HsaINT1011099 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000223692 | DIP2A-IT1
Description
DIP2A intronic transcript 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:41430]
Coordinates
chr21:46463066-46469306:+
Coord C1 exon
chr21:46463066-46463228
Coord A exon
chr21:46463229-46469145
Coord C2 exon
chr21:46469146-46469306
Length
5917 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATAA
5' ss Score
5.96
3' ss Seq
TTTTCTATACCATTTTACAGGGA
3' ss Score
7.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTCTGCTTCAGATTAAGATGAAGATGAAGAGTAGAAGTACATGGAACCCCACTCTTCTTAGACCCCCTGCCCCCCAATCATGAACACATACAGAAGAATTCATATGTGTGGTTCCTGAAAACCTATCAGGATGTTCATTGATGGAAGTGAGATCATTAGAG
Seq A exon
GTATAACCTTGATATTTAAAAAAGAATTAATTCCCAAACCTTTGTGCTTTGCCTGTTGCTGTAACAAATTACCTTGGACACACCTCACAGCTGATTTTGGCACACCAGTGCTGTACGTGTCTTGGAGCTATTGCTGCTGAACTGCTTTAAAAACATGGACAGTGGTATTTTGTTCTTTGTTTTAATAGACTACAGTGGGTTAGAGAGGAAATTCCTACACAATAGGCTACCTTTATCCCATTCCAATTACTTTATTCTGGTTAATAGGTCTATTCCATAGCTTTAACTTTAGTCTTTTTCTTGATTTCTTATATTCTAACAATGCAGGACTTCTAGTCTAGATGGAATAAAATGAAAAGGGGGAAAAAACTCTGGGTATACAGGAAGAGACTTCTCTCACAAAGCTTTTTTCCTCTTTAACTGTCTTTAATTTCTAAAATCTGGGATATATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGTCTGGAGTTCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTGTCCTGTCTTAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACACGCCATCACGCCTGGCTAGTTTTTTGTATCTTTAGTAGAGACAGGATTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCATCGCGCCTGGCCCATAATTCTTAATTTTCAAAATGACAGCCTGTCATTGCCTTTGTGTTAATAAACATTTGTTGTGCTTCTTGAATATTTTGTGGTATATAAAAGTTCTCATGTTCAGCCAGGCGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTTAGGAGTTCCAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGTATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAACCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTTCGTCTCAAAAAAAGAAAAACGTTCTCATGTTCAGATTCTACTCATCTGTCAAAGGCCACCCCAAATGCTCTCTATCTTAGTCTATTTTGTGTTGTGTTTGTGTTCTATAACAGAACACCACATATAGGTAATTTACAAAGAAAAATTTATTTCTCACAGTTCCAGAGGATGGAAGTCCAATATTAAGGTACTAGCATCTAGCAAGGACTTTCTTGGCCTGTCATCCCATGGTGGAAGGTGAGAAGGCAAGAGAATGTGTGGACGAGAGAGGAAGGGGGCCAAAATCATCCTTTTGTCTGGAACGCATTCCTGATAACTAACCTGTCCCTGCGATAACAGCATTAATCCACTGATCATCTCTTAAAGGTTCTGCCGCTCAACACTGCTGCATTGGGCACTGAGTTTCTTCCTTTTTCTTAATATTCATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGAAAACACACAACAAATGTCAGAATATGAGATAGGGAAGTTCTCCTGGAACAGCATGTAGATTATTTTCTAGAGCACTTTAGTTAAATGGTACTTAATGATGATAATTCTTCTGAACACAATTCAGAATTTGAACCAATATTTGTTGTTTCAGGAAAGCAGAATTTCCTTTGAATGATGGATAAGAATGGTGAGGATCTTTATAATATAGAATAAATTGCTGAAAAGAAACTTTGAGGGAATATTCAAAGCACCCTCTTATTTTGAACCTTCCTTGATCATCTCTAATGTGACTGCTTTCTCAGAACTTCCATATCATTTGTCCCCTCTTTTGGAGTTCTTGCTGCTTTTTGTTTTTGTATTTGTTTTCACTTATTCAGTAATTATTCAGTGTCCACTGCATCCTAGGTAATATTTCAGCTGTCAAAAGTCAGATTTTGGCTGGGCATGGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGTTGGATCACCTGAGGTCTGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGACAAAACCCCGTTGCTACTAAATATAACAAAAAAAAAATTAGCTGGTCATGGTGGCACGTGCCTGTAATCCCAGCTACGTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTCAAACCCAGGAGGCAGAGGGAGACTATTTTTATAATGATACTAAGATGCCATTTCTGTTTTCACTGTGTTGACACTTGTACTGATGGTCCAAAAGCAGTAATAGGGAAAACTGCTGGGCACTTTAACGTAAATTGAGGCAGGGACTCCAAGTGTCACTGATAGTCATTATATTATTCGCTACCTCTCCACTTGCAGTTTTAAAAAAACAAAAAGGGCTGCTTTCACTTAAACAGACCCTGATGAAGCAGTAAAAATTAAAAAAAAAAATTGGCCTTTTGTCTTTTCATGAGGAAATGGGAAGTACATGAATTGCTTTTGCTGCACAAAGAGGTACAGTGCCTGTTTTGAGAAACAGCAATTGTGTAGTTTGAGTTGCAAAGCGAACTAGCTGCTTTTATTGTGAAATGCCATTTTTGCTTGAAAAAGTGGGTAGCAGACAATCTGCAGTTATTGAGACTTGGGTATTTGGTGGACGTTTTCTGGAAAATAAATGAGAGGAAATAACTGACAATTTATGACCAATGATAATATTTGTGCTTTCAAGCAAAAATCAAAATTTTGAAAAAATTTATCTGCTACAGTGAGCTTGACAGTTTCTCAATAGTTAACGACTTCTTTGATGAGATTGGTGACAATATAATGAATGAGTATTTGATATTATATAATTAAATGTGTCAGCATTTGGAAGATCCACATAATTTTGTGAACTAATATTTTCCAGCTCACCATTGCACCACGTTACAAAGTCATAGTGCATGGGTAAAAGATTCATTCAAAAGATAGACCAATGGATTTTAATGTAGTGATATGAAAAGTTCACTGATAAGAGTTATAGATTCTACATTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTGAAGTGATTCTCCTACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATTGGGTTTCACGTGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCATTGATCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCCTGAGCCACCACTCCCGGCCACAACTTTTTTTTTTTAAGAGACTCCCCCTTGCCTGGTTTTGGTGTTGTATCAAGGAAGAATGTCCACAGTGATCTGAAAAGGCTGCTGAGACACCCCACCTTTTTCCAACTGCATGTCTCTCTGAAAAAGGATTTGATTCATAGACTTCAACCAAAAAAACCACACAGTACAACAGATTGGATACAGGAGCAGGTATGAGAATCCATATTGTCTTCTCTGAAGCCAGAGTTAAAGCAACTTGCAAAAATGTAAAAGAATACCTCTTCTTACTAAATGTTTTTGTTTTCAGAAATCTTTTATTTTTAGTAAAAAATATTATTTACCTTAATATCTAGTCAGTTTATTATTAAAAATTTTAAATGAGTTAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGTCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGGTCGAGACCATCCTGGCTAACACAGCGAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATCAGCCGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTGCTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGATATCGCACCGCTGCACTCCAGCCTGGGCTACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAATGAGTTAAATATTTAAAAAATTTCACAGTATTAGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAAGATAGTGTCTCGCTCTGTTGCCCAGTTGGGAGTGCAGTGGTGTGAGGATAGCTCACTGCTGCCTTTAACTCCTGGGTTCAAATGATCTTCTTGCCTCAGTCTCTTGAATAACTAGAACATAGTAGCTGAAAGACATGGATGTCATCATCTATTTCTTTATATTTTTTGTAACATTTTAAAGCTATTGCCTAGTTTAATAATTATTTCAGTTTGTGTATGTAAGGACAATCAGGCATTTAAATTTATAAAACATGTTTGAAAATCTTTAAAAGTTACACTTACTGACTAGTTGCTTGTCTGTTGCACTAACAAAATTTATTATTCATGTTTCGGGAATACCCTCTTTAGGTTTTGTTTGTTTTTTTTTTCATAGTAAATTATCCCAGTACAAGTGTCTTTGTACAAAATTTTGATTTCTAAGTTTCTTTAAAAATATCAATGCCAGCTGGGCCCAGTGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGTCGAAGAGGATGGCTGAGGAGGTTGGATCGTTTGAACTCAGGAGTTTGGGATCAGCCTGAGTGACATGGTGAAACCCCATCTCTGCTAAAAAATATGAAAATTAGGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCAGTTTGGGAGGCCGAGGTAGACGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAAACTCCGCCTCTACTAAATAAAAAAAAAAATTAGCCTGGCATGGGGGCAAGTACCTATAATCCCAGCTACTCGGGAGACTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACCCAGGAGCCGGAGGCTGCAGTGAGCTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGTGAGACTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTGGGTGTGGTGGTGCACGCCTATAATCCCAGCTACTCTGATGGCTGAGGCAGGGAGAACCGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGCTGCAGTGACCTGAAATTGCACCACTGCACTCCATGATACCCTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAAAATCGGCGCCAGAACAAATCCTACACAAGCCCACTTGTGTCAGAAATTTAAAATAGTCAGACTCATAGAAGCAGAGAGTAGAATGGTGGTTGCCAGAGACTGGGGTGGTGGGAGAATCTGGAAGGTGTTGATCAAAGGGTATATAGTTTCAGTTATACAGGATGAGTAACTGCTAGAGAGCTGCTGTACAGCATAGTGCATATAGTTAACAATACTGTATTGTATATTTAAAAATTTGTTAAGAGAGTAGAGCTCATGTTAAATGTTCTTATCACAAACAGGAAAGGAAGAAACTTTTAGAGATGATGTTTATGTTTATGTTTATGGTGATGGTTTCACAGGGATATACTTACCTTTAAATTCATCAAAATTTATATATTAAATATGCACGAGTTCTTATAGGTTAATCATGTCGATTTAAAAAAAGAAATATCAGTGATTTCAATTTTAATATCCTAAAACTTTAAACATGCTTCATTGCCAGCTATTCTGTACTTGTTTAATTCCTGTCTTTCTTTCACCGCTTAAGTTTAAACTTCACTTTCTGTTGGAGGCTCTGCCTTCTACTAAAGCCCCCTTCTCCCCAACCTTCACAGAATAAAGTGCCTGTGCTCTGTATCCTTTTAAAACTCATTGTATCACTCTTGTAGGATCATAATTATTTGTTTCATGATTATTTGTTTGCTTGTCTTTTCTATACCATTTTACAG
Seq C2 exon
GGAGCATTTCAAGAGGAAGGTTTGATCTGCTCATCTTTCTGTCTCCAGCACCTTGCACATTTTAGGCATTTTAATGGATGCTTATTGAGTTAATAAAAGTGAAAACTTCACATGGTGTTTATTCAGTTTCAAATAAAGAATCCTCTGTAAATGGATTCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000223692:ENST00000442434:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
ENST00000400274fB13800
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains