HsaINT1007686 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169684 | CHRNA5
Description
cholinergic receptor nicotinic alpha 5 subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1959]
Coordinates
chr15:78589805-78595269:+
Coord C1 exon
chr15:78589805-78590636
Coord A exon
chr15:78590637-78593091
Coord C2 exon
chr15:78593092-78595269
Length
2455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCTGT
5' ss Score
5.39
3' ss Seq
TTTTATTTTTTTCCTAACAGGTT
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCAGATGGACGTTTTGAAGGGACCAGTACGAAAACAGTCATCAGGTACAATGGCACTGTCACCTGGACTCCACCGGCAAACTACAAAAGTTCCTGTACCATAGATGTCACGTTTTTCCCATTTGACCTTCAGAACTGTTCCATGAAATTTGGTTCTTGGACTTATGATGGATCACAGGTTGATATAATTCTAGAGGACCAAGATGTAGACAAGAGAGATTTTTTTGATAATGGAGAATGGGAGATTGTGAGTGCAACAGGGAGCAAAGGAAACAGAACCGACAGCTGTTGCTGGTATCCGTATGTCACTTACTCATTTGTAATCAAGCGCCTGCCTCTCTTTTATACCTTGTTCCTTATAATACCCTGTATTGGGCTCTCATTTTTAACTGTACTTGTCTTCTATCTTCCTTCAAATGAAGGTGAAAAGATTTGTCTCTGCACTTCAGTACTTGTGTCTTTGACTGTCTTCCTTCTGGTTATTGAAGAGATCATACCATCATCTTCAAAAGTCATACCTCTAATTGGAGAGTATCTGGTATTTACCATGATTTTTGTGACACTGTCAATTATGGTAACCGTCTTCGCTATCAACATTCATCATCGTTCTTCCTCAACACATAATGCCATGGCGCCTTTGGTCCGCAAGATATTTCTTCACACGCTTCCCAAACTGCTTTGCATGAGAAGTCATGTAGACAGGTACTTCACTCAGAAAGAGGAAACTGAGAGTGGTAGTGGACCAAAATCTTCTAGAAACACATTGGAAGCTGCGCTCGATTCTATTCGCTACATTACAAGACACATCATGAAGGAAAATGATGTCCGTGAG
Seq A exon
GTCTGTGATGTGTATTTACAAATGCAGATCTTCTTCCATTTTAAGTTCAGAAGTTACTTTCATTAATTTTGGCAGAGTAAACAGCATGACCCTTAAGTAAGACTAAGCATAGATTGAGGGCCAGAATTGTTGACATATTTTCTATAAAAGATCTTTACTAAGGCTTGTTTCAGTTAAAGCACCTGCAAAATGGGGCATTTACACAAATCTCACTTCTCCACTTCCCCCATCAGCATCTTGGATAACTCTAAAGAAAATTTAGTGTTATATTCTAAGGAATAATCCTGCCATATTTCTTGGCTCTGACCTGATGAATTGTTTTAATTTCTTGGGGTGAGGGCAGTGGGTGAACTGTTTTAATTTTGTCTTCAGTAACTTTGTTTCTAAATTGTGATAATCTGTAGGCAGAACTCCATTATAACAGTTAATGGAGTTATCAAAAGTTCTTTTAGGCTGGGCGCAGTGGCTTCATGCCTGTAATCCCACCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCATTTGAGGTCAGGAGTTTGAGATCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACTCCATTTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACATGCCTATAGTCACAGCTACTCGGGAGGCTGGGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGATTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACCGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTCTTTTAAAGAATGAGCCTAATGTGGAATTTATAAGTATAAAATTCAGTCTTGTCACTGTTATTTCTTCTATTGTGTATTATTTTAAACCTATGACTATAGTAATATTTTCATAATTGAATGTACATTAAAATTATGTGAATTATAATCTGTAAAGCTATTTTAAATGGAAAATTTCCATCAGGTATGAGGAGACAGAATAAATCTGGCAAAATCACAGCCTTTATCCCAAAAGGGACATTTGATGTATATATTTTTAAAACTTTTTTTCATATGTTAATGATTTAATTTCAATAAGACTTTCCTTCCTTATTTTATTGTATTTCAATAGGTTTTTGGGGAACATGTGTTTGGTCACATGCATAAGTTCTTTCATGCTGATTTCTGAGACTTTGGTGCACCCATCATAAAAACTTCTAATGCTTGTGGGTTTGTGAAGTATCTATTTGGTGGTAGCATAATGAAATTAGTTTATAAGGTTTGGAGCTATCATTGGAGTTTTTAAAAGTACATAGATTTGTTAGGTAATGGTTTAGACTGAGATGGAATTTAATAAATGTCTGCAAAGTATTGTGCAAAAGGGTCATGGCTCATACTACTAGGACCAAGGAGGTTGGTTTTATTTTCAGATAAAAACAGAGGCAGAGGTGGCCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAACACTGTCTCTCCTAAAAATAGAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCCAGCCACCTGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCACTTAAACTTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGGTCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGGGACGGAGCAAGGCTCTGTCTCAAAATAAAATAAGCAGAGAAGTAACAGGGTTTACAATGCCCTAAATTCTAAATTATCCTACACTTTGGAGGCACAGTTCCCATAGAGGACACCATCCTTCATAGAGGTTCAGGGCCAGGGAAGCCCCTGGTCAAGGAAATGGCCTTGTAGAAAGGGGAGCCCCTGCTGCTTAGTGGCTGGGCTCATCCTTCTTTTTCCTTGTGGTGGCTCCGAGCTGCTGAGCCAGCTCCCTACTAAAGCTGGCTCCAGGGAAGACTGTTCTGTGCTCATGAAATTAGACTGAAGTGGTCCCTAGGAAATCCAAAAATAAATAAAGTGTGTATGTGAGGAAGATGAACAGCTTTCTAACATGTATTATTCTGAACCAACTTTTAATTTGGCATGAAATTAATCTCAGGCTAGAGTCTCTCAAAATATTAAAATAAGTAAACACTACTGGGCAAGAATAAGTATATATAGTAAGAATAATTTTTTTTAGTTTATTGTAAAATATCCAAGTCTATTTTAATTTTTAATCTATCAAAATAAACCACTTGTAATATAAGTTGATGTGTAAATGAACATATTTTGTAGTGTCTTTTAAAGCTTATATCTATAGTAGACCTTCAGGCTAGTGTCTGTCCCTGAGCTGAGTATAGGGTCACTTACCGTTTAGAGGCAGCAATGGGAGGCAGAAATCGATTTGGCTTCTAACTCAGTGTGTTTGTTATATCTTAAAATATGTACACAATTTACAATTATTTAATGCATTTTTATTTTTTTCCTAACAG
Seq C2 exon
GTTGTTGAAGATTGGAAATTCATAGCCCAGGTTCTTGATCGGATGTTTCTGTGGACTTTTCTTTTCGTTTCAATTGTTGGATCTCTTGGGCTTTTTGTTCCTGTTATTTATAAATGGGCAAATATATTAATACCAGTTCATATTGGAAATGCAAATAAGTGAAGCCTCCCAAGGGACTGAAGTATACATTTAGTTAACACACATATATCTGATGGCACCTATAAAATTATGAAAATGTAAGTTATGTGTTAAATTTAGTGCAAGCTTTAACAGACTAAGTTGCTAACCTCAATTTATGTTAACAGATGATCCATTTGAACAGTTGGCTGTATGACTGAAGTAATAACTGATGAGATACATTTGATCTTGTAAAAATAGCAAAATATTATCTGAACTGGACTAGTGAAAAATCTAGTATTTGTATCCTGGCAAATAATACTAATTTATAATCCACAGTAAAGTTCATCCTTTGACTGTGCTGGAGAATTCCAGTTGTATTTGAAGACTGATTTTAAAACTTTTCTGCATTTGGTAAAGGTATGTAAACTTTCCTGTACTCACTGAGTAACAGCTAATCTTTAATATAATATTATACTGCTATATTTAAAAAGCTGACTACTTGATATAATTACTTAATGTGATGCTTGATATAATAATTACTTAATGTGGCCGGGCACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTCGAGGTGGGCGTATCACCTGAGGTTGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACGTGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATATGAAATTAGCCAGGGTGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACCTGGGAGGCTGCGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGTGGCGGAGGTTGCGGTGAGCTGAGATCACGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCAGTCTCAAATAATAATAATAACAACAACTTAATGTGCTGCTGCTTTTCCATAACCAACATTTTAAAAATAAATGAAAAACAGGAATTGGGAACTCCTTTAAGGCTTACTTTATTCTTTAGATGCTTAATTATTGTGTTAACTATTTCTGTAGCTTAGCTTCCACTGTAAAGTCATACAGTAGACAACTCCTGTGGACACGCAGTAGCATATCCTTAACATTAATTTCAGTCCTCTTGTCCACATTTCCCACAATTAATAGAACCATCTTCTATATAAATTGTGGTAGTATCTCTTTATCCTTGATCTTAGAATAGTCAGTCCACTACAATTACATGAACCCCATTTAAAAAACATATTTAGGGCCGGGGGCAGTGGCTCACATCTGTAATCCAAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCAGAGGTTAGGAGTTCGAGACTAGCCTGACCAACATGGTGAAGCCCCGTCTCTACTAAGAATACAAAAAATTAGTCGGGCATGGTAGCAGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCGAGACTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGCAACAAGAGCAAAACTCTGTCTCAAACATATTTTGGTCTAAATCATTCTGTGAGAAAACAATCTTCTAATATGAAACACAGTATTCTAATTTGGTATATGCACACTGTTATATACCTGTAATATTTCAGTTTTCTCTCCTTCATTCTAACAATTACAATAATAGAATCTTAGAGTTGCAAGGGCCTTTAGATGTAATCAATCTTAGCCTATTACTAGTACAGCGTAAATGATTTAGTACAGTATAATGTATCACAGTTAAAACAGTTAAATTCCATCTCTAAATGTCACCACTTCAGGTGTGACCAGGTAGCAAACACTGACAGAAACCCTCGTTCAATTTAGAACTCTTAGCTGTTGAGATCACAAACACCTCATTTATTTATAATAAGTAACCTATCTAAGTTCAAGCCAATGCTCTTTGGAAGGCGGAGGAGACCCTATCTAATTTGCATTTAATCGTAGGCAGGTGTTTAATGCCATTTAATGAGTGAAAGCCTGGTGTGATGAATTTAGATTGCCTGCCAGCTACCTACCTTAGTTCGTATACATCCCTGATCCCTCTTATACTACCATTACTGTTACTTATGATTTTTATATATAAATTTTTATCGACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169684:ENST00000299565:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.025 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PD(54.9=40.3),PF0293211=Neur_chan_memb=WD(100=46.0),PF0293211=Neur_chan_memb=PU(58.2=16.5)
A:
NA
C2:
PF0293211=Neur_chan_memb=PD(39.2=57.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains