Special

HsaINT1001165 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000236107 | AC010127.3
Description
NA
Coordinates
chr2:166199639-166248276:+
Coord C1 exon
chr2:166199639-166199818
Coord A exon
chr2:166199819-166248194
Coord C2 exon
chr2:166248195-166248276
Length
48376 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAGGG
5' ss Score
5.76
3' ss Seq
TTTTTTCTGTTACCTTTCAGGTA
3' ss Score
12.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NonCoding





No structure available

		

			
Features


			

				
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  C1=NA A=NA C2=NA
 
                        

				
Domain overlap (PFAM):

					





						

							
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NA

							
A:
NA

							
C2:
NA

						

					

				








    
Main Inclusion Isoform:
NA





     
                   









    
Main Skipping Isoform:
NA





     
      









    
Other Inclusion Isoforms:
NA
          









    
Other Skipping Isoforms:
NA
  



Associated events







Conservation


Mouse
(mm10)
chr2:66484559-66512585 
MmuINT1012570
(Gm13629)
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
chr5:2394956-2395560 
RnoINT0009215
(AC122968.1)
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
chr7:19325458-19330818 
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
chr24:41253127-41253526 
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected




Primers PCR

	

		

			
Suggestions for RT-PCR validation

			

				
F: 
No suggested primer sequences

				
R: 
No suggested primer sequences

				
Band lengths: 

			

		

	





	
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]












INCLUSION PATTERN[edit]






SPECIAL DATASETS
  • Autistic and control brains





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