HsaINT0188232 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000227124 | ZNF717
Description
zinc finger protein 717 [Source:HGNC Symbol;Acc:29448]
Coordinates
chr3:75790761-75832515:-
Coord C1 exon
chr3:75832457-75832515
Coord A exon
chr3:75790888-75832456
Coord C2 exon
chr3:75790761-75790887
Length
41569 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
ACAGCCTGGTATCATTACAGGAG
3' ss Score
5.39
Exon sequences
Seq C1 exon
CTATGTTTCCAGTGTTCTCTGGCTGTTTCCAAGAGCTACAAGAAAAGAATAAATCTCTG
Seq A exon
GTGAGTTGTTTATTTGTTCTTCACTTTGTTTTACACTGTATTTTCTGAGTTTATGGGTGTCTGTGAATTAAAAAAGAAAAGTGGAAATAAGTAAAACTCAGGTTGAAGGAAATATACATAAATAAGATAAAGCTGACCTGTAGATATAGACAGGTTGTAAGAGCTTAGAGTTGTCTAAGTTGAGTGCAAATTTTCCTCTGATCTTTCTGATGCAGTGACAAAAAAGTCAGTCATGGTTGTTACGTGATTGGAATGGAACCCGCGAAGAGAGCATGCTGTGTTCTTGTGGGACAGGAAAGCTTGTGTGCACCAAGTCTGAACCACCACCTTCGGTGGTGACATAGGTTATGTGCTGGAACATATTTCACACCAGCCTGGCAGTAAATACTTGTAGTGTTGTGCAGTGGAAACGGTCATCTTCTGCTAAAGCACGGCATGTTGTGCAGTGGAAACGGTCGTCATCCGCTAAAGCACGGCGTGTTGTGCAGTGGAAATGGTCATCTGCCGCTAAAGCACGGTGTGTTGTGCAGTGGAAACGGTCATCGTCCGCTAAAGCACGGCATGTTGTGCAGTGGAAATGGTCATCTGCTGCTAAAGCATAGTGTGTTGTGTAGTGGAAATGGTCATCTGCCGCTAAAGCACAGTGTGTTGTGCAGTGGAAATGGTCATCTGCCGCTAAAGCACAGCTTCCATCATAAGGTATGCTCCTTGCTGTGGTGGAACATATTTCACACCAGCCTGGCAGTAAACACTTGTAGTGTTGTGCAGTGGAAACAGTCATCTTCCACTAAAGCACGGCCTGTTGTGCAGTGGAAATGGGCATCTGCTGCCAAAGCACAGCTTCCATTGTAAGGTATGCTCCTTGCTCAAAGAGTGTGGTCCCAAACAGCTTTTGGGAGGTGCTCCTTGATTCATGGATGAAACCTGGAACATCTTGAGAACTGAGTTAACCACAGGTCCTTAAATAACTCTCCACACCTTTATCTTAGTTTATCTCTACATGCAGGGTGTGCAGCAGCCTGTTCAAAGTTATATTTTCTGGGAAATACTTCCAGTGTTTATTTGCACTTTAGCCCACTCTGTGTAGTCCTAACTTATTTCTTCTAAACTCACCATTAACCTAAATAATAGTCAAATTTAGGGGGACTGTGATTGCCTTACTCGAGTCTTCTACCATAGTTGAAACTGTCGTATCCGAGCGAGTTAGAGAGAAACGCCACACTTTGAGACGAGTTCAGGAGTCCTTTATTAGCCAGCGACTGAGAGATGGCTAACGCACGAAATTCTCTCGGCCCCGGATAAGGGGCTAGCTTTTCTTTTATACTTTGGTTTAGAGAGGGGAGGGGGGATTCTAGCTGCAGCAACCTTACAGAAGAAAAAACAGACAAAAAAGTTAAAACGACAGATGGTTACAGGAAAACAAACTGTTCCAGGTGCAGGGGCTTTAAATTCACCACAAAGTGATAGGTGAGGGGGCTCTGGGCGTTAGCTGCCGGACAAATGTGCGGGCTTTATGATACTATCTCTGAGTAAATTGCTGGGAACTGCAGACATCACTTGCCTCAGCGCTTTATCAGTTAATTGCAGTCTTTGATATGTTGAAAGTCAGCTTGCACAAGTTAAAGTCCTTGAGGAAAGGGAGTGGGTAAGGAGCCCTTGATGTCTTATAAATGAAGGAGCCAAATGGAGTTTGTCCGGTTTTCTCAGCTAAGGGAGAGTCTATTCATATTAAAAACAAGGTTAGGTATCTAAGGACGAGTCTATTCATGTTAACACAACTTTGGGTATTACAAAATGTCTGTTCATGATCTGGAAATTCTTCTGTGTTAGTTCTGTTAAAAGAAAAACTTTAAAGGAGTTTAGTTGAGCAATAAACGATTCATGAATCGGAGAGTCCCCAGAAACACAGCAGATTCACAGAGACTCCAGCACAGTCATTTGGTGGAAGAAGATTTATAGACAAAAGGGAAGTGGCATACCGAAATCAGAAGTGAGGTACAGAAACAACTCAGCATTTGCCTTGTTTGAACACAGTTTGAACACTTGGCAGTGCCTGAGTGGTTGAAGTTTGGCCACTGGGATTGGCCAAGACGCAGCTGTTGTTCCAGGTGCATACTCTCAAGTTAGGTTTTCATTCTTGTCTACCTATTAAGGTAGGTTGCAGTTCATCCACAAGGACTCATATATAGAATTATGGAGTCCTTCTCAGGCCATACTTAGTTCACTTTAACAATTCCTTCCCTTTGGTTATTTTCTCAATTTTGAGAGATTGGCCAAAACTTCAGTCACTGGTGTCACTATTACCATTGCAAATGTACTTACTTGCTTTAGAAACCCACTGGGAAATAGACCAGTGAGTTTTGAAAAGGTGGACCAAGGACTTGAGTAGAAGGTACCTTCTTATGCTGGAACGTCCTGTTTACAGGAGAAAAACAAAACCTGGTTTGTTCTAGGATTTATGTGTTTCCTTAAAGTCTTAGTTTGATTATGTTACATTTAGCATGAGTAACTCCATTTTGGTTTGGTTTGGTCTGTTGGGACCTATTGCATGAGCTTAGTTTAAAACAATGGCCTCGCATAATTTTGCTTAAAAAATTCCTCCTTTTGGCTGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACAAGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAATACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGAGCGTGGTGGTGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGAATGGCCTGAACCCGGGAGGCGGAACTTGCAATGAGCCAAGATCTTGCCACTGCACTCCACTCTGGGGGACAGAGCAAGACTCTATCTCAGAAAAAAAATAATTCCTCCTTTTTAGTCAAGTTCTCACTTAGTTGAGAGTGTGACCAAAATGTAGGGCCTTAGCACTACTGTTAGTTACCATTGTTTTAGGTTTCCGGTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCAGTTTTAGCACGTGACTCCCATTTTTTGGGTTTCTGGGTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCAGTTTTAGCACGTCAGCTCCATTGTTTTGGGTTCCAGTTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTGGCTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTGGCTTAGCACGTCACTCCCATTGCTTTGGGTTCTGGTTTAGCACGTCTCTCCCATTGTTTTGGGTTCTGGTTTTAGCAAGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCTGTTTAGCACATCTCTCCCATTGTTTTGGGTTCCAGTTTTAGCACATCACTCCCGTTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCAGGACACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCACGACACTCCCATGGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCACGACACTCCCATGGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACGTCACTCCCATTGCTTTGGATCCTGGTTTAGCACGACTCTCCCATTGTTTTGGGTTCTGGTTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCTGTTTAGCACATCTCTCCCAGTGTTTTGGGTTGCGGTTTTAGCACGTCACTCCCGTTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCAGGACACTCCCATTGTTTTGGGTTCTGGTTTTTGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTAGTTTAGCACATCACTCCCTTTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCAGTTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTAGGTTTCTGGTTTTAGCAGATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACATCACTCCCATTATTTTGGGTTTCTGGTTTTAGCAGATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCAGTTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTCGCACGTCACTCCCATTGTTTTGTGTTCTGGTTTTAGCACGTCAATCCCATTGTTTTGGGTTCCTAGTTTAGCAGGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTTGCGCATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACCTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACAGCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACCTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACAGCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTTGCGCATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACCTCACTCCCATTATTTTGGGTTCCGGTTTTAGCATATCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCATGACACTCCCATTGTTTTGGTTTACGGGTTTTGCACATCACTCACATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTTTTGGTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCTGGTTTTAGCAAGTCACTCCCATTGTTTTTGGTTTCTGGTTTTGGCAGGTCACTCCCATTGTTTTGTTTTCCGGTTTTAGCATGTCACTCCCACTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCACGTCACTGCCATTGTTTTGCGTTCCGGTTTTAGCATGTCACTCCCACTGTTTTGGGTTTCTGGTCTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCACATCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCAGATCACTCCCATTGTTTTGGGTTTCTGGTTTAGCACGTCACTCCCATTGTTTTGGGTTCCGGTTTTAGCAGATCACT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Seq C2 exon
GAGTTGGTGTCCTTTGAGGAGGTAGCTGTGCACTTCACCTGGGAGGAGTGGCAGGACCTGGATGATGCTCAGAGGACCCTGTACAGGGACGTGATGCTGGAGACCTACAGCAGCCTGGTATCATTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000227124-ZNF717:NM_001128223:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=74.5)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)