HsaINT0188209 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000140548 | ZNF710
Description
zinc finger protein 710 [Source:HGNC Symbol;Acc:25352]
Coordinates
chr15:90544752-90611827:+
Coord C1 exon
chr15:90544752-90544846
Coord A exon
chr15:90544847-90610341
Coord C2 exon
chr15:90610342-90611827
Length
65495 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
CTTCCCTTCTCCACCCACAGCGA
3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCAGCAGCCCGGGCGGTGGGCAGCCAGGAGCCCCCGGCCCGGCCCGGCCCGGCCCGCCGAGGGCCCCAGCGCAGGAGCCGCGCCCGGACCCAGG
Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Protein Impact
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Features
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Main Skipping Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)