HsaINT0188455 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197779 | ZNF81
Description
zinc finger protein 81 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13156]
Coordinates
chrX:47836902-47842768:+
Coord C1 exon
chrX:47836902-47836987
Coord A exon
chrX:47836988-47842649
Coord C2 exon
chrX:47842650-47842768
Length
5662 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGATG
5' ss Score
4.44
3' ss Seq
TTGTTTTGTTTTTTTGATAGAGT
3' ss Score
6.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAGCGGCTGCGGTTCTCGCCGGTTCTCAGCCGGGGTTTGATAGTTGTCAGGAGGATTCGACGTTCAGTGCCCAGGGATGTGGAG
Seq A exon
GTGATGGGGGGCCGGGGAGGGTGAGTGCTGGGCGATTCTGTGTGGCCAGTGATGGAATCGTTTATCTAACTTGAGTTGGATGATTCACTCATCATTTTGCAGGCTTTTCTCTTTTCTAACATCACCGTTAAGGTCTTAAAGTTCATTCTAAGCCCCATTGGGTTTGGAGCATTATGTTTTTTAAGAGTGTTAACTTGTATTCATTTGTCTTTTACCCGGGAGTTATTCAAAAGTGGGGTTTCAGTGTGCAAAAGTTTATCTCTGTAATGGATCTCTAACCTTAGTTTTCTGTGTTAGAAAAATATCTACGTGAAGCTCATTCCTTGAAATATAAGGAGACTTATGGCCTAGTCCGTGGTGAATTTTTAGAAACGTTCTATATATAACTTGAAAATAATATTTAATTATTTAGTCGTCAATTGTGTCATAGAAAATCTATCCTTTTTTGTCTGCTTCTTCTATTACTTCGAGGAGAGAGAAATTCTCCACTGTGATGGTGATTTGTCTGTGTCTCCTTACTGCTGTCTGTGATCCTCTGTGAGTTACTTTTTGTATAAAGTATGAGACTTAGGTCGAGGTGCATTAATTTGCTTATGGATGTCCAGACTGAAGCACCATTTGTTGAAAAGACTATCTTTCCTCCATTGACTTGTCTTTCACCATTGTCAAAAATAAGTTGGCCATACTTGTGTGTGGGCTCTTTCTGGGTTTGCTATTCAGTTCATTGTCTATGTGTCTATCCCTCTGCCAGTACTACCTTGCTGTCTTGAATTGGATAGAGTGATTCCTCTCACTTTATTCTTTTTCAAAATTGTTTTAATGCCTCTGGTTCCCTTGCCTTTCCTATATGCATTTTAGAAAATCTTGTCTCTATCTACAAAGCATCTTGCTTGGATTTTGATAGGAATTGCATTAAACCTGTATACCAACTCGGGAAGAAGTTAAGTCTTAACTGTGCCAAGTCTTCCAATCCATATACATAGTATGTCTCTCTATTTATTTAGATCTTTTAAAATTTCTATAAATGGTGTATTTTAATTTTCATCACCCAAGTTCTGTACATGTCTTATTCAATTTATACCTAAGTATTTAATTGTTTTGGAGTGGTCATAAATGGTGTTATCTTTTAAATTGTTGCTTATATATAGGAATACAATTGAGTTTTGTCTGTTGGTCTTGTATCCTGCAATCTTGCTGAGCTCAATTATTAGGTTTTACACCTTTTTTGGCAGATTCCTTGGATTTTCTGCATGAGCAATCATGTCATATACAAACAGGGATAGTTTTATTTCTTTCTTTCCAATCTTTATACCTCTGCTTTTCTTCCCTTATTACACTGGCAAGAAGTTCCAGTACTATGTTGAATAAGAGAGTGGACATCTTTGCATTGTTTTCAGTCTTAGGGGGAAAATATTCAACCTTTTACCATTAAGTATGATTTTAGCTGTAGGGCTTTCTTTTTTTGGACCCTCTTTTTTGGTTGAGGAAGTTCCCCTCTATTTTTAATTTCAAAAGTAGTTTTTATCGTGAATGGGTGTTGAATTTCATCAACACTCTGAATTTTGATGATCTTGTGATTTTTTTTCTTTTTTAGCTTGTCAGTATGGAGGGTTATGCTGATTGATTTTTGAATATTGAACTAGTCTTACATTCCTGGAATAAACCCTACTTGGTTGTGATGTATAATTCTTTGGATATATTGAAGGAATTGATTAGCTAATGCTTTTTTGAGGATTTTTGCATCTAAGTTCATGGGAAATATTTGTCTATAGTTTTCTTTTTTATACTATCTTTGTCTGGTTTTATTTTTTATTTTTGAGACAGGCTCTCACTCTGTTCCTCAGGCTGGAATGCAGTGGTGTGACCATGGCTTACTGCAGCCTTGACCTCCCAGCCTCAAGTGATTCTTCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTCCAGGCACACGCCACCACACCCAACTAATTTTATTATTTTTTGTAAACCGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAATCTCCTGGGCTCAAATAGTCCTCCTGCCTCAGCCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTTAGCCACTGCTCTTGGCTTTGTCTGGTTTTAGTATTAGGGTAATACTGGCCTCATTGAATGAGTTGGGGACTATTTCCTCCTCTTCTGTTTTCTGGAAGAGACTGTGTAGAATAAGTACTAATTTTTATTTAAATATTTAAATATTTGGTAGACTTCTCCAGTGAAGCCATCTGGGCCTGGAAACTTCCATTTGGAAGCTTTTTGATCATGGCTTCAATGTCTGTAATAGTTATGTAACTATTCAGATTATCTATTTAATATCATTTTAGACTACAGGTTAAGCATCCCTAATTCAAAAATCTGAAATCCAAAATGCTTCAAAATCCAAAACTTTCTGAGTGCCAACATAATGCCACAAGCAAAATTTCACACCTGATTTTGTGACAGGTCACAGTCAAAATGCAGTGAAAACTTTGTTTCATGCACAAAATTATTAAACATGTTATATAAAATTACCTTCAGGCTATGTTATAAGGTAACATAGTGTACATGAAACATAAATGAATTCTGTGTGTATACTTGGGTCTCATTCTGCAAGATACTTTATTATGTATATGCATATATTCCAAAATAAAAAAAAACTGAAATCTGAAACACTTCTGTTCCCAAGCATTTTGGATAAGAGACATTCAACCTGCATTTAATAGTGGGTGAATTGTGGTACTTTGCATTTTACAAGGAATTGGACTGTTTCATCCAAGTTGTTGAATTTATGTGCACAAAGTTGTTGTGGTATTCCCTTACTATCCTTTTAATGCAAGCTTGTCCAACCCGCTGTCCGTGGGCCACATGTGGCTCCGGACAGCTTGGAATGCAGCCCAACACAAATTCGTAAACTTTCTTAAAATATTGTGAGTTTTTTTTGCATTTTTTTTAAAGCTCATCAGCTATCGTTAGTGTTAGTGTATTTTATGTGTGGTGAAAGACAATTCTTCTTCCAGTGGGGCCCAGGGAAGCCAAAAGATTAGATACCCCTGTTTTAATGGCTGCAGGATCTGCAGTTACATCTCTGTGTTTCATTTCTAATATTGGTAATTTGTGTCTTCATGTCTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGAGACAAGTGAACATTTATTTTTGTGCCTTTCTTCCTATGTGTATTTCGAGTCTTTTTCAAAACAAGTCCCCAGGAATCTCCAGATTCAATTATGTCCCTGGGCTTGGTCGACTGCTGCAGGATTCTTAGGAAGCATTATACAAATGCTAGAGTTACTCATTAACCAACATTAAACCCTAGGATAGAAGATGCAGCAAAGCAGGACTCCTTCCTCCGTGGAATGTGCTGATTTCAGATGAGGCCGCAGCCAATGTAGAAAATGCTGGAATTTTTCCTTGAAACTGGACTGTGATGAGAGGTGCTTGCCATGAACATAAGCTACTGTCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGCTGTTGTTGTCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCGGCTCACCCCAACCTCCGCCTCCCAGGCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCTTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTGCAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCGAGCTACTGTCTTTTCTTTGACCCTTCCTTTCCAGTTTTTGAAGATAAAGCAGGAGATAAACTTCTCTGAAGATACTTGATAAAAATTCCCCCCAAAAATAAAAACACATGCTTCCACTTCATTGATACAAATTTACTGCAGTTTGGCACCTGGGTCTAGTTCAGCTGGTGGATGAGCAGATTGATGTGTTCACCCCGATAGCCAGGTGTGCCCGTCTCCTTGAGGAAGCCTACTCTATTTTTGGTAGCATGACGGGCCACTGACAGGTGGAAAGGGCTCAAGAACCATGAGATCTCCTCGAAATGTTTCCCTGGGAAGGCAATTTCATGAATGAGGTCTTCCAAGCAAATGACACCAAACTTCCCCAGGTGCTCCTCAATCACTGTACTGTCTGTCAGAGGGATGGTCTTATTCTTGACCTTGGCTTGTCTATGTTTAAAAATGAGTTCCCGGACAGACTTCAGATTTGGAAATCCCCAGGTCACATAAGGTTCCACTATATGCAGCATTTTTAGGTTCTGGGAGGTAACTTTTACAAAGACACCACTAAAAATTTTCTTTAGGCGGTCTTGCAGTGGTTCTCTGCACCAGTAAACTCACGCCATCAATCCTTTCGATGTGTATGACAAAGGCCAAGGAATGTTTATCTGGCAATTCCAAGGCATGAGGTTTCACTTCTAGTCGTCTGAGACGCACCTTGTCACGTTTCTGCCGCCAGGAATCATGTAGGAATGATTCCAGTCACTTAAACCTAAGCCTTTTTCCTTTCCTCTGCTCCTTCTTTGCCAAAAGTGCCTGCTTTGCCTGGGTGGCTTTGAGGGCTTGATAAACCTTCCTCTTTTTTCAGGAGATTTTCTGGAACCAAAGGGATTTTTCTTTGCTCTTGCTCTGCCATCTTTCTAGTCGTGTCTTTTTTATCTTTGTCAATCTTGCTGGAGGATTACAAGTTTTATTGTTCTTTTCAAAAGACCAGCTATTGGATTTATTTATTTTTTCTATTGTTTTTCTGTTTTCAATTTCATTGATTTCTGCTCTTGTATTTATTACTTCCTTCCGCTTAGTTTGAGTTTTCTTTTTCTAGTTTCTTGAGGTGGGAGCTTAGATTATTGATTTAAGACCTTTCCTCTTTTCTCATATAAACATTTAGTGCTATAATGTTCCCTCTCAACAGTGCTTTATC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Seq C2 exon
AGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTTTGTGTGATCTCAACTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGAATTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197779:ENST00000376954:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains