAAGCTGTGAAAGGGTTTCTCCATCCACAGGTCACATAGCAGCTATATTTTCTTCCTTTTCACCATTTGTCATTTGAATGTTAACAATGAACTTTTGAATCTACCTGTAATTGATTTTGCTATATAAATGTGTCAGTAGACTTATTTGGGAGCTTTGGTTTATTCTGTCTTCATTTGTTTGGTACCTTTGTTGAGGTACACATCACGTATCACAAAGTGTACAATTCACTGATTTTGGGTACATTCATAGAGTCGCGTTAACCATCACCACAGTCCATTTCAGAATATTTTCATCATCCTGAAAAAGAGCCGAGTACCCATTGGCACTCATTTCCATTTTCCCCCATCAGTCCACGGCCCCTGGCAACCAGTAATCAGCTTTCTGTCTCTATGAATTTGACTGTTCTGGACATTTCAAATAAATGGAATCATACATGGTGTGGTCTTTTGTGACTGGCTTCTTTCACTCAGCATAATATTTGCAAGGTTCAACCATGTGGTAGCACATATAGAGCTTCATTCCTTTTTTTGACTGAATAATATTCCAGTGTGTGTTTCTACATATTTTATTTATCCTTTCATCAGTTGATGGACATTTGGGTTGTTTCCACTTTTTGGCTATTATGAATAATGCTGCTATGAATATTCATGTATAAGTCTTTGAACATATGTTCTCAGTTCTCTTAGGTGTGTACCTGGAAGTGGAATGTTGGGTCATATGGTTAACTCTGTTGAACCAGTAAAGGAACCACCAGACTGTTTTCCTAAGCGATTGCACCATGATGCCTTCATTTTTGTCTCATCTGTGATTCTTGCCTTGAATTCTTCTTTTACCTACATTACTTAGAAAGATTTGTTGATTGTTTTTATTTCAACAGGGTTGGGAGTTTTGGTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTAATTACTACTAGTGTAATTACATTCAATTTTTAAAAAAAATTGAGCCTGTCTGGTTTCAGCGTTTTCCCTGTGGTGAAATGGTTTGTGTCATTAGACAGGAAACCGAAAAAGATGGAGTACTAGAAAAAGGGGCCTTGGACACGTACGTGCAGAGAACTCAGAGGCCCTTTGTTAGCACTTCTGTCCCAACACGATGGGCTCCCAGACCTGGAAGGCTGTGTTCTGTGTCTCAGCACAACCCTGGTGCCAGTCTGGGCTTGGTGCCTGGAGACTGCTCAGTGAATAGTTGAGTGAATTAGGTGGGTGTACTTAGGGAAGACTTCCAGAAGGAATTGTTGTATTACAATTTTGTAAAATAAATAAATATAGGTGTGAGAGGGAACTTTTGGAGGTAATGGATCCGTTTATGGCCTTGATGGTGGTGATGGTTCCACGGGTGTATATGCATCTGCAAACTCATCAAGTTATGTATATTATTAAATATGCACAGCTTTTTATATATCAGTCACACCTCAATCAAGTAGTTTAAATTTTTAGAAAAGGAGGAATTATTAGCTGGGCTGGCTGAAAGATACATTGGGCCAAAAGGTCAAATAATATCATATAAGGATCTACAGTTGTACATAAGATATATATTAAATATCAACATTAAATAATAGCAAGAGTCGACATTTACTGAGAGCTTCCTCCATCACACGAGGCACTGTGTTTGGACCATATTTGTACACATTTAACCTTACGACCCTGTGGAGGGGGACATTGTTATCAGGAAGCCTGCCTCTCATATGAGGCTTAGAAAGAGAAAGACAGTTGTCCAAGGAAACACAGCTCATGAGGGGCAGAGCCAGGATTCCGTTGCAGAGTGTGGTTCCTGAGCCTACACTCTGAACCACCAGCCCAACTGCTTTCTATCAAAGGTGACCCCTCAGGCAGAGGAGGCTATCTTGAGCCCAAGCCCCAGAAGGGCACCCTAGGACCATAGAGGGACTAGCCAGCGGGGGTGAGGCCTCCCCTTGGGATTCAGTTGGTGGTGGGGACACTCAGTATGCTGGAGAGAGCCAGTGAGCTCTGAGTGTCAGTAACAATAGCTGGCACTTATTGAGTGCCTGCTGTATGCTATGCATTACCATTCTGAGTGTCTTACATAAATAAGTGGGCAGGTGGGGCCTGTAGCAAATTGGAGCTTTCTTGCCCCATCAAAGGGTCAGCCACCACTCAGCTCCAGCCTAGAGTGGCCAGATATTCTGCTGTTTAAAGAGAAACTAGAAATTCATTTTCTTGGTAAATTGTGGATGTGTTTTTCATGTGAGTAACAATTAAAAACAATTTTGAAACCCCCATAGGAGCAAAATAGAAATGTGTACAGCTGGCTTCAGGCCCAGGTACATCTCATATGCTCTGTGTGCTCAGAACTCCCGTTCTTTCCTTGTGCCTTGGGGGTTGTACCACTGAATCAGTTCAGAACAGCAGGTCCCTCTGTAGGACACAATAGGTCTCTCATTACTCACATGCCATGCTGTGAGGAAGCCCAAGCAGCCACAAGGAAAAGTGATGTGGAGAAAAAGAGATGCCCACCAAGGCCTCAGCTGTGCCATCCATACCAGCTCAAGAGACAGACTTGTAAACAAAGAAGCTAGCAGACTACTCTAGCCCAGCTGCCATCCAACTGCCACCACACAAGAGATGCCAGGCACGAACTGCCCAGCTGAGCCCATCAACCCCAAAATAGTAATAAATTGTTGTTTTTGAGCCATTAAGTTCTGAGATGGCTGCTACCCAGCAAAATATAACTGGATCAGAAATTTAATCTGTGGCCATGGCTCAAGATCTTCATGTGGCAGAGTCATGCATGGATGATGTGATCAGCCAGCAATAATGTGAGACGTGCAGGCCTTCATCACACTAGGGAGGAGGTCGACTGTCAAGCACCATCTCTGGAAGTGGCTTCAGGATCGCTTGTGATCTGTCTGGAAGAGAAGCGCCAGCTGGGACACTCTGTGATATTTATCCAACTGTCTTCTTTATAGGCAAAAGACGTGCCATCCATCTCAGGGTCTGATCCAAACTAAACTGCTCCTTGGCTGTGATGCCAGCTAGATTGGTATTATACATGGATGAGGCCATCTAATGTTGGGGCTGAGAGTTGAACTGACTAGGTTTAAAATGCTGCCACTCCCATCTGTGTGACCTCTTGTGCCTCAGTCTCCCCCTTTGTAAAAGAAATGAGCTCATAAAAGTGCCTACATAGTAGGGTTCTTTTGAAGATTAAGTGAGATGGTGTGTGCAGTGGGCTTAGAACAATACCTGGCATGTAGTATGTGCTTAATGAACATTAGTTATTTTTATCATTATTTACTAATGAATTAGTATGGAAGAAACCTGGTGCCAATACCATGTCTGTCTTATTCACAGTTGTATGCCCAGTGCCTGGTGCATGGCAGGCACTTAATAAATATTCGTCAAATGAATACATGAAAGGGTGAAGTATCACTCTGTGTGTTTCCAGGAACCATCAATGAACATATTTAGAATATGTTAGAATATGTATTAGATACCATTGATCTAGAATTCCTGTTTAGGGGGTAAAAATTCAACCATACTTTTCTGGTAGCCCGGAAAATTATAAATTAATCAGTTAAATTTCCGATCCAGTTATATTTTGCTGGGTAGTAACCATCTCAGAACTTAATGGCTCAAAAACTACAATTTATTACTATTTTGGGGTTGATGGGCTCAGCTGGGCAGTTCGTGCCTGGCATCTCTTGTGTGGTGGCTGTTGGATGGCAGCTGGGC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains