HsaINT0188373 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197782 | ZNF780A
Description
zinc finger protein 780A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27603]
Coordinates
chr19:40084745-40090235:-
Coord C1 exon
chr19:40090166-40090235
Coord A exon
chr19:40084799-40090165
Coord C2 exon
chr19:40084745-40084798
Length
5367 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
TTGTTGTTGTTGTTTTCCAGGGG
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGTATTTTTATCCAAAAGAAGGACCTGGAGGAGGATGAGAGCGTTACTGCTGCACACCTAAAGTCAAGG
Seq A exon
GTGAGTTTGTGCTTTGTATTTGTTCAAGACATGCGTTTTTGATTTTAGAATATTGAGATTTCCCCTTAAATTTTCAGTGAAACTAGGGGGATATGCAAATTGATTCGTGCCCCCTCCTTCACCTTTCCACTTAATAGTCACAAAACAATTTGGCAAATCGTTCACACCTTCCTGTGCGCTCTCTTTTTCGAAGCTGGTATAGAAATACACCTCCAGTAGTTAATATTAAAGCTCCATTTTAGACCCATATTTGGGAAGGAGGAGATTAGTGTTTAGGTGGAATCACACACTAGACATCAGTTGGTCTTTACAGACCTCCTTTTCAAAACAGGGAAGAATGGAGATGGTTGGATGATCTCCATTGCCTGTGAGGCATTCGGTAGTGGAAAAGTGACCGCACAGAAATTGGTATCAACAAGAGCCAGGATTTTTCCAGGGAGTCCATGAGATGATATTTGTAATACTTGCCAGATCTCTCTGAGGTTTGGCAGCTCCAGTTGTGTTTTAGGCGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTGTGAGAGGCAGTACACTGTTGTGGTTAAGAATAGGGGAGTGGATCCAGAGTATCTGGGTTGGAATATTGGTTCTGTCATTAGAATGAATTAATATCGTAAAGCCCCTTAGAGCAGTGCTAGGCATATAATAATGTTTAATATGTTTTAACTGTTGTTTTTTGTGTAGTCATTTTAAGTCATTCCCCTTGACTCTCTACAGAACAGGAGCATTGGGAATATGTGATTCATTGCGACTGCTGGTTGTATATTAAGAAAATGAGTGAGGGGCTCAAATGATCTAGGACAGAAATTCTTTCTTTTTAAATCGACAGATATAATTGTATGTATTTATCATGTGCAACATGAAGTTTTATGGTATGTATACATTGTGGAATGACTAAATCTAGCTAATTAACAATGCATTACCTCACATAGTTATCATTTTTGTGGTGAGAACACTTAATATCCACCCTCCTAGCATTTTTCAAGACTACAGAATATTGTTATTAATTGGAGATACCCTGTTGTGTAATAGATCTCCTGAACTTATTTCTCTTATCTTCCTGAAATTTTGTATCCTTTGACCAACATTTCCCCAGTCAACACTGCCCTCCTTCCTCCCTCACCCACATTACCCCAGATCTGTAAATACGATTCTACTCTCCACTTCTATGATATCAACTTTTTTAGATTTGGCTGAAGAGTGAGATCATATGTCTTTCTGTGCTTGGCTTACTTCACTTAATATGATGTTCTCCAGGTTCATCCATGTTTTTGCAAATGACAGAATTTCCTGCTTTTTATGGCTAAATAGTATTCCCTTGTGTAAATATACCTGCATATATACCACATTTTCTTTATCCATTTATTCATTGTTAGACGCGTAGGTTGATGCCATATCTTGGCTATTGTGAATAATGCTGCAATAAACATGGGTATGCTGATATCTCTTTGACATACAGATTTCATTTCCTTTGGAGATATATTCCCAGTAGTGGGATGGCTGGATCATATGGTAGTTCTATTTCTAATTTTTTGAGGAACCTCCATACTGTTTTCCATAATGGCTGTGCCCATTTACATTCTCACCCACAGTGTGTAAGCGTTCCCCTTTTCTTGCCAATACTTGTTAACATTTGTCTTTCCAGTAGCCACCCTAACAGGTATGAGCTAATATCTTATTGCGGGTTTAATTTTCATTTCCCTGATGATTAGTGATGTTGAGTATTTTTTCATAAACTGTTGGCCATTTATATGTCTTCTTTTGGGATGTGCCTGTTCAGGTCCTTTGCCCATCTTTTAATCAGGTTTTTTTTTGCTGTTGAGTTGTTTGACTTCTGCATACATTTTGGATCTTAATCTCTTATCATATATATGGTTGCAAATATTTTCTCTCATTCTACAAGATGTCTCTTCACTTTGTTGATTGTTTCCTTTTCTGTGCAGAAGCTTTTTAGCTTGACATAATTTCATTCGTTCATTTTTGCTTTTGTTACCTGTGCTTTTGAGGTCATATCCCAAAAAAAATCATTGCTCAGATCAGTTTCACAGAGCTTTCCCCCTATGTTTTCTTCTATTTGTTTCATAGTTTAGGATCTTACATTTAAGTCTTTAATCTGTTTAGAGTTGATGTTTGTATAATGGTTTGAGATAAGGGTCTAATTTCATTTTTCTGCATATGGATACCTACTTTTCACAACAGTATTTTTTGAAGAGTCTCTCTTTTCCCCATTGTATGTTCTTGGTACCCTCCTCAAAACTCGGTTGGTTATAAATATATGGATTTATTCTGGGCCTCTCTATTCTGTTTCTTTGGTCTATGTGTCTGTTTTTATGTCAGTACCTTGTTGTTTTGGTTACTATAGCTTTGTAGTATATCTTGAAGTCAGATAGTTTTGATGAGTCCAACTTTGTTCCTTTTGCTCAAGATTGCTTTGGCTATTTGGGTCTTTTGTGGTTCTATACAAATTTTAGCATTTTTGTTTTTTTCCTGTTTCTGTAAGGAATGTAGGACAGAAATTCTTAACCTGAGTTCCTGTGACTCCATTTATGGTCTCAGGGACCAAAAGCTCTTGAAATAAAATATTGAAGTATTATAGAAATTTATAAATGTGGGTTTTAGGGGGAGAAATAGTGTATCATTTCATAAGATTATCAAAAAAATTTATGTGACCCATGAGGTTTGGATCCATTGATCTAGATAGAACATTGGTTCTCAGCTGGGGTGATGTTTAGAAACTTTCGGTTGTCATGCTGTCGGGGAGGGTGCTACTTAGATCTAATGGATAGAGGTCAGGAATGCTGCTAAACATTGTGTTATGCACAGGATAGCTCTCCCCACTCTCCCATCTAAGAATTATCCAGCACAATATGTCAGTAGTGCCTAGGGTGAAAAACTGTAGTCCAGAATCAAAAGATTGTGATATCTGGAATGACATTGTAAATGATCTTGTATAAAATAAGTGTCCTATAATACAGAAATCATTAAGCTAATCATACTAGACTCAAGTGATAGAGTATTACACAGGTAATAAAATGATGTCTATAAGGAATTATGAAAAGAAAAATATTTGATATATCATTAAGCAATATTCATGCTATGAACAATAATACTCAAGAAAATGTTACATGGGGCGGGGCGCGGTGGCTCACACCTGAAATCCCAGCACTTTAGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCATTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTTGCCAACGTGGTGAAACCTTGTCTCTACTAAAAATATAAAAACTAGCCGGGAGTGGTGGCAGGCGCCTATAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGTTTGAACCTGGGAGGCTGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCAGGCCACAGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCACCCCTGCCCCCCAAAAAGAAATTGTTATGTTTTATATGAATCCCATATACTAAGATAGGGTTTTTGTATAAGAATTCTATAAGAATTCTATCTGAAGGCATTCTATAAGAATTATATCTAAAATAATATTTTAATTGGTTATTTGGTGAAGAAGGGAACCAAGCATGGTGGTGTATATTTCACAAATTTTCTCACATAGTTTGCAAATGCCACTTATCTGCATTGTGTTCATTCAAAGAAGAATCTTGATAATGAGAATATCTAATTATATTGGTGAGATACAGCTAAAGGATATTAGAACTAGCTGATGTTATTTGTTGTAGTCACTTTAACCTCTTTTGTTGAATCTCGTGACAGGCTCAGGTTTTTTTCCTGATAACTCTGTTTTTATTTTTTACTTCAAAAGTAGAAATAGACTATCATTAATGCATACAAGACATTGGTTGGGGACTTGTAGACAATTTTTTCTAGAGATTGCTCCAACATACATAGAAAAACATAGACATCTTAGTGTTGGTCAAGAATTGGAAAATAAAGGAAACAAACTTGTTAAGTAAAAACAACAGTTCATTAGAGTATGCTGATTTCCCACCCCAAGTTCAAAGGGAGATATCTAAATAAAAAGTGTCTTTCATCTAATTTGGAGAAGTTTCCTCATAGGAAAGAAATGTGTATGTACATTTATATATGTCCATATATAGAGATGCATACACACACACACACACATATATATATATAAATATATATATACACACACACATATATATATACACACACGTGTGTGTGTGTGTGAATATAACTATATATATTCCAAGTTAATGCTTGGATGTAGTTACAATTTTTTTTTATATGAAGGCTCGCTCTGTTGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTTACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTATAGGCATGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGAGGTATCACCATGTTGGCCAGGTTGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCGGCCATGAAATGCTCTTAAGCAAAAAGAAGAAAATTGGAGCTACAATACACAGAGGAGAACTCTTAACATGTATATAATTTTCTAAATTTTTTTCTATTAATGTCTGTTAGTCTTTTTATTAGTATTTCTATATACATATATTTTACAAATGTAATCATATTATCTATCCTGTTTTGTAACCTGATTTTTCTGTTAATCATATATCTTGAACGTTTAATATTTACTTTGTATTCTATTAAGTGGATGTTCTGAACTGTATTAACCAACTGGCTTTTGCTGAATTTAGAATGCTGAACACTGTCAGTGCAATTTGGTGCAAACACTGCCAGTGCAAATATGCTTTCCAGTTCTCATGCCTTCCCCCACTGCACCCAATCCTGATTTCACAAAGAGGTTCTGGTTTGGATGATGCAATCCCTTCTCAGCTCTGAAAGGTGGGACTGGGGGAGGAGGATCTGCTAAGGGCAGGATCAGAGGTCCAGACCTAGGCCAAGATAGGTATCCCAAGAATGGAGGACTGGCTGGAAGCCACAACTTCAAGGCAGAAATGCCTGTGCTCGGCATTCATGCTTCTGCCGCAGGTTCCCTGGGATGCAGGCGAGAGCTTGGTTTCATCCCTACTCCACCCGTTCACTGCCAGCTATTTGTGAGAGAGTGTGTGTGGGGGCAAGGGGAGTGATGGGAGAAGGGTGGAAGTGTGCGTGTTAGCAGGAGTAGTTGAGAAATAGGAACGGAGGATAAAATAGTTATTTGCTTTTGAGACACAGCTTTAATTGTGGCCTTTTTGTTGTTGTTGTTTTCCAG
Seq C2 exon
GGGAGAAGCCCGAGGAAGATTGACCAGTTTTGTAATTCTAGCAACATGGTCCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197782:ENST00000450241:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains