Special

HsaINT0188474 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000102984 | ZNF821
Description
zinc finger protein 821 [Source:HGNC Symbol;Acc:28043]
Coordinates
chr16:71898806-71913926:-
Coord C1 exon
chr16:71913810-71913926
Coord A exon
chr16:71898952-71913809
Coord C2 exon
chr16:71898806-71898951
Length
14858 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
GACCAGTTTGTGTGTTCCAGGTG
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAGCATCTTGCAAGGAGGTAGTAACATATCCAGTCGTGAAACTGGGAAAGACCAGAGCTCTTGCATCAGGGAAACATGTCCCGTCGGAAACAGACAAATCCAAATAAAGTTCACT
Seq A exon
GTGAGTATCGGGCTTTGTCTTCTGGAACCTGGGAATGCTAAGGGGTGGAATGGAAGAGTAACCTGAATTTAGGGGAGAAGCTCACGCTAATTTGTGAAGAAGAAAAGTTTAAATGTAAAACACAGTTTGCTGAGCAGAAGAGAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAGGGTTAAAAATGTTGGAAATGGTGGATTTAAAGTGTGTCTGGTTGCTGGGGGAGGTGTTGGAAACCTATCTTAGGGGTATGTACACTTGATATATCTTTAATATCACATTAACAAACAGTTATAGGATACCTACTCTCTGCAGATCCTTGTGCTAGATGTCAGGGCTCTAAACCAATATAAGATCTATAAGACCGTATTGTAACCTCAGATATATAAATATGAATGATAGTATATGCTAATTGCCAAACAGATGCTGCAGACTGTATGTACTAGAGAAGTTCGGAGGAAGGAAGTTAAAAGAGCTCAGTGGACTGAAGTAGCAAGGGGAATGCTTAATGGAAAAGCCTCTAGACCATGCGCCTGAACTGGGCCTTAGAGGGTAGAAAATGGATTTGAAAAAAAAAATTAAAAAACAAGAGGCAGGGAGAGGGAACATCAGGTAGGGAAAGTGAAGTGAGCAAAGACAGAAGCGGGAATCCACATGTTCAGAGGACAAGGAGACTTTATATGAAGCAGAGGTCTCATTTGTTCAAAAGTCAGAAGATGTGAGGTTAGAGATGCTTAACTCTACACGTGGAAGGCTGAATGCCAGGCCAAGTTCAAAGTTCATTCTATAGTCCGTAGGGAACTACTGAAGGTTTTTAAGCAGGGAGAGGGGAGTGACATTTAGAATACAGCGTTTTGGTACTATGAAGCAATTTGTGGGATGGATCACAAGAGGGAGAGGCTAGAAACCAGAAGGCCAAGTATACACTATTACCTTGTGTTGTTTTCAACAGTGTCACATGCATGTTTTTCTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGCAGTGTGATCTCTGCAACATCGGCCTCCTGGCTTCAAGCAATTCTCCTGCTGCAACCTGCCGAGTAGCTGGGATTAAGGTGCTCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCGAGGCTGGCCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGGCCACCTCGGGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCACCTGTTGCATATTTTATTTCAGTAATTGCATAGTAAACTTCTAGAAGGCAGAGACTATGTGCCATATGTATTTCCTTATGTATCCTCTTTACTTCTAGCACTACTCATAGAAGGTGTTCAAAAAGTGCCTTCTTAAATTGACATTAATATCTACACAGATTTGAGATAATTAGCCATTTTCCTATTATCTGGGAAGATAATCGTTCCCACCCAAATGTTCGTTAAAAAGACAAATAGTGGCCGGGCGCGGTGGCTTGCACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCCATATCACCTGGGGTAAGGAGTTGGAGACCAGTCTGGCCAACGTGGCAAAAAACTCATCTCCACTAAAAATACAAAAAAAATTAACCAGGCATGGTGGCAGGCACCTATAATCCCAGCTACTCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGTCACTGACTCCAGCCTGGGCAAACATAGACTCCATCAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAAATAGTTCCCTATTATTATGAACTGTTTGAGTAAAGTGCAGCAACATTTGAAGAGAATTCAGAGGTATAACAGATGAAAAGTTTGTAAAAAACAAAAAACCTATATATGTGTGTATATATATATAAAATATATATACATATATATTTATATATATTTTATTTTTTTATATAATATATATAATTTTTTTTTGAGATGAGGTGTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCGACCTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCACGCCCGGCTAAATATTTGTATTTTTTGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAAGTGACCTACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCAGCTGGCTAAAACCCTACATTGGAGAGGACAGATTAGTCAAGTAATTGACAAGATAACTAAAATTTCTTAAAAACATGCTATATAGGCTGGGCGCAGTGGCTCACCACTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATTGCATGAGCCCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGAGCAACATGGCAAAACCCCGTTTTTTCAAAAAAATACAAAAAAACTAGGCCTGGGGGCATACATCTATAGTCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGGTGGGAGGATGGCTGGAGCCTGGGAAGTTGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATTATGCCACTGCACTCCAGTCTGGGTGCCAGAGTGAGACCCCGTCTCAAACAAACAAACAAAAACCAAAAAACTATATCCCAGGCACTATGCACTTTATCTGAATCTTACTGGGTTACTTCAAGAGTAGAAGACAAAATAGTATAAACAGAGGAATTAAGAGGGTTTTGACATTTTATACATTAATGAGATTACAATAGCAAACCTCCATATAAAATTCTTTCTTCTATTTAAGTCCCGGAAAAGTGTAAAACGGAACGAGTTGGATGCTTCTAGGAGTATATTCTGGAATGGGGGTGTGCAAAGGCTACTTAATACACAGATGAGTGGTTTAGGGAAGATTTAGAAATTGCTGCTAAAACAGCAAAATGCAGTGGGCTTGCACGTGAGGATTGTCAAGGAAGATAAAATGAAGTATCTTTAGCCGAGCTCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCAGTGCAGGATAACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGTGCAGCATGGGCAACAAGGCAAAACTCCATCTGTACCAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGAGGTGGCACACACCTGTAGCGCCAGCTACTTGGGAGACAGAGGTGGGAGGATCGCTTGAACCCAAAAGGTCGAGGCTGCAGTGAGCTGAGAGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGAGCGTCGGAGTGAGATCCTGTCTCCAAAAACAAAAAAAGAAAAAGAGAAAGAAAAAAATGAAGTATTTTAGCATAGGCCATCCATCACAGGGGTTTAGGATTGTTTCTCCTCTCTGGTTGATAAAAGACACAAGTGGCCGGGCACAGGTGGTGCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGTGGATCATGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAAGATGTTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGCAGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACTCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATAGTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACCCCGTCTCAAAAAAATAAATAAATAAAAAGACACAAGTGTGACCCCAAGAAGGCATCTGGAAAGGTACTCTTAGTAGAAATGATAGGTTCACAAACAAGGCAAGTATAGGAGTTGGGTGTTCACCTACAAAAGCCATCTGTCCAAGAGCCTGCTTAGATTTGAGGAAAGTAGCTGGTGGGGTGATGGTGTGATTGTAGTAAGGCCAGGGGAGCCACTTCAGGCTTGTGTGGCCAATGTCTATGCCCACGTAGCATATATCCATAAGCTGCATCTCCCTGCACCATAGTCAAAGCCAAGATGAGCTATTAATGGAGTTGAAAAATAGATGGAGGCTAGGCGTGATAGCTCACGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCACCCTGGACAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCGCCAGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGGCGAGGCCGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGTAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAACAAACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGACTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCGCTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGCACGCCTATAATCCCAGCTACTCAGGAGACTAACACGGGAGAATCACTTGAGCCTGGGAAGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACGGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAGGAAAAAAAGAAAAACAGATGGAAAAACAGGCCATGGAGGTGAGGAGAATATCACACATCCACAGTTGCATAAATGAAGTTACAGAGTCAAGCGAAAGAACATTGTTTTGAGGTGGAGTAGGTGGGACTTTGCAGGCTCTGTGGAGGTGGCCATTACAAGGGCCTTTACTGCGGGGCTGTGAGCACAGATGTTCAGCTACAACTAAAGAGCAGACCCCCAGGGAGGGGCTGTTTTCAGTCATGCATTTGGTCAGGGAGCCATGAAGGCTTCTCAGGTGATACACTAAGCTTGACTAAAAAAGAAAAACTGAGATTTGCTAGTTTCAGAGGACCTTCTATTTATTTGTTATTTGGGAACTGAAGCTGACCCTACCCTTTTCAAAAG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Seq C2 exon
GTGACAGTGAGGGTGATGAAGAGGAGACGACACAAGATGAAGTCTCTTCCCACACATCAGAGGAAGATGGAGGGGTGGTCAAAGTGGAGAAAGAGTTAGAAAATACAGAACAGCCTGTTGGTGGGAACGAAGTGGTAGAGCACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000102984-ZNF821:NM_017530:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]