HsaINT1013635 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000104760 | FGL1
Description
fibrinogen like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3695]
Coordinates
chr8:17885492-17895404:-
Coord C1 exon
chr8:17895225-17895404
Coord A exon
chr8:17885572-17895224
Coord C2 exon
chr8:17885492-17885571
Length
9653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
AATTCTTTTTGTTCTTGCAGTTT
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTTTTCAAGGGGGAACATGGCAAAGGTGTTCAGTTTCATCCTTGTTACCACCGCTCTGACAATGGGCAGGGAAATTTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000104760:ENST00000381840:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains