HsaINT1011531 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115423 | DNAH6
Description
dynein axonemal heavy chain 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2951]
Coordinates
chr2:84624902-84634641:+
Coord C1 exon
chr2:84624902-84625063
Coord A exon
chr2:84625064-84634503
Coord C2 exon
chr2:84634504-84634641
Length
9440 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAG
5' ss Score
8.04
3' ss Seq
CTGCTTTATTTTGATTTCAGATG
3' ss Score
8.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCGCTGCTATCTTTGCCTCATGGGAGCTTTGCAGCTTGACCTTGGGGGTGCACCAGCTGGTCCTGCTGGCACTGGGAAAACAGAGACTACCAAAGATCTGGCAAAAGCTCTTGCCATCCAGTGTGTGGTCTTTAACTGTTCAGATGGTTTGGACTACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGATGGGGCGCTTCTTCAGTGGCTTGGCACAGTCAGGGGCCTGGTGCTGCTTTGATGAATTTAATCGAATTGACATAGAAGTTCTGTCCGTCATCGCGCAGCAACTCATTACCATTAGGAACGCCAAAGCGGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115423:ENST00000237449:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.040 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127742=AAA_6=FE(22.9=100)
A:
NA
C2:
PF127742=AAA_6=FE(19.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains