HsaINT0188560 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr19:37234380-37252640:-
Coord C1 exon
chr19:37252545-37252640
Coord A exon
chr19:37241707-37252544
Coord C2 exon
chr19:37234380-37241706
Length
10838 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
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Exon sequences
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-ZNF850:NM_001193552:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
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C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
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Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)