HsaINT1008140 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000188517 | COL25A1
Description
collagen type XXV alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18603]
Coordinates
chr4:108832380-108841721:-
Coord C1 exon
chr4:108841695-108841721
Coord A exon
chr4:108832434-108841694
Coord C2 exon
chr4:108832380-108832433
Length
9261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATC
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
TCATATTATCTTTTTTTTAGGGT
3' ss Score
10.65
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACCTCATGGACTTCCTGGACCAAAG
Seq A exon
GTAATCCAACAAATCCCTTGATTATTTGATTTCTGCTTCCTTGATAATCATGGAGAAGCATGACAGAAGCATGTCTGTCCTATCTTATTTATTTGTCAAGTAATGTTGATAATCTTTGAGCCTTTAAGCATCCATATGTTTAAATCTCATAACACAAAATGACTTATAACAAATTTAAATGATATCACCTGGAGAAAAATTATTCTTCATTTTGCCTTTTTCCTGGTCACTATGTAACCTCTCAAATTACAAATCATAATGTACTCAAGTCAACCATTTAGAAGTGAATCTGATGAGATTCTCAGACTAGTCTAGATGCTTTTTTTTAATGGTGTCTCTAACTGTATATTTGGATGTTATTAATTGATATTTCTTGCTTGCCATGTAGTCATATCTCATCTAAATGCTTTGCCTCTCCAGCATCTTAATTTTGTACTCGCCCAGAGGTCATTGGTCTAGAAGTGGGTGGGGTATTTCAGGTGTGCTATACTGGGAAGAAGATCACATCACTTACATGCATTCTATACTTTTGGGTTAAGAAGAGAACAAGGGATAAAAGCTCCTCTTTGTCAGAATTAGTGTAGCTTGCATGATGAAGATGGTCTCCACCTGTCCTTTGCCTTTGTCTAGACCGCGAGGACATCCTGGCAGATTAAAATAAGCCCTGAAAGACAAGGTCCCCCTTTCAGGGAGCATACGTGATGAAGACTTATGTTCTAATCTCAATCTTGCCAGGCTGTATCACCTTGAGCAGATTATGGACCCTCTCTGATCCTTTATTTACTCAACTGGGTAACTCACCTTACAGTGCTGTGATAACTTAATGAGGTATGCTTATAAAACACTTAGCAAAATATCTGGTGCAGCTGTTGATAAATGTCAGAAGACAGCTGTTATTGTTGCTATGTGATACTTGGTTCTGAACAGAAAAATTCTATAACTCATCCTCAACCCTGCTTGAAAGAAGGTTCATGAACTCCTGAGAGTGCTTCAGTAGTGAGTTGGTGCAACTAACAGGAAGGGAGGGGCTGGGGAGACACATAAAGGCAGTGTTGGCACTAGGTGTCACAAAGCCCAGAAGCAGGCCACTGTCTCCTCTGGGGAGGCTGGCTCTCTTTGGCCCACCCAGCTCTAGGAGTGGTGGCAGGTATTGGTCTGACTCAGGAAATCTGGGTTTCCTTTTCCCAGTCAGGCAGGTGACACCCAAGAATGTGTTCATGCCTCTTTATTCTTCTTAGACTACCTTACCTTCCAGTAAGGCCAGTGAGTAACTATCTCAGAAGCATGAATTAGACTTTGGGGTAAGAGTACTATCTGGGAGGGGGGGTCAGAAGAGAGAGCCCCATCTATCAGCTTTGTGATCTTAGTAGTCGTTTAATCTCTCTGGGCCTTTTTCCCCATCTAGACTAAATCAATGCTTCCTACTCATGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGCGTTTCGCTCTTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCAGTCTTGGCTCGCTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTTCCGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCCCAAGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAGCCACTGCGCCCGGCCCTACTCTTGGATTTTAAGATGCCACCAAAAACCAGCCTGGTCATAATGACTAAGGATAATGCCACCAAGATATTTAATTTCATAAGTGATTCAGATATGCCATCACCATTGGATTAGGAGATGCCCAAGATGCTTTTGATTTCTAAAATGCAACAATTTATTTTGTCCATACAACTTAATTCTTACTTAAATCATAAGTTTCAGATAATTATAAAGTTGAAAAGACCTCATAGATATCTATGCAAGTTCCCTGATTTCATAGATGATAAACTTCAGGCCCAAACAGTTTAGGTTATTTGCCCCTAATTACACAGCTAGTTCATGACAGATCTGGGACTAGAACTTAGGTCCAGACTTGAAATTTGGTCTTTCTGTCACTGGATTTAACCTCAAGTACCTCAAGACCACGTGCTGAAAGTGCACACACATGCAAAGCCACGGATCTCAAATTAGTCACTGACTACTGAGCCTTGGCCTTAATATGGTGTCCTCAATCAATAGCATTCCCGGGATACTGTCTTACCAACACCAACACATTTGGACTTGCTATAGTGGCTGTACTGCAAACATCCTATCTTCAAAATCCTGAAAACTTTTTATGCCATGCCAGTGTGTTCATCATTTTGCAACCCCCTTTGAAAGTTCAAATATATAGCATGATTCCATGCATGAATCTAGCTCAGTGTTTCCCAGAATTTCCTGATAAGAATCACCTGGGAGACTTATTAAAGATACCCATTTCTGTGTTACCATGGACTGGGTGGGGCCCTGAACTCTTTATGTTTAACAAGCGCTACACTGACTTATATCATCAAGCAAGTTGAGTAAATACTGCCTAGGTTAAAAACCCCTTCTGCCATGTCAGTATAGCCTCTCCCCTTTCCCGCCCCCACCCAGCAAGACTCTATAGGGTATTTGTGTCTGAAATCATCTTTCTTTCACAAGCCCTTCAAGATTTTCTTGGCAAATTAATGTCTACGCTTAAAAGTTGAAAAGTATACAGGTCAGAACTTGATATCTAACATGCCGTTACTGATGGAAAATAGGTATACTGTATTCCTTGGTTTTTAAAAATGGAGTCAAGAATTTATCATTTACCGTGGCTTTTATAATGTCACGCTGAGTTAAATTCATACTTTCTTTATTCTAACACTGGGCAGATGGATAGTTAGTAAAACTACATCTAAGTTCTTTGATCTTCATATTTTCTCCTGGGATTGGTGATTTGTTGATTAGTCCATGTAGGGATCTGACTTGGCAAGGGCAGTGAATGAGGACTTGCTAAATGGCATTACTTCAAACATCAGCTGCTACGTTTTTAGTTCATTCCCTTGGGCAACATGCTTAAAGGCTTAAAATATCTGTCTATAACCCTGTCCTGCATATTCCAGTTTTCCATTCCAGCAGAGTGGGTTTTTTTTTCTACCGAATCTTCTTCAGCATCCTCCACTCGATTGTCTTTGAATTATTTGATCATAAAAATGTGGTATAACATGAATTTCCTTGAGATGGAACTGAAAAATTTAGGAATTCAACCATACATATTTTTATTGTAAGGAGCATACTTTCTTGGGAGTTTTGGTTTCTAGAATATTAATTGTTGATGTCAGTTTAGTAACTATTTTAACTTTAAAAATTAATGTTTCGTGCAAGACAAATCTAGCCTGACTCTGCTGTTTCCTAAAACTGGAATCTGCAACTATTTCAGAGACTGGCTCTCTTCTCTCACAGTTTAAACACCCATAATAGCAACCAAAATTGGCATTTGCTTTTGCATTTAGGGTGAACCAGGGTTAAATGGTGTTAAAGGATTGAAGGGTGAACCAGGTCAAAAGGGTGACAGAGGACCCCTTGGTCTTCCAGTAAGTAAAGAAAACTTTCCATTTTAGTGCAAATCTCAGATTTTTCTTTCTACCCTACATGATAACTCTGGTTTACTCAGCAGCTCGTACTGTTGAGGTTTCTGTAATTAGAAAACATATTATATTAGAGCAGAGCTCAGCCCAGTTTTGTTTTCTCTGATGTCTTCTCTTGTGTCAGAGGAAGACCCACAACAAACAATGCTATAAATGTCCTGTCATTCTTCAATTACATACATGCCAACCTTCCTCTTTTAGGGCTGACAATTCCTCTTCCATTGTCCCCTTCTTTTAAAAGTGTTGTGCTCATTATTTCATAGTTTCTCCCAAACACTTTTTATAATCTAGTGCAGTTTAAAATGCTTCCTCAACTGTTTTTTCTCCTTGGATACCAAAAACTGTAGCCCTCTGTTGGTGGCAGGTATGGAATTGGCCATTGTTGATGGAGTGAGGTCAATGCTGTGGCTCCTTACATTAATCAATCATATCATGTTCTACGTGTTTTATGTTGTTTGTTTTGAAAATTCCCTGTTATGAGGTTCTTGTGGCAATAGTGAGTCGTATAAAAGAAGTATTTTGCAGTTGTTTAGAGATTTTTATTTTTAATGAAGAAGGAATCTCCCCCAGGCTCTTCATTTTCTTTATGTCAGCCTTCTTTCCACAACAACTAAATGGAGATTTTTTTAAATTGTTATTAAATACGAGGCTTTAATTTCAAGCCTTTAATATGCTATCTATTTGGTGAATACAGATACAAATCAACAAAGAACAATATAGATTACATTAGTAAAATATGACATAAAATCAGTAACAGAATATAGTTTATACACAATTTGAAATGTGGGAGGAAAAAAAAGCTGATGACCACTTTTTCATTTTTGCCATGGTTATTATACTTCACGCTAGTTGATAGCAAGTGCCTTACATACATCCACCATATGATGGTCAATAGTTATTTATTTATTGAATGACTGATATAAACCTTGTATTAAAATATAGGTTTATTTTATTTATTTATTTTTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCAACTTGGCTCACCACAACCTCCATCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCGTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCATGCCCAGCTAAGTTTTCTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCGGCTTCACAAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGAGCCACCAGCCCAGCCTAGAATATAGGTTTAATCACACCAGTTAGATCAATGGACCATAGGCATAAAACCTCTATAATATATGTGAGTCATTATTTCAGCATTCTAGGTAGATATAATA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Seq C2 exon
GGTACAGATGGTCCTATGGGACCCCATGGCCCTGCAGGTCCCAAAGGAGAAAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188517:ENST00000399132:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.807 A=NA C2=0.808
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(10.3=100),PF0139113=Collagen=FE(11.3=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(21.8=100),PF0139113=Collagen=PU(25.8=94.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
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