HsaINT1011210 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000231764 | DLX6-AS1
Description
DLX6 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:37151]
Coordinates
chr7:96978347-97014065:-
Coord C1 exon
chr7:97013925-97014065
Coord A exon
chr7:96979592-97013924
Coord C2 exon
chr7:96978347-96979591
Length
34333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
TTCTTTTTCTTTTCTTTCAGACA
3' ss Score
11.5
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTCACACCTGGATGTGCTCACTCAACCAAGAATATAGAGAAAGAGCTTCTGCCCTGAGACTCAGAAAAATATTCTCCTGTGCTTTGGTTCAGTATAGATTTCTAAACCCTGATCATTGCTTAAGAGATATTCACTGAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACAGAGTCTTGCTCTATTGCCCAGGCTGCAACTGGTGTGATCTCGGCTCACTACAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAAGCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAAGCATGCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTGGAGACGGGGTTTCGCCACATTGGCCAGGGTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAAGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTTATACTGAACTTTCAATGGGTTCAATTCCACTAGGAGCATAAAGGCCACTGCATATGAGTTGTGGAAAGAAGAGATTAGAAGAAGGAAGAACTTGAGATGAGTTCCTCCCTTCAACATTCTGTCTCCTCCTACCTAGCATCTTCTTTCTTTTAGTCTTTCTAGAATGTCCATCTGTTTTTGGCCATTGCGGAGAGAGAAGCTGAGCTTTAAAGGAGTAGGAGCTTCAAAGGCGTAGGAGCTTCAAAATTCTTGTTTCTTCATGTTTGATCACCCTTCTAAACCTGTCTTCTGTTCCTTCTGCTATTCTTTTTTCTTAGAGCATAGGAAAGGGGAGCTTTTAAATTAATACTTAAAGCATGGAAAAAAAGAACTTGAGAAGAAAGTAAAACAAGGGAGATGAGGCTAGTAAAGTAAGGAAAATGAAGAGGAAGAGGAGGAAGGGTTAGCTTCTAAATTCCAAGTCAAATTGATATGGAACAGGCAAGCCGCTTGTCTTACTTAAACTTCAGAAAAGGATCTGCTGAAACTTGATAGAAATGGAAAGGGAAATCCTTGGGGTGGGGAACCTCCAAACATTAGTAATGATATTGAACAACTCAAAGTATTGAGGAAATCTGCAGGCTACATGCCTGAAGATTACCCATGCAGATAGACCAAAAGGATTAGAATTATCTGTTGATATTAGTAATATTTATTGACATCTAGCTAGTATTGGTAATTTTAAGTTTTAGATTAATTTCTTTGGTAATAGCTATGATATATTTTATAGACAAGAATTATATCTATAGGCTTGCTATCATAGGCTCTTTTAATCAGCATTAATTTAGTCTACTGATTTTTAGCACATTTGAATCATTCACTTATGCTAGGTAACTCATTGCAAAATAAAAAGATGATTCCTGTATGTATGGCAGCTATACATTAAGGAGGAGTCTACCAGAATATGAAAAAGTCAGCTGACCTAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000231764:ENST00000430027:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains