BtaINT0039287 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009470 | CLIC4
Description
Bos taurus chloride intracellular channel 4 (CLIC4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001080218]
Coordinates
chr2:128727533-128734908:-
Coord C1 exon
chr2:128734783-128734908
Coord A exon
chr2:128727640-128734782
Coord C2 exon
chr2:128727533-128727639
Length
7143 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
TTATTACATTTTTCATTTAGGTA
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCCTGCAGACCTGCAGAACTTGGCTCCGGGGACCCACCCACCATTTATAACTTTCAACAATGAGGTCAAAACGGATGTAAATAAGATTGAAGAATTTCTTGAAGAAGTCTTATGCCCCCCCAA
Seq A exon
GTGAGTATCCAAGAAAATATGCCTGGAAATATTGCCGTCTTTTTAAAGCTTTGTTTTGTCTGGCCCTTAGAGACATTTCTCTTGATTGTACTTAAGTTAAATTGTCCCTGAATTAAGTTGGAATGACTAGGACTTCTCTTCATTCATTTTAAAGCTACACAGATGTCAGAACTGGCTGCTGGCTAGGCCCGTAAGCCATACTAAGAGAGGTAGGAATTGGATTAAGCTGGTGAATACCTGGTGAAAGTAGGTTTGGGATATGTGAGATAGGTCAGGAAAGACTGATTATTTGAGGTCCCAAAACGAGAGTGAAGTTTAAGGATAAGAAGAGATGGGGAAAGACATACTCACGTTGAACCCAGCCAGAATGTCTAAGCAGGAGTGAGGTACAGGTTGCTGGGAGATTTCCTATCAGGTTATTTTAAAGGTAATTTTCTGAAGCTACTACCCAAGGGCATTAACTTTTTAGACTGTGTCCCTGGGATTCCGTTTTTATATATATATTTCTTAGAGGTGTTCTAGATCCCCTGGTCCTGCATATTAGCTCGCGTGGTTAATGATTTTAAAGTACTCAACTGTTGCCTATAATGTGAAATGTAGTTGAGAAATAAATGTACTGTAATGATGGTTACCTAAATTGCAACTATGCAGGTTTGCATCATAGTGTAATCTTGGCATAGATTCAAAGCTTCATTGATTTCTTTTAGGCTTTTCCAGTTTGATTATCCTGAAAACCAGGTTTCTTTTTTTTTGGGCCCAAGCCTTTTCTTGTTAGTTGTCTTTACTCTCCACACATACAGTTAAATTTCCTTGGAATGGGATTATTGAGTTAGAGAGTTCTAAAATAATAGTTACTCAGTATTCCTTCCTTCATTCATTGGTTTATTCTTCAAACAGTTACTGGGCAACAAAGCTCTATGGATACAATATGAGATAGTTCCTGCTCTCCAGAGGTGCAGTTGAATATGGACAGATAGTGGTGCTATGGGAAGGTGAGTGGAATCAGGAAAGGCTTTAGAGAAAGAGATAACATTTGAATTAAGCTATAATTGAAAAAAAAAAGATTGGCATTCAGCAGGTGAATGAGAAGATGACAGACATTCCAAGCAGAAAAATAATTTTGAATAAACTTTCTTTGGAGGACCTAAGGATGTGGCTGGGTTGAAGATGGTAGGCAGGAAAGCTGCCAGGAGGTATGTGAGTAATGAGACCCCTGTCTGCAACTAGTTCATCTTCAATTGGGAACAGAATTGCCCTCTATTCAGCAGTCTTATACTAAGCTTAAAATTTCACTTTCTTAATCCTGTGTTCTAATGTTTGTCCTCTGCCTTCCTGTCTTTCTGAGAACCTCAAACTTCTTTTATCTCTACTTTCCAAGAGTCCTAACCTACCTTCCATCCCTAGTAAAATTTCTGTAGACAAATATCTATAAAACTGTGTTTGACTTTTCCTCCAGACCATGTATATAGTTACAATACTGATAAACTGAAACTCAGATCTTTATAAAATAAAAACGGAAGCTTTATATACATCAGTAATGAACTATTGTGGACATTCATTCAACTTAGTGGAAATAACTTTTGAGAGAACATAGAACCTGCCAGATCTCTTTTTATTTTTTTTGTATATGTGTATCTTACCCTTTTCACTTTTAAAGTCTGTCAGCTGTGAGGAAAGTTCCATATTCACTAGTTTATCCTCAGACGCTAATGAAAGTAGTCTTTCTCTCATAACTGTAGATTATTGTATCAACATTAAATTATAAATAGGGAAACAGTTTGAATGACATTCGTTTTCTGGGAGGGAAATTGTATGTTGTTTCAAATCATAGTCTGAAATGTTTATGGTGTAAATCCTTCCAAGGATATTTACATTTTTGAAGTCAGTATTTGATAACATTATATACCATTTCAGTAAAATGGGGGCATTTTTACATATTCTCTCCTAACCTTCTTCTTCAACAATATCAGCAATAACAACAACAAATTTCATTATTCTTATTTTTTCTAAGAGGGAATAAATATTAATAATATTAAAGTTATTAATAAATAATGTTAGCTCCATAATAAATATTAATGGAGCTAATATTAAAGTATTCTAATTTTTTGGCATCTAGGACTAAGACATTATAGCATTTTTAATTTGATTTGGACTTTGAAAATAAACATTTTCACTTTTTTTTTTTGGCCACATTGTGTGGCTTGTGGGATTTTAATTCCCCAACCAGGGGTTGAATCTAGGTGCTCAGCAGTGACAGCAGAGTCCTAAGCATTGGACCACCAGGGAATTTCTTCACTTTGCTTTTCATATATAGAAAATTTAGCTTCATTTCATTTGGGCATATTTAAAAAGATACTCTAACCAGAGATGATCTTTTCATCTAAATAATTTAAAAATTGGGAAATCTTTCTGTTATTAAGGGTTCATAATCTGCTAAATTCTCTCTGTGGTTAATTTTCCTTGTTTTTATGTTGATGTTTCTGATGGCTCAGATGGTTAAAGAATCTGCCTGCAATGCGGGAGACCTGGATTCAACCCCTGGGTAGGGAAGATCACCTGGAGCAGGGAATGGCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGGTTTCACAGTTAATGGTGGCAGAGTTGGCATGTGCATGCTGTGTGCTAAGTCGCTTCAGTTGTGTCTGACTTTGTGTGACCCCATGAACTGTAGCCTGCCAGTCTCCTTTGAACATGGGAATTCTCCAGGCAGGAATACTGGAGTGGGTTGCCATGCCCTCCTCCGGGGGATCTTCCCGACCCAGGGATTGGACGTGCTTTTCTTATGTCTCCTGCATTGACTGGCGGGTTCTTTACCACCAGCGCCACCTGGGCAGAGTTGGCATACTTCCTTTCAAAGCTAGATCTATATGCCTTCAAAAACCTGTTTCCTCTCCTATTTTTCATTTGGTTGAGTTTGACTTTTGTTAAAGGTAAAATGTTGAGTCTTTAATTGGAATTGTGCTTTAGTGAGTACAAAATTGAAGGCTAGCTCAAGTTTAGAGGAAGGGCAGAATAGAAAGCGAAGGGAGTTTGTTTTACTGTGATGACCAAGTGGGACTGAAAGTGGTTGTCCAGCTTAATTTAGTGAACCCTGTTTAAAAAGTAGGGGAGGTTTAACTTCTGATGAGTTTTTGTTTATATGCATGGGAGCAGCATGTTTCGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGACTATCCCATGGACGGAGGAGCTTGGTGGGCTGCACTCCATGGGGTCGCTAAGAGTCGGACATGACTGAGCGACTTTACTTTCACTTTTCACTGTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCATTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATGCCAGGGATGGGAGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTTTGGGGTTGCACAGAGTTGGACACGACTGAAGCGACGCAGCAGCAGCAGCAGCATGTTTGGATTGAGAGTACTTTGCCCTTAGTGGGTTCTGTAACCCATAATGTGAAATGCTGATCAAACAGCATATTTTCTGTCACGCAGACTTGCTTCTAGAGGATGAGAGAGAGAGAAGGAAGTGTTTCTGGGATCATCACATGCATTCTTTTCCCTTTCCTCTGTTCTAGGGCAGTCAGGGATCAGCCTTTTCTCTAGGATGAGGTCTTCAGGTCCTTAGCTGATCCTATTTACACTGATTGTAAGCCTGCTTGTTTCCAGGTAGGAGGAGGAGAAAAAAGGCAGAAGAGTTGTGTAAGCTGGTGAACTAGAATCCAGCATTTCTAATAACATGTTTTTGGCATTTGATGAAACTGAGAACAGAGGGGGTTTTATGTGAACATTTCTGATTTAATCGTGACAAATGCAAGCTATTCTAGAGTTGTTTAGAATTTAGAGACTAATGAAAAGCTAAAATCAAGGAGTTTTTGCTAGTCTAGGTAACTATAGGTTTTAATGGAGAAACTGTCTTCTCTTCTGGGGTGTTTTTTTTCAGTTTCCCCCTTGCTTGAAAGAAGGAACTACTTTGCCACCCCCTACCCCGACCCCCACCAAAAGCTTTTTAAAAACTTTGAAATTTGGATTTTTAACTGAAGCAGGCTTGTATACTTGGCCCACTTACTGTGATAAAAGGAGAGGAGGATAGAGGAAGCTAGATAATTTTGGAGAAAAGTTCTATAAACTGTTTTAAGCCTTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTAAGAGAAATAACAATGAAACTTGAATTTACAGGAGTTATTTAATAGACTTGTATAACCACACTTTATTCTCATATTAACACAAGAAAGGAGAAAATGTCTGAGATTTTTCTTAAAGGATGGAAATACTCTTAGCTAGTCTGCCATAAATACAAGTCAGTGATGTGATATAGGATGTAATAAAGGACTGATCTTAAAGTCTCAATGCCCTGGATGTGCATGTCTGTTCTGTGGTTGACACATAGCCTTTTATTAATCATTTACTTTTGTTTTATTAAATGTTAAAGTAAATGTTCATAATAGTTGAAAAGTATTGCTTAGTCAAGCAGTTTGCCAGTACTACTACTAATGAATTATTAAAATCCAGTGTTTGGGGGAAATGCAAAAAAGTTGACAACTGATTTTGGGCCTAATGGTTTAGTATTTGATTTATCTTTTTGAACTTGATCTGTAATAATACAAAAACAACAGCACTGGACTTGGGGACAGGAGATGTGAGTTTGATGATACTTTTAATTAGTCCAGTGATTTGAGGGTAACTATGTAAGTTTTCCGAAATATAATTTCCTTTCAGCAAAATGAGAGATTGAGGTTGAGTAGTCTCGGTGTACTCGGTGTACACTCGCGGTGTGCCTATAGTATTATATGCATTAAATTAATACTACAAATTTAATGGTTTGTCTTGGAGAAGAATAGGG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Seq C2 exon
GTACTTAAAGCTTTCACCAAAACACCCAGAATCAAATACTGCTGGAATGGACATCTTTGCCAAATTCTCTGCATATATCAAGAATTCCAGGCCAGAGGCTAATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009470:ENSBTAT00000054397:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.047 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=FE(57.5=100)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PD(0.1=0.0),PF134101=GST_C_2=PU(17.5=48.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]