HsaINT1028629 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000126838 | PZP
Description
PZP, alpha-2-macroglobulin like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9750]
Coordinates
chr12:9169430-9181132:-
Coord C1 exon
chr12:9180983-9181132
Coord A exon
chr12:9169592-9180982
Coord C2 exon
chr12:9169430-9169591
Length
11391 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTGAGT
5' ss Score
7.68
3' ss Seq
TGATCCCCCCACTGCTACAGGTA
3' ss Score
7.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATTTGAGCTTCAGCCCAGCACAAAGTCCCCCAGCCTCACATGCCCACCTGCAAGTAGCAGCTGCTCCGCAGTCCCTCTGTGCCCTTCGTGCTGTGGACCAAAGTGTGCTGCTCATGAAGCCTGAGGCTGAGCTCTCTGTGTCCTCA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATATAATCTGCTAACTGTGAAGGATCTCACCAATTTTCCTGACAATGTGGACCAGCAGGAGGAAGAACAAGGACACTGTCCCCGTCCTTTCTTCATTCATAATGGAGCCATCTATGTTCCCTTATCAAGTAATGAAGCAGATATTTATAGCTTCCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000126838:ENST00000261336:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.204
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF077039=A2M_N_2=PD(26.2=78.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains