HsaINT1015259 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000231074 | HCG18
Description
HLA complex group 18 (non-protein coding) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:31337]
Coordinates
chr6:30296132-30314482:-
Coord C1 exon
chr6:30314269-30314482
Coord A exon
chr6:30296238-30314268
Coord C2 exon
chr6:30296132-30296237
Length
18031 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGT
5' ss Score
9.81
3' ss Seq
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3' ss Score
7.07
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AGCTCCCTCTTTGCCCACTAGCAGGGCATTAGCTGGTGCTGAAGACAGTGGCTGCTTGGCGAGCCTGGATCTCCAAGTGACCCCCTCAGCAACTCCTGATGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains