HsaINT1028628 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000126838 | PZP
Description
PZP, alpha-2-macroglobulin like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9750]
Coordinates
chr12:9181975-9192256:-
Coord C1 exon
chr12:9192193-9192256
Coord A exon
chr12:9182118-9192192
Coord C2 exon
chr12:9181975-9182117
Length
10075 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTGAGT
5' ss Score
8.34
3' ss Seq
TCACTCTCTCCATGTTCCAGTGA
3' ss Score
8.03
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCATGGCTAAGGGAGTCATCGTCAGATCTGGAACCCACACTCTGCCTGTGGAGTCAGGAGACA
Seq A exon
GTGAGTATCCTCAGATTCATCTCTCCTTGCTCCCCTAACACATCCTTACCCTTCCCTCGGTGACAGTTCATAAATGGGAAATCGTTTCCATCATCCCTTCACAATAAGGAGGACACGCAGGAAAATACTCGTCTTATGACTCTTTGGCATTTTAAAATTCAACAGTCAACAGATAAATGTGATTGTCTACTCTGTATCAGTCACTCTGCTAAGGTACACTAGTTTTTCACTTTAGTTTGTTTCTTCTAACAGCAAAACAAAGCTCTTTTCAAAATCTAAGCTGCCTTCTATTTATCTCCACCCCCAATAAAGTGTACATTGATTAAATTAACATTGCAGAGAAGAAAAAAGTAATTATCATGGGAAATGGGAAGGAAGAAAGGTGATAGATTTTTTTTTCTTGTGCCAGGCCATGAGTACTTTATATACGAAATTGGATTCACTTCAAGAATAAATTGAGGCCTGGGGAACCAAGATCGTTTTCTATTCTAAGTCAAATAATCTAGAGGTTAAACCACTGAAAAGAGAACCCGTGAACATTTTTGTAATTAACCTAAACTAAGGGAAACATTTTACCAATTTCCACCACACCCCTAAGCTAAACTTAATAACCATTAGGATTTGCTCCATGCCTAATATTTTCTATTTATGTAGTTTCTCTTCCTGCTAAGCTGGAAAAATTAAATATTAATTTTTAATTTTTATTTTTCAGTTTTGAAAATTGAAACAATTTTGAGAAAGTTAAAATTTATGCATTATTAATCAGTACTCTAATAATTAATAATTATTTTAATTAAACATTAAAAACTGCTGCCAGTTTTGAATATCAGTTTTTTCCCAATACTAGTGTAGAGGTAGTTAGATATGGAGAATGGACCCCACTGTGTACATTGTTCTTCAATTTTTGTTGAATAATTTTCTTCTAATACTGGTCTATGTATCACATTCACAGAAATAATCAAAGGTTTTAAAACATTTATTTGATTTTTTCTTTTATAATATTCCAATTTGAATTTTATTCATAACAGGAAGAGTCTGTATGAAAATCTCTATATAGTAAAATGAGGACTAGTTATTTAATCATTTACTTTGTGAAGATGCCACAAAATTTTATTGAAAGTAGCTGAGTCAACAATTGGAAAAAATTTCTCTATATAGCTAATTAAATCATAATTGTTTCATCATAAAACAATTTTAACCACATATTTTAATAGTTATTAATTACCGATTTACTCTTCACCAAAGAATTATCAAAAGCACTTACACCTCTATGATAAAAGAACAAATTTTATTCACAATTTGTCTAAATTCAACTTTTTAAAACTTTTCAAATTGTCCAAGTTGAGCTTCCTCATATTGTTCTCTTTTCACACTATTCTTCATACTGTCCAAATTATTATTACCTAAATTATTTGCCTATTTAATTTTCAGAATTGAGATTTTAAATAATGAAATCTTCTCAAATTTTATTATTTATTATTATGTTTAAAACTTTTATTTTAGGTTTGAAGGGTTCATGTTCAGGTTTGTTATGTAGGTAAACTCGTGTCATGGGGTTTGTTGTACAGATTATTTCGTTACCCAGGTTCTAAGCCTACTACCCAATAATTATTTTTTCTGATCCTCTTTCTCCACCTACCCTCCACCCTCCAATAGGCCTCAATGTCTTCTGCTCTCCCTCCTCCCGCCCTCCACCCTCAGATAGGCCCCACTGTGTGTTGTCCTCTTTGTATCCATTATGTTCTCATCATTTAGCTCCCACTTATAACTGAGCACATGGAATATTTGGTTTTCTGTTCCTACATTATTTTGCTAAGAATGATAGCTTCTAGCTCCATGTATGCTCCTGCAAAGGACATGATGGCGTTCTTTTTTATGGCTGCATAGTTCCATGGTGTGTATGTACCACATTTTCTTTATTCAGTCTTCCACTGATGGGCATTTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTACTGTTCATTGCAACAGGGTTGCAATGAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATGACAGAACAATTTATATTCCTTTGGATATATACCCAGTACTGGGATTCTTGGGTCAAATGATAGTTCTGTTTTTAGCTCTTTGAGGAATCGCCACACTGCTTTCCATAATGGCTGAACTAATTTACATTCCCACCAAGAGTGTATAAGCATTCCCTTTTCTCCACAACCTTGCCAACATCTGTTATTTTTTGACTCTTAATAATAGCCATTCTGACTGATGTGAGATGATAATCTCATTGTGGTTTTGAGTTGCATTTCTCTAATATTCAGTAGTATTGAGCTTTTTTTCATTGGCTTGTTGGCCACATGTATATCTTCTTTTGAAAAGTGTTTATTCCTGTCCTTTGCCCACTTTTTAATGTGGTGGTTTGTTTTTTCCTTGTAAATGTGTTTAAATTCTATACAGATGCTAGATATTAGACCTTTATTGGATGCATAGATTGCAAAAGTTTTCTCTCATTCTCTAAGTTGTCTGTTTACTCTATTGATAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGGTTAATTAGATCCCATTTGTCAATGTTTGCATTTGTTGAGATTGTTTTTAGTGTCTTCTTCATGAAATCTTTGCAGTTCCTGTGTCCAGAATGGTATTGCCTAGGTTGTCTTCCAGAGTTTGTATACTTTTTGGTTTTACATTTAAGTCTTTAACCAATCTTGAGTTGATTTTTGTGCATTGTGTAAGGCGGGGATCCAGTTTCAATCTTCTGCCTATGGCTAGCCAGTTATCTCAGCACCATTTATTGAATAGGGAGTCCTTTCCTTGTGTTTGTTAGCTTTGTTGAAGATCAGATGGTTGTGGGTGTGCAGCATTATTTATGGTCTCTGCATTCTGTCCCATTGATTTGTGTGTCTGTTTTTGTACAAGTACTATGCTGTTTTGGTAACTGTAGCCCTGTAGTATAGTTTGAAGTTGGGTGGTGTGATGCCTCCTCCTTTCTTCTTTTTGCTTAGGATTGCCTTGGCTATTTGGGCTCTTTTTTTAGTTCCATATACATTTTTAAATAGTTTTATCTAGGTCTGTGAAGGATGTCGTTGGTAGTTTTATAGGAAAAACATTAAATCTATAAATTGCTTTGGGCAATATGACCATTTTCATGATATTGATTCTTCCTATCTATGAGCATGGAATATTTTTTCCATTTGCATCATCTCTGATTTCTTTGAGCAGTGTTTTGTAATTCTCATTGTAGAGATCTTTGGGCAATATGACCATTTTCATACTGATTCTTCCTATCTATGAGCATGGAATATTTTTCCATTTGTTTGTGTCATCTCTGATTTCTTTGAGCGGTGTTTTATAATTCTCATTGTATAGATCTTTCACCTCCCTGGTTAGCTATATTTCTAGGTATTTTATTCTTTCTGTGACAATTGTGAATGGGATTGCTTGCATTCCTGATTTGGCTTTTGGCTTGACTGTTGTTGGTGTATAGGAATGCTAGTAATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAAATTTTGCTAACATCATTTTTCAGCTTAAGGAGCTTTGGGGCCAACACTATGGGGTTTTCTAGATATAAAATCATGTCGTCTGCAAACAGGGATAGTTTGACTTCCTCTCTTCCTATGCTGATGCCCTTTATTTCTTTGTCTTGCCCGATTGTTCTGGTGAGGACTTCCAATACTGTGTTCAATAGGAGTGGTGAGAGAGGACATCCTTGTCTTGTGCCAGTTTTTAAGGAGAATGCTTCCAGCTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGGCCATGGGTTTGTCATAGATGGCTGTTATTATTTTGAGGTATGTTCTTTCAATATCTAGTTTATTGGGAGTTTTTAACATGAAGAGGTGTTGAATTTTACTAAAATCCTTTTCTACATCTGATAAGATAATCGTATTTTTGTCATTGGTTCTGTTTATATGAATGAATCACATTTATTGATATGCCTATGTTGAACCAACCTTGCATCCCAGGGATGAAGTCTACTTGATCGCGGTAGCTAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTCAGTTTACCAGTATTTTATTGAGGATTTTCGCATCAATGTTCATCAGGAATATTGGTTTGCAAATATTTTGTTGAGGATTTTTGCATCAATGTTCATCAAGGACGTTTGGCCAGACTATTTTTTATGTGAGTCCCACTTCTCCTCATGGGGGCAACCCCACAACCTGGGACTGCAGCCACCACCACCCCACCCCCATCAGGGTTTTCAGGCTGGTAGCAACTTTACATTTCCCTGGGACGGAGCTCACAGAGGGTGAGGCTGGCTGCCATTTTTTCCATCTTGAAGCTTCCGTTGCTGTAACTTTCAGGTTCCGAAGAGCAAGTAGTGATTAGGGTGTAGCATGGATCACCTGCACAGCACAGCTGACCCACTAGTTCTTTCAGTTGTGATGTGAGGTTAAGTTGAGATCTTTCTAACTTTTCGATGTGGATGTTTAGTGCTATAAGTTTCCCTCTTAACACCGCCTTAGCTGTGTCCCAGAAATTCTGGTGTGTTGTATCTTTGTTCTTACTGGTTTCAAAGAACTTCCTGATTTCTGCCAAAATTTCATTATTTACCCAAAAGTCATGCAGGAGCAGGTTGTTTAATTTCTATGTAATTGTATGGTTTTGAGTGATTTTCTTCTTATTGAATTCTATTTTAATCACATGGTAGTCCGAGAGTGTGGAGTGTATGATTTCATTTTTCTAAATTTGCTGAGGATAGTTTTATGTCTGATTGTGTGATCGGTTTTAGAGTAGTGCCGTGTGCAGTTGAGAAGAATGTATGTGTTGTTGTTTTGTAGTGGATAGTTTTGTAGATGTCTATCAGATCCATTTGGGTCCTGTGCTGAGTTCAGATCCTAAATTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCTGTGGAGTGTTGAAGTTTCTCAATATTATTGTGTGGGAGTCTGAGTCTCTTTGAAGGTCTCTAAGCACTTGTTTTATGAATCTGGGTGCTCCTGTGTTGGGTGCATGTAGATTTTGTTTAGTTAGGTCTTCTCATTGAATTAAACCCTTTACCATTATGCAATTCTCTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTGACCTTTCTTGGTTTAAAGTCTGTTTTGTCTGAAATTAGTATTGCAACCCCTGCTTTTCTCTTTTTCTTTTTTTTTAAATTATACTTTAAGTTCTGGGATACATGGGCAGAACGTGCAGGTTTGTTACATAGGTGTACATGTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCCATCAGCCTGTCATCTATATTAGGTATTTCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCAGCCCCCCACCCCCGACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTTTTCAACTTCCACTTATGAGTGAGAACATGTGGTGTTTGGTTTTCTGTTCTTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGACAGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTGGAAAGGACATGAACTCATCCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATGTGGCAACCCCTGCTTTTTTCTATTTTCCATTTGCTTGACAGATTTTTCTCCTTTCCTTTATCTCGAGCCTATCAGTGTCATTGCATGTGAGATGGGTCTCTTAAAGACGGCATACCACTGAGTCTTGCTTCTTCATCTGGCTTGCCACTCTGTGCCTCTTAATTGGGGCATTTAGTCTGTTTACATTAGAGGTTAATATTGAGATGCGTGAATTTGAATCTGCCATCATGTTGTTAGCTGTTTGTCAACTTGTTTGTGTAACTGCTCTATAGTGTCACTGGTCTGTGTACTTCAGTGTGGTTATGTAGTGGCTCGTAATATTCTTTCCTTTTTATATTCAGTGCTTCTTTCTGGAGCTCTTGCAAGTTGGATCTGGTGGTAACAAATTCCCTCAGCATTTCCTTGTCTGAGAAGCATCTTATTTCTCCTTCACTTATGAAGTTTAGTTTGGCTAGATATGAAATTCTTGGTTGGAATTTATTTTCTTTAAGAATGTTGGCCAGGTGCAGTGGCTCATACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGGGGTCAAGGTGGTCAGATCATGAAGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGATGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAACTGTTTGAACCTGGGAGGTGGGGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCAAGAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAATGTTGAACATAGGCCCCAAATCTCTTATGGCTTGTAGGGTGTCTGCTAAGAGGCCCACCATTAGTCTGATGGGCTTCCCTTTGTAGGTGACTTGTCCTTTCTCTCTAGCTACCTTTAACATTTTTTTTTTTTCATTCATTTCAACCTTGGTGAATCTGATGATTGTGTGTCTTAGGGATGACTTTCTTGTGAAGTATATTTTGGGGTTCTCTTCATTTCCTGAATATGAATTTGGCCTCTCTAGCTAGGAGGGGAAGTTCTCATGGATGATATCCTAAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTTCATTATGCTCATCTCTTTCAAGGATATCAAGGAGTTGTAGATTCAGTCTTTTTACATAAATAATCCCAGATTTCTCAGAGGTTTTGTTTATTCCTTTTCATTCTTCTTTCTTTATTCTTGTCTGACTGTTGTATTGCAGAAAGTCAATTTTGTGGCTCTGAGATTCTTTCCTCAGCTTGGTCTGTTCTGCTGTTAATACTTGTGATTGCATTACGAAATTCTTGTAGACTGTTGTTCAGCTCTGTCAGGTTGGTTATGTTCTTTTCTATACTGGCTATTTTGTCTGTCAGCTTCTGCATCATTTTATTGTGATTCTTAGCTTCCTTAGATTAGGTTTCAACATTCTCCTGAATCTCAATGACCTTCATTCCTATCCATAGTCTGAATTCTATTTCTGTCATTTCAGCCATCTCAGCCCTATTAAGAACCCTTGCTGGAGAACTGGTGTGATTGTTTGGAGGAAAGAAGATGCTCTGGCTCTTTGAGTTGTCAGAGTTCTTGTGCTGGTTCTTTCTCATCTTTGCGGGCTGATGTTCCTTCACTCTTAGAAACTGCTGTTGTTTTGATTTTTTCCTTTTATCCTATTCGATGACCTTGGAGGTTTGATTGTGGTATAAGGTGAGTTCAGTCAACTGACTTTGTTACCAGAAGATTTGGGGGCAGTGGAGGCAGGGAGGAGCAAGGCTCAGTTCAGGACTCCTGGATTGCATGCTGTAACTCTGGGGAACTGGTATCTGGCTCCAGCTTTGTTCTCTGGCTCCTTGAGGTTAAGAACATGTTGCACTGAAGGGACCAAGGTGCTCCCAGACCACTGGTCACAACACTTCCATGGGTGATGTCAGCCAAAGCACTTTGCAGGATGGTAGCAGTGGGATCCCTCCTCATTCACATGTACCAGCAGCATGGCAGTGGCAGCGTGGTGGGGTACACGCTCATCAGCTGTGGCAGGGTGCTAGCAGGTGCCAGGTTGCTGGCCTTTGTGCAGGCATTCATAGCAATGATCATGGCAGTATGACTCAGGGGATTGGGGGATCCCCACTAGCAACTGTGCATGCATTTGCACTGACGGTGGTGTTAGCATGGGGGTGGGGCACTGGTGGGTGCAGGACTGTATGAACCTTTTGTGTGCATTCATACTGGTGGCAGTGTCTGTACATGGCTAGGGGTGGGTTTGTGTGTTTTGTGCCTAGTTTTGCACTGGCAGCTCCATTGCAGGGGCAGGGTGCTGGCAGGGGTGGGGTTGGCGAGCTTAGTGCCTGCCAATGCTCTGATGTCAGTGGCTGTGTGGTAGGAGTAGGGGTGATGGAGGACACTCACGCTGCCAGCAGTGGCAAGGCAGGGTGCACACACACACATGTGTTGGCAAATTTTATTATTAAAAGCTTTAATTTCCTACCACTATTCTTTGCCATAAAGTCACCATAATTTTTTTTCTGGTTTTATGACATTTCAATCTACCCCACTTTCCTTGTTGAACTCAAGACAGTGATAAAAGGGCTTCCTTCCTTTTAGAAGGGGAGCTTATTTCCTTTTTGAGGTCTGAGCTAAAACTTGATCTGTCCAACTGAACACAAATATGAATGGCATAACACTGCCTTAAGGATATTTTAAGCTTCCTTTCTTCCCAAACTTAAGAGCTTTGCAGTATAAACACATAGTGATATAAAATAAGTAATGTTAAGCTAAAGTCAAATTTGCATGAAGTTGGAAAAATTCCACATTCTACGTAGAGTTATAACAATTTTTAATTGAGTGCCACCAATCTCAGGCTTTAATATAATCATTTTAAAAAAGTAAATTTTGGCCGGGCACATTGGCTGCTGCCTGTAATTGCAGCATTTTGGGAGGATTGCTTGAACCGAGGAGTTTGGGACCAGCCTGGGCTACATAGCAAGATCCTATCTCTACAAAAATATATAAAAAATTAGCCAAACGTGGTGTTGTGCACCTATAGTCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGTACAATCACTTGAGCCCAGAAATTCGAGGCTGCAGTGAGCTATGATTGCACCACTGCATTTCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAATTACATTTATTTAAGGTGTACAACATAACGTTATGGGACACATATAGATAATAAAATGACTACTATAGTGATGGAAAGTAACATGGCCATCATCTCACCTACTTACTCATTTGTGTATGTGTGGCAAGAACAGCTAAAATGCACTCATTTGACAAAAATCTAAAATATAGTACCATTTTATTAACTACAGTCTTCATGTTGTGTGTTAGATAGCTAGCCTTGTTCATCCTGATATTATACTTTGTAAAATATTCCTAAGGGTATTAGACTTAATTTTTAATACATATGGTTAAGAAAAAAATAAAATCAATTATAGTTCTTCTACAATTCTAATTGTCCTTGTCCTACATTATTTTGAGTTTCAACAATGTCGAGAGACTCTGTTATCCTATGTATTGTCTAACTGCACCAAGAATATGTTACTGGAAAAGAACTTGGAAGCACAGGAATTTAAAGCCATATAGCTGGGAATCTGGGACAGGAGGGATGTAGAGAAAAGGAAGACATGGAAATAATACCAGAGAGTATCTGTCCTTTATGTACAGGCATCTCAGAAACTTTTCAGTCATTAAGTCTCTCGTGGTTTTATAATTACCGTTATTCAACTAAATGTGGGCCATCTACTCAAGTCCCCAGTGGACCATTCAGAAAATGGAACTTTTGTTGTTGCCCTTTTGTAGCTACCTGGTGGCCCTTCACCCTGCTTTAAAATGTAAAGTATTTTCTGAAGTGTTATCTGGTACCATTTAATGCTTCCAGTAGAAATATACCAATGTACTTATAAGAGTTTAACACTGCAATGAAAACTCCAAGAATTAAATATTCTTTTAGGAAGTTCAATTAGTATGAACTTTTTTTTACATACAGAGCTTTTTAAAAGTCATATATGACAAAATAAACTTATTATATCTTACAAATTATAGCTCTATATTTAAATTGAGAATCACCTCTAGTCTGAAATGTAAATAAAATAGTTGTCACATATATATGCAGAAAATTTGGAGCTACTGATATTTAATTGATTTAGGCAACAGTTAAGTGGAATATCAAATAAAAAAGATGTGAGTGAAAGGAACTTTGTTAACTTCTGCTATAATTAAAGTTCTGAAGGGAGACATTGGCCTACTAATTTCACCAAATAACTAATGGCACATAGAGAGACTAAGCCATTAGAATGAATGGACGCAGTTCTCAAGTGGATAAGACCAAGCAATAG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Seq C2 exon
TGAAAGGCAGTTTTGCCTTATCCTTCCCTGTGGAGTCAGACGTTGCCCCCATTGCACGAATGTTCATCTTTGCCATTTTACCAGATGGAGAAGTTGTTGGAGACTCTGAAAAATTTGAGATTGAAAACTGTCTAGCCAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000126838:ENST00000261336:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF077039=A2M_N_2=FE(14.1=100)
A:
NA
C2:
PF077039=A2M_N_2=FE(31.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
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Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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No suggested primer sequences
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- Autistic and control brains