HsaINT1007847 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169504 | CLIC4
Description
chloride intracellular channel 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13518]
Coordinates
chr1:24814094-24827116:+
Coord C1 exon
chr1:24814094-24814219
Coord A exon
chr1:24814220-24827009
Coord C2 exon
chr1:24827010-24827116
Length
12790 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
ATATCACTTTTTCTATTTAGGTA
3' ss Score
10.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCCAGCAGACCTGCAGAACTTGGCTCCCGGGACCCACCCACCATTTATAACTTTCAACAGTGAAGTCAAAACGGATGTAAATAAGATTGAGGAATTTCTTGAAGAAGTCTTATGCCCTCCCAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACTTAAAGCTTTCACCAAAACACCCAGAATCAAATACTGCTGGAATGGACATCTTTGCCAAATTCTCTGCATATATCAAGAATTCAAGGCCAGAGGCTAATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169504:ENST00000374379:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.047 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=FE(57.5=100)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PD(0.1=0.0),PF134101=GST_C_2=PU(7.6=18.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains