HsaINT0188455 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197779 | ZNF81
Description
zinc finger protein 81 [Source:HGNC Symbol;Acc:13156]
Coordinates
chrX:47696301-47705720:+
Coord C1 exon
chrX:47696301-47696386
Coord A exon
chrX:47696387-47705503
Coord C2 exon
chrX:47705504-47705720
Length
9117 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGATG
5' ss Score
4.44
3' ss Seq
TATGGACACTGTCTTTCCAGAGT
3' ss Score
6.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAGCGGCTGCGGTTCTCGCCGGTTCTCAGCCGGGGTTTGATAGTTGTCAGGAGGATTCGACGTTCAGTGCCCAGGGATGTGGAG
Seq A exon
GTGATGGGGGGCCGGGGAGGGTGAGTGCTGGGCGATTCTGTGTGGCCAGTGATGGAATCGTTTATCTAACTTGAGTTGGATGATTCACTCATCATTTTGCAGGCTTTTCTCTTTTCTAACATCACCGTTAAGGTCTTAAAGTTCATTCTAAGCCCCATTGGGTTTGGAGCATTATGTTTTTTAAGAGTGTTAACTTGTATTCATTTGTCTTTTACCCGGGAGTTATTCAAAAGTGGGGTTTCAGTGTGCAAAAGTTTATCTCTGTAATGGATCTCTAACCTTAGTTTTCTGTGTTAGAAAAATATCTACGTGAAGCTCATTCCTTGAAATATAAGGAGACTTATGGCCTAGTCCGTGGTGAATTTTTAGAAACGTTCTATATATAACTTGAAAATAATATTTAATTATTTAGTCGTCAATTGTGTCATAGAAAATCTATCCTTTTTTGTCTGCTTCTTCTATTACTTCGAGGAGAGAGAAATTCTCCACTGTGATGGTGATTTGTCTGTGTCTCCTTACTGCTGTCTGTGATCCTCTGTGAGTTACTTTTTGTATAAAGTATGAGACTTAGGTCGAGGTGCATTAATTTGCTTATGGATGTCCAGACTGAAGCACCATTTGTTGAAAAGACTATCTTTCCTCCATTGACTTGTCTTTCACCATTGTCAAAAATAAGTTGGCCATACTTGTGTGTGGGCTCTTTCTGGGTTTGCTATTCAGTTCATTGTCTATGTGTCTATCCCTCTGCCAGTACTACCTTGCTGTCTTGAATTGGATAGAGTGATTCCTCTCACTTTATTCTTTTTCAAAATTGTTTTAATGCCTCTGGTTCCCTTGCCTTTCCTATATGCATTTTAGAAAATCTTGTCTCTATCTACAAAGCATCTTGCTTGGATTTTGATAGGAATTGCATTAAACCTGTATACCAACTCGGGAAGAAGTTAAGTCTTAACTGTGCCAAGTCTTCCAATCCATATACATAGTATGTCTCTCTATTTATTTAGATCTTTTAAAATTTCTATAAATGGTGTATTTTAATTTTCATCACCCAAGTTCTGTACATGTCTTATTCAATTTATACCTAAGTATTTAATTGTTTTGGAGTGGTCATAAATGGTGTTATCTTTTAAATTGTTGCTTATATATAGGAATACAATTGAGTTTTGTCTGTTGGTCTTGTATCCTGCAATCTTGCTGAGCTCAATTATTAGGTTTTACACCTTTTTTGGCAGATTCCTTGGATTTTCTGCATGAGCAATCATGTCATATACAAACAGGGATAGTTTTATTTCTTTCTTTCCAATCTTTATACCTCTGCTTTTCTTCCCTTATTACACTGGCAAGAAGTTCCAGTACTATGTTGAATAAGAGAGTGGACATCTTTGCATTGTTTTCAGTCTTAGGGGGAAAATATTCAACCTTTTACCATTAAGTATGATTTTAGCTGTAGGGCTTTCTTTTTTTGGACCCTCTTTTTTGGTTGAGGAAGTTCCCCTCTATTTTTAATTTCAAAAGTAGTTTTTATCGTGAATGGGTGTTGAATTTCATCAACACTCTGAATTTTGATGATCTTGTGATTTTTTTTCTTTTTTAGCTTGTCAGTATGGAGGGTTATGCTGATTGATTTTTGAATATTGAACTAGTCTTACATTCCTGGAATAAACCCTACTTGGTTGTGATGTATAATTCTTTGGATATATTGAAGGAATTGATTAGCTAATGCTTTTTTGAGGATTTTTGCATCTAAGTTCATGGGAAATATTTGTCTATAGTTTTCTTTTTTATACTATCTTTGTCTGGTTTTATTTTTTATTTTTGAGACAGGCTCTCACTCTGTTCCTCAGGCTGGAATGCAGTGGTGTGACCATGGCTTACTGCAGCCTTGACCTCCCAGCCTCAAGTGATTCTTCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTCCAGGCACACGCCACCACACCCAACTAATTTTATTATTTTTTGTAAACCGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAATCTCCTGGGCTCAAATAGTCCTCCTGCCTCAGCCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTTAGCCACTGCTCTTGGCTTTGTCTGGTTTTAGTATTAGGGTAATACTGGCCTCATTGAATGAGTTGGGGACTATTTCCTCCTCTTCTGTTTTCTGGAAGAGACTGTGTAGAATAAGTACTAATTTTTATTTAAATATTTAAATATTTGGTAGACTTCTCCAGTGAAGCCATCTGGGCCTGGAAACTTCCATTTGGAAGCTTTTTGATCATGGCTTCAATGTCTGTAATAGTTATGTAACTATTCAGATTATCTATTTAATATCATTTTAGACTACAGGTTAAGCATCCCTAATTCAAAAATCTGAAATCCAAAATGCTTCAAAATCCAAAACTTTCTGAGTGCCAACATAATGCCACAAGCAAAATTTCACACCTGATTTTGTGACAGGTCACAGTCAAAATGCAGTGAAAACTTTGTTTCATGCACAAAATTATTAAACATGTTATATAAAATTACCTTCAGGCTATGTTATAAGGTAACATAGTGTACATGAAACATAAATGAATTCTGTGTGTATACTTGGGTCTCATTCTGCAAGATACTTTATTATGTATATGCATATATTCCAAAATAAAAAAAAACTGAAATCTGAAACACTTCTGTTCCCAAGCATTTTGGATAAGAGACATTCAACCTGCATTTAATAGTGGGTGAATTGTGGTACTTTGCATTTTACAAGGAATTGGACTGTTTCATCCAAGTTGTTGAATTTATGTGCACAAAGTTGTTGTGGTATTCCCTTACTATCCTTTTAATGCAAGCTTGTCCAACCCGCTGTCCGTGGGCCACATGTGGCTCCGGACAGCTTGGAATGCAGCCCAACACAAATTCGTAAACTTTCTTAAAATATTGTGAGTTTTTTTTGCATTTTTTTTAAAGCTCATCAGCTATCGTTAGTGTTAGTGTATTTTATGTGTGGTGAAAGACAATTCTTCTTCCAGTGGGGCCCAGGGAAGCCAAAAGATTAGATACCCCTGTTTTAATGGCTGCAGGATCTGCAGTTACATCTCTGTGTTTCATTTCTAATATTGGTAATTTGTGTCTTCATGTCTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGAGACAAGTGAACATTTATTTTTGTGCCTTTCTTCCTATGTGTATTTCGAGTCTTTTTCAAAACAAGTCCCCAGGAATCTCCAGATTCAATTATGTCCCTGGGCTTGGTCGACTGCTGCAGGATTCTTAGGAAGCATTATACAAATGCTAGAGTTACTCATTAACCAACATTAAACCCTAGGATAGAAGATGCAGCAAAGCAGGACTCCTTCCTCCGTGGAATGTGCTGATTTCAGATGAGGCCGCAGCCAATGTAGAAAATGCTGGAATTTTTCCTTGAAACTGGACTGTGATGAGAGGTGCTTGCCATGAACATAAGCTACTGTCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGCTGTTGTTGTCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCGGCTCACCCCAACCTCCGCCTCCCAGGCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCTTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTGCAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCGAGCTACTGTCTTTTCTTTGACCCTTCCTTTCCAGTTTTTGAAGATAAAGCAGGAGATAAACTTCTCTGAAGATACTTGATAAAAATTCCCCCCAAAAATAAAAACACATGCTTCCACTTCATTGATACAAATTTACTGCAGTTTGGCACCTGGGTCTAGTTCAGCTGGTGGATGAGCAGATTGATGTGTTCACCCCGATAGCCAGGTGTGCCCGTCTCCTTGAGGAAGCCTACTCTATTTTTGGTAGCATGACGGGCCACTGACAGGTGGAAAGGGCTCAAGAACCATGAGATCTCCTCGAAATGTTTCCCTGGGAAGGCAATTTCATGAATGAGGTCTTCCAAGCAAATGACACCAAACTTCCCCAGGTGCTCCTCAATCACTGTACTGTCTGTCAGAGGGATGGTCTTATTCTTGACCTTGGCTTGTCTATGTTTAAAAATGAGTTCCCGGACAGACTTCAGATTTGGAAATCCCCAGGTCACATAAGGTTCCACTATATGCAGCATTTTTAGGTTCTGGGAGGTAACTTTTACAAAGACACCACTAAAAATTTTCTTTAGGCGGTCTTGCAGTGGTTCTCTGCACCAGTAAACTCACGCCATCAATCCTTTCGATGTGTATGACAAAGGCCAAGGAATGTTTATCTGGCAATTCCAAGGCATGAGGTTTCACTTCTAGTCGTCTGAGACGCACCTTGTCACGTTTCTGCCGCCAGGAATCATGTAGGAATGATTCCAGTCACTTAAACCTAAGCCTTTTTCCTTTCCTCTGCTCCTTCTTTGCCAAAAGTGCCTGCTTTGCCTGGGTGGCTTTGAGGGCTTGATAAACCTTCCTCTTTTTTCAGGAGATTTTCTGGAACCAAAGGGATTTTTCTTTGCTCTTGCTCTGCCATCTTTCTAGTCGTGTCTTTTTTATCTTTGTCAATCTTGCTGGAGGATTACAAGTTTTATTGTTCTTTTCAAAAGACCAGCTATTGGATTTATTTATTTTTTCTATTGTTTTTCTGTTTTCAATTTCATTGATTTCTGCTCTTGTATTTATTACTTCCTTCCGCTTAGTTTGAGTTTTCTTTTTCTAGTTTCTTGAGGTGGGAGCTTAGATTATTGATTTAAGACCTTTCCTCTTTTCTCATATAAACATTTAGTGCTATAATGTTCCCTCTCAACAGTGCTTTATCTGTACCCCACAGATTTTGATATGTTACATTTTTCGTTTTCATTCATCACATTTTAATTTCCCTTGGGACTTCATCTTTGATCCATGGATCATATAGAAATATATTATTTAAAGTATCTGGAGATTCTCCTGTTATCTTTCTGTTGTTGATTGATAGTTCTATGCTATTATAATCAGAGAACATACTCTGTACGACTTCAATTTGTGGAGGTGTTTTATGACCCCCGGTGTGGTCTATTTGGAGAATGTTCAGCAGGTGCTTGAAAGGAAGGTGCATTCCATTAGTGTTTGGCTGGAGAAGGCTGTGTATCTTCAAAAAGGTTTTCTGTTCAGCGAAGTCACCTTTTTCCTGGTCCGTTAACAGGAATGGCTTTTCTTGGAGCCATATTGTTTTGGCGGGGGGAGTCTGTTCCTGTTGATGGTTCTGAGTTGTAAGTTTCTGCAGTACCTTTTGATGATATATGGGAGGATAAAGGAAAACCCAGGGAACTCAACCACTGTGCTGTTCAAGTCCTGAGGTCTGCAAGCTGTCCTCCTTACCTTTCTACCTTTCAGAGTCTTCTGATTTGTGTTTGTTGTTTTAATTTTTTTTCTGGTCTCTTCTACATGTACTAACCTCTTCTTTCTTTTCTGTGTTTTGGTTTTGTTTTGTTTTTTTGATAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTTTGTGTGATCTCAACTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGAATTACAGGTGCGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTACTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAACTGATCTGCCAGCCTTGGCTTCCCAAAGTTCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACACTCGGTTTCTTTTCTTTTCTTATATTAACTTTGTTAATTTGCATTTTACTAGGGAAGCACTTGTTTTATGGCAGTATTAAAATGCATTGCTATACAGTTATGCATAATGTTCTGCAATAACTGCTTTAAACACCTTCCTATCTGGGAAAGATTTTCCTCTCATTTTGAATATATGTATATGTGTATGTGTGTGTATGGTTTCTATGGTTTTAAGGCTCTTCCATGATGTAATAGGTATCTGTACTTCTTTTTTATTACCAAATAATACTCTATTGTATATATATGGCAAATTTTGTTTATCCATTCATCACTTGATGGACATTTGGATTATTTCCACTTTTTGGCTATTATGGATAATGCTGCTGTGACTATTTGTGTATAAGTTTTGGAATGGACATATGTTTTAATTTCTCTTGCATAGACATGGTCTCCTAATCAAATGGAAGATTTGGGTTTTGATTTGTATTTTCCTAATGACTGATGATGATAATTATCTTATGTTATTCCTATATCTACACACACACACACACACACACACACACACACATTCTTGACTCCTTTATCTGATTTGCTAGAGAGTTTTTTTTATGACATTGGTCATTTCCATTTGTTTATTTTTTTTGAGACAGTTTCTCACTCTGTCATCCAGGCTGGACTGCAGTGATGCAACTGTGGCTCACTGCATCTTCGACTTCCCAGGCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGTCTTCCTGAATAGCTGGAACTACAGGTGCACACAACCATGCCTGGCTAATTTTTCTATTTTTTTGTAGAGATAAGGTTTCACCATGTTGCCCAGGTTGGGCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTATAGGCATGAGCCACTGCGCCTGGCTACATTGGTCATTTCATTTCTTTTTTTTCTTTAAACCTCCTATATTTATTTGATTTAGTTAAGGTTTTATTAATTACTTCCTGGTTTTGGTTTTTGTTTTGCTTAATTTTGTTTTTTCTAATTCTAATGTTTTAGGTTGAATATATAGCTCATTTTTGGGTTGTATTTATTTTTAATTAAAACCAAAGCTATTTAAAGCAGTAAATTTCACTCCAAATACAATGCTGTATTCCGTAACTTCTGGTAAAATTTGTATAGCTTCTGTATTGATTTCCCACTTTGATCCTGGGTTATTCAGGAAAAAGTTTTCTTCCCCTTTTAAAAAATAAGATTTATTTAGGTATATTCCAATACCATAAAATTCACCCACTTAAAGTATGTAGCTCAGTGGTTTTTAGTATATTAACAGAGTTGTGCAGCCATCACCACAATCTAATTTTAGAACCTTTTCAACACACCCAAAAGAAATCCTGTCCTCATTAGCAGACATTTACCATTCATGCCACCTCATACTCCCAGCCCTAGGCAACCACTCTTCTATTTCTGTCTCTGTGGATTTGCCTATTCTGGATATTTCACATGAGTGGAATCACAAAATATGTGGTCTTTTGTGACCGGCTTCTTTCACTTAGGGTAGAGTTTTCAGGGGTCATCCATGTTGTAGTAAGTATTAGTACTTCTTTTGTATTACCAAATGTTATAATATTCCATTGTGTATATATGCGAAATTTTGTTTATCCATTCATCAATTGACATCAAACATTTGGATTGTTTCTACTTTTTGGCTGCTATGAATAATGCTGCTGTAAATATTTGTATACAAGTTTTGGAATGGACATGGGTTTTTAAAAATTTCTCTTGCATAGATATCTATGAGTGGAATTTCTGGGTTATATGGTGACTTTATGGTTGATATTTTGAGAAACTGCCAAACTGTTTTTCAGAATGAGTGCACCATTTTACAATCCAACCAGCAATGTATGAGAGCCCCAATTTATTCACAGCTCACCAACACTTGTTACTGTCTTTTCTTCTTATGTTAGCCATTTTAGTGGATGTGACATGGTCTCCTAATACATGAAAGATTTTGGTTTTGATTTGCATTTTCCTAATGACTGATGTTGTTGAACATCTTATGTTACGATCAGAGAATGTAAACCTGTCAATTCCCAACATTAAAACATTTATCAGATTTTTTGGTGGCCAAGTTATTTGAAGGAATTTTGTAAAAGTTCCATTACTATAAGAGAATAAAGTATGTTTTCCCTCTTGTTTTGGTATAACATCCTTTTTATGTTTTTAAAATTTAACTTGTTCATGCCTTTTATTTTATTTTACTCTTTATTTATTTTACTTTCTCTTTTCCTCTTCATCCCATTCTTACTTCCATTGTCTTAAGTTCCTCTTTTTTAAGTAGATATTTTTCCTTTCTTAACAAGAATGACTAAATCTACAGTGCCTCTAATAATTGATCAGAATAAAATTGTACCTCAACTTGGACACAGAGACACCCTCTCCTCCCTAGTTCCCTCAACGAGGAAACAGTTTTACCTCTGGATATTTTTGAGTTAATTAAAAAACTTTAGTCCCAGGCTATTAATATTTTTCTTATAGCATGTCTCTTCTGTTTCAAGAAATTTTACTTAACTTTTTTATTCTGAATTCAGGGTCATATTTTCAACATCTGTTAAACAGAACCACATTTATTTTGAACCTACCATGGAAAAGGTATCATATGATATAACTTTGAGGGCGTGAACTTTGGAGCCTTGGTAGACTGGGTTTGACTTAACACCACTAAACCTCTAATTCTGTGTGCATAAAATGAAATAATAATGATTATAACAACACACAGATGAAAGGATTGTTGTGTAAATTACCTGCTATTACATGCTTCCTTATAACAATACTTGGTAACATGTATTAAGTGTTTACCTGGGGCCAGTTCAGCGCTAAGTACCATTGAAACATAATCTCATCTAATTTTCATAACCACTTGAGATAAATATTTCAAATTCATTTTGAAAAATAAACCTGAAGCAGCTTTTTCATGTTCTCATAGCTAAAAGTTGGCAGAGCTAGAATTTAAACCTTTATTAATTTTAGTCCAAATCTCATGCTCTTGCTCATATTCTATTTTAATTGATAAGCAGAATATGTGTTTCTTGGACTTTATCTACTTCACAGTATCCAGTGCAGTGAACTGTACTTTGGTTCCCCCAGGAGATGTCTGTGTAGTAAGTGCTATCTGCCTCTGATCATATGGACACTGTCTTTCCAG
Seq C2 exon
AGTTCTTGGAGTCTCTGCGGAGTCCCTGGGCCAGATCTCACAGTGAAAGCTGCAGGATCTTCCTTCTGACCCCAGCAGTCCCCGTTGAGTCCACCGATCCCACTGGAATTATAAAGTTGTCAGCAAGAAAGCCCCAGGGCTGAAGTCCAAGTCCGTCGGGAACATGCCAGCTAACGAGGACGCTCCCCAGCCAGGGGAACATGGCAGTGCCTGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197779-ZNF81:NM_007137:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.984
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)