HsaINT1022965 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000204520 | MICA
Description
MHC class I polypeptide-related sequence A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7090]
Coordinates
chr6:31403579-31410797:+
Coord C1 exon
chr6:31403579-31403702
Coord A exon
chr6:31403703-31410542
Coord C2 exon
chr6:31410543-31410797
Length
6840 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TGTGATTTCCTCTTCCCCAGAGC
3' ss Score
9.88
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCTTCTCCCCGGCCACTGCTTGAGCCGCTGAGAGGGTGGCGACGTCGGGGCCATGGGGCTGGGCCCGGTCTTTCTGCTTCTGGCTGGCATCTTCCCTTTTGCACCTCCGGGAGCTGCTGCTG
Seq A exon
GTGAGTGGCGTTCCTGGCGGTCCTCGGCGGAGCGGGAGCAGTGGGACGTTTCCGGGGGTCGGGTGGGTAGCGGCGAGCGCTGTGCGGTCAGGGCGGGGCTCCTGTGCCCTGTCGGTGGCGCAGGGAGCTGGACGCGGCCCGTTACCGCCACACTTCAGCCCTGCTTCCCCGTCACTTTTCAGTCCTCCTCGGGATCGCGCATCACCTGCACTTTCTGGTCTCCTCCTGCTCTTTCTCTCCTCGCGTCTCCTCCGCTTCCTCTCACTTTTCGGACAAACCAGTCCTTCTGAGGCCCATGGGTTCCCGGGCTGCCTCCGGGGCTGCTCCTGTGAATGGCATTCGAGTGCCCTTCCAGCGCGGCCACTGAAGCAGCCACAACCCCCGGTGCTCGGGGCGGCTCTCAGGTCCCTGAAGTCCTGTCCTCTCCCGGAGCCGACGTGTTCTCAGCTCCTGGGCCGCAGCTCCTGGAGTAGGGGCCCTCCTTTCTCGGGACCCGGAGCTGGTGCTTCCTGCTGCTGTGGGGACTGTGGGGGGTCCTGACTCTCAAGCTGAGGGGTTGGAGTCTGCAGGCTCCGGGCAGAGGATTCTTCCTGCGACTTCTCTCATCCCCAGCTCATTCTCCCCTCGCCTCTGGCTCCGAGGGTCCTCTCCTCTCTCTCATCCCACCCCTACTAATGACCAGTGATCTAAGGACACCAGATTCCCTCTCACCTCCTCCCTGCCCATCTCAGGGCCCGCTGAGTCCTTTTGCCCTCCCAGCTCCCTGCTACCCCTTCCTGTGTGCTGTTCTCTGATCCATTTCTAGGGTGTCCTCTGCCCTCATCCCCTGTCCCCGCCACCGAAGGTCCCTCCTGCACCCCTTATGGGCCTTTCCTACAAGCAGCCTTCACCCAGTGCTGCCCCTATGCCTCCCCGTTCCCAAATGTCCCTGACTCTAACTTTCTGGTGCTGCCTTTTATCCGGGGGGGTCTTCCCTCCATCCCACTCCCCTCCAGACCCCCAAGGGGAACCCTGATGCTAATGGCAGTTGGGCCTTAGGCAGGGCGCAGGGCAGCGCAGATGCCCCCTCCCCTCCAGTGCAGATGCCTGCTCTGGACCCTGCCTCATGGTGGCCCCTTCCCCACTCCTTCATCCTCAGCCTCACCCTCTTGAGGACCCCACCCTCCAGCCCACAGGTGCTGGACCATCCCTCCCTGGTCCCTCCGCCCCTCTCCACCTTGGGACCTTGTGCTGCTCCTGTCTCTTGCCCAGCTGCCTTGGGCCCTCAGCACGTTCTCATCTTTCAGTGGGAAAGTGGGAGTGCTGGAGCATATGACAGTGCTGAGCATCTTTCCCAAGCCCCACCCTCCCCCAGAGCACCCTCCCCTCCTGTCCTCACCCTACCCCAAGTTCTCCCACAGTCACTCCTGCCCCATGCTCATGCCGCCCTCCAGTTCTTGCTCTGCCCATCTCCCCTCCCCAACCCAGACCTAAAACAGGCTGTTGGGCCAACTGTTCCTTGACCTTCCTTCTTTTCTTTTGGTTCCTTGACCCCAGTGGGCTCTCACTCCCCACACCGCATATCTAAAATCTGTTTTGCCTGCTCTTGGGGTGCCACTGCTCCCCCTCCAGCATTACTCCTTTTGGCAGGTCCTTCCTCAGGCTGAGAATCTCCCCCTCTACCTTGGTTTTCTCTCTCTGGCCAGCACCCCCACCCCTTGCTTTGTTTTTAATTTTTAACTTTTGTTTGGGTACGTAGTAGATATATATGTATATATTTATGGGGTACATGGGATATTTTGACACAGGCCTACAATATGTAATAATCACATCAGGGTAAATGGGTTATATCACAACAAGCATTTATCCTTTCTTTGTGCTACAAACAATCCCATTATGCTCTTTCAGTTATTTTTAAATGTACAATAAATTATTGTTGACTGTACTCACCCTGCTGTGCTATCTACTAGATCTTATTCATTCTAATTATATTTTTGTACCCATTATTAACCATCCCTGCTCCCCCACTCCCCACTACCCTTCTCAGCCTCTGGTAATCATCATTCTATTGTCTCTCCCCATGAGGTCCATTGTTTTAAATTTTGGCTGCCACAAATAAGTGAGAACATGCAAAGTTTGTCTGTCTGGGCCTGGGGCTTATTTCACTTCACAGGATGACCTCCAGTTCTTTGCAAATGACACGATGGCTGAATAGTTCTCCACATACACATGTACACCACATTTTCTTTATCCATGCGTCTGTTGATGGACACTTAGATTGCTTGCAGATCTTGGCTACTTTGAATAGTGCTGCAATAAACATGGAAAAGTAGATAGCTCTTTAATATACCGATTTCCTTTCTTTGGAGTATATGCCTAACAGTGGGAGTGCTGGAGCATATGACAGCTCTATTGTATTTTTAGTTTTTGGAAGAACCTCCACATTGTTTCCCATAGTGGTTGTACTAGTTTACGTTCCCACCAACAGTGTACATCCTCACCAGCATTCCTTATTTCTACATCCTCGCCAGCATTCCTTATTGCCTGTCTTCTGGATAAAAGCCAGTTTATCTGGGGTGGGATGTTATCTCGTAGGAGTTTTGATTTGCCTTCATCTGTTGACGAATGATGTTGAGCACCTTTTCATATACCTGTTTGCCATTTATATGTCTTCTTTTGAGAAATGACTATTCAGATCTTTTCTCATTTTTAAATTGGATTATTATATTTTTTTTCCTATAGTTGTTCGAGCTCCTTATATGTTTCAGTTACTGATCCTTTGTCAGATGAATAGTTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTTGGATGGTCTCTTCATTTTGTTTATTGTTTCCTTTGCTGTGCAGAAGCCTTTTTACTTGATATGATCCCATTTATGCAATTTTACTTTGGTTACCTGTGCTTGTGGGGTATTACTTTAAAAATCTTTGCCCAGTCCAATATCCTAGAGAGTTTCCCCAATGTTTTCTTGTATAGTTTCATAGTTTGAGGTCATAGATTTACATCTTTAATCCACTTTGATTTGATTTTTGTATATGGTGAAAGACAGGGTCTAGTTTCATTCTTCTGCATAAGGATATCTAGTTTCCCCAGCACCATTTTTGAAGAGACTCTCCTTTGCCAATGTGTGTTCTTGGTACCTTTGTTGGAAATGAGTTTACTGTAGATGTATGGAATTGTTTCTGGGTTCTCTATTCTGTTTCATTGGTCTGTGTGTCTGTTTTTATGCCAGTATCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCTCTGTAGTATAATTTGAAGTCAGATAATGTGATTCCTCTAGTTTTGTTCATTTTGCTCAGGATAGCTTTATCTATTCTGGTTTTTTTGTGGTTCCATATGCATTTTAGGATTATTTTTATTATTTCTGTGAAGAATGTCATTAGTGTTTTGATAGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTACTTTGGGTAGTATGGATATTTCAACAAAACTGATTCTTCCAATCCATGAACGTGGACTATCTTTTCCATTTTTTGTGTCCTTCAATTTTTTGCATCAGTGTTTTTTGTTTTTGGTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTAGAATGCAAGGGTGTGATCTTGGCTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCTATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACTGTGCCTGGCTAATTTTCTATTTTTATTAGAGATGGGGTTTCTCTATGTTGGCCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCACATCACTGTTTTATAGTTTTTATTGGAGAGGTCTTTCACTTCTTCAGTTAGGTTTATTCCTCAGTATTTTATTTTATTTGTAGCTATTGTAAATGGGATTCGTTTCTTGATTTCTTTTTCAGATTATTTGCTGTTAGCACTGATTTTTGCATGTTGATTTTGTATCCTGCAACTTTACTGAATTTGTTCTTCAGTTCTAATGGTTTTTTGGTGGAGTCTTTAGGTTTTTCCAAATATCAGACCACATGATCTGCAAACAAGGATAATTTGACTTCTTCTTTTCCAGTTTTAATGCCCTTTCTTTCTTTCTCCTGTCTGATTGCTCTAGTTAGGATCTGCAGTACTGTGTTGCATAACTGTGGTAAAATTAGTCATCCTTGTCTTATTCCAGATCTTAGAGAAAAGGCTTTCAGTTTTCCCCCATTCAGTATGTTACTAGCTGTGAGTTTGTCATATATGGCTTTTATTATATTGAGGTCTGTTCCTTGTATACTTAGTTTTTTGAGAGTTTTTATCATGAAGGGATGTTGAATTTATCAAATGCTTTTTCAGTATCAATTGAATGATACTGGCTTTTGTCCTTTATTCTGTTGATATGACGTATTACATTGATTGATTTGTGTATGTTAAATCATCCTTGCATACCTGGAATACATTCCACTTGCTCATAAAGAATGATCTTTTTTAATGTATTGTTGAATGTGGTTTGCTAGTATTTCCTTGACGATTTTTGCATCGGTGTTCATCAGGGATATAGGCCTGTAGTTTTCTTTTTTATGATGTGTCTTTGCCTGGTTTTTGTATCAGGATATTCCTGGCTTTGTAAAATGAGTTTGGAAGTATTCCCTCCTCCTCTATTTTTCAGAACAGTTTGAATAGGACTGACATATGTTGTTCTTTAAAAGTTTAATTGTGGTAAATTATACATTACATAAATTTTACTGTTTTAACCACTTTTAAGTGTATACTCGGTGGCATTAGATACATTCACATTTTTGTGCAACCCAAAACTCTGTGCCCATTAATCGGTAACTCCCCATTCCTCCCTACCTCTGGCCCCTGGTAACCACCATTCTACTTTTTGTTTCTATGAATTTGACCACTCTAGGTACCTCATTTAAGCAGAATCATGTAATGTTTGTCTTTTTGTTTCTGGCTTATTTCAC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Seq C2 exon
AGCCCCACAGTCTTCGTTATAACCTCACGGTGCTGTCCTGGGATGGATCTGTGCAGTCAGGGTTTCTTGCTGAGGTACATCTGGATGGTCAGCCCTTCCTGCGCTATGACAGGCAGAAATGCAGGGCAAAGCCCCAGGGACAGTGGGCAGAAGATGTCCTGGGAAATAAGACATGGGACAGAGAGACCAGGGACTTGACAGGGAACGGAAAGGACCTCAGGATGACCCTGGCTCATATCAAGGACCAGAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000204520:ENST00000449934:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.060 A=NA C2=0.149
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0012913=MHC_I=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0012913=MHC_I=PU(50.3=98.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains