HsaINT1001808 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000229267 | AC072062.1
Description
NA
Coordinates
chr2:214947825-214963274:+
Coord C1 exon
chr2:214947825-214947947
Coord A exon
chr2:214947948-214961809
Coord C2 exon
chr2:214961810-214963274
Length
13862 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGT
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
TTCTTGGTTTCTCCTGATAGGAA
3' ss Score
9.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000229267:ENST00000607412:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains