HsaINT1029012 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144642 | RBMS3
Description
RNA binding motif single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13427]
Coordinates
chr3:29944207-29988223:+
Coord C1 exon
chr3:29944207-29944254
Coord A exon
chr3:29944255-29988142
Coord C2 exon
chr3:29988143-29988223
Length
43888 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTTTCTTTGATTCTCTCTAGTAT
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCAATCCCAAGACAGGATTATGATACTCCACCAGCTGTTGTGTCAG
Seq A exon
GTAGGAAAATTCTAATTCTTTTAAGACTGGATTGGAGGGGAGAGATGGAGGTTGCCTGGTTTTTTCCCAAACTCTTTAAAGCAGTGATTCTCAACAGAGGTGGGTGCAGGAAATTTGAATTCCAGTTTGCAAGGGGGCATGTGTAGTTCAGAAACATAAACTTAATATTATAATTCAGTTATATATCTGGAAAATAAATGTGTTGCATTTTAAATAGAAAGTAAAAACTCAAAACCATTTTATCTGTCAAGGATACACAGAAGATAGAGTCTGTGTTCTGTGTATCAGTGATTCTCAGTGTTAGACACAGTCATCAAATTCCTGAAAAGTGGGAAAATAATTTTATGTATAGCAAAAGACGGCACAGATTAATAAAAAATAGTTTGAGAAGCACTGCTTTAGAGACCAGAATTCTTCTAAATTGGAAAATCATCCCATTTGCTTGCTCAGCACCCTGCATAGGGTCTGACACATAGTAGGTACTCAATATAATTGTTTGTTGAATGAATCTAAACTTCAAATTTGTTCCCAAAACGATTCTTTTGGATATTGAAAGAAAAGCTGCCATTATTCTATTTATACAAAAAAGTGGCAGAGGTTGATTTGAAAATATGTTAGTGTCTTGAGGGTTTTAACTAGCAATATTTCAGTTGTTTCATAAAATTTAGTAGTGCAGTTTGTAATAGGATATGTCTATGTAAAGAGGTGGATTTTTATTTTGAACTGCACAGATCTTCTTGTGCTTTCATTTTGATTTTGAATTTTGATTTATTGCAAAGAGAAAAATGGGCACAATTTTTTATTTCAGTTAATTTTTTAATTAAATAAAATACTGGCAATCTGAAGAGGAGGAATTCTTTGATTCTTTGACATGTCAGACAGCAAGGTCATAAAATACAAAGAGAAACATGCATTAGAAAGACAGAAGAAGAAACAAAGGTCAGAAATAGACTCAAAGACCCCATGGAGCAGTTGAATCTGTCAACCTGCTGGTGGTTTTCAAGCAGGGGAAATCTTGCTTTTGGCCACCCGTTTGCTTGACCCAGCATCTGAAGGGTAATTCTTTTTTAATTTCTTATAGCCTTGTTTAGTTATGTTCCTGGCTGAATACTCATCTTTAAAGTTCAATTAATAATGTCCCATTGAGGAAGAATACGTTAGCATTTGGCCGCGAAGTCATTTCGGTCCTCTTTAAGGTCTCTACAATAAATTGCCACTACTGAAAATATCACTTAGTTTTTCCCAAAGTGTATTTCCTGTCATATCTTAACATGCCAATTTCATTTAGGATTTAGGGCCCCTGGGAAGAGACTATATTTCATACATGGTACTTTTGTTTAACAAGATACATCTACTCTTGGTAATTTACCAATATTCATAAAAATAAAAGACACAAACTAGAACTTACCTTCAACTGGGTTTCCTGATTTTACTTTCAAGAACATAATGAAGAAAGCAAGCAAATCATTAAAAGTACTTATCAGATATCAGTCATAGGTCAGGCTCTACGTAAGTCAATTGAGGCAGAAGATCTGGCTGACAATCTAGGCTCAGGAGTTCTCACCTGATTGCATACACAGGGCCACTGAAAGTTCTAGAGCAGATAAATTACTTGATAAAAGCAATGCTTTAAGAAACTGAATCTGAAAGTTTTGTGTGGTCTTGAGCAAGAAGACATAAAAATCACATGGAACAGTTAAAAAGATTAGATATGACATATTGTATTTATAATAAAAAGTAGTCCTAGGTTCCCAGCAGTGGAGTATGAAGGAAGGGACCCAATATAGAGTTAATATGAAAAATAACATTTTGGGAGATTTCACAGTTATTTTCCCCTTGTAAGATTTAATTGGTAGTTTGACATAAGTTTCACAGACTTCTTTGGTCTACGTCTAAATAGAAATAGACTTGCCTTTCCAAAATGCTTGTTAATTGGCTGGTAGGACAACTTCAATGACTTTTGAGAAATTGAATCTGCTTTTCTCAATCCTTGGCCACATCAGGAAAGTGAAACAGGCAATAGCATTGTAATATCTCCTTCCCAAATCTTCCAATATGTCAATATTGGACAAAACAAATAACTCTTTGCCAGTGTAGAATCCAACTAAATTGTTTTAATTGATTGTAGTCGAGATATCTGCTTGACAATTTACAGATACATAACTTAATTTCATTCAATCAATATTTCAACATTTATTGAACAACTTCTGAGTGGTAGACACTACACAAAAGTACTGGGGATACAAAGATGAGCAGAAAATAGACCCCTGATTAAAATATTATGGTATAATATTAGACCATTATAACATTAATAGCAACATTTATTTGTGTTGTCGTGATGTGAAATGCATAAAGTATAGAGAATCAAGAATCTAGAAAGAATATTTGAAATCCTCAGGAAGACAAATACTGTTTGGTTTTCTGTGTAATATTAAGTGACATCATCTTCTGAGAGTGAGTGAGAGAAGGCACATAGTAAGGATTTAAGAAGAACAGAGATTTGGAAAACTATGGCATGAGAAGGCCTATGAACAATCCATAGAATTTTGAGGGGTAGTAGTGGGGGTTCATTTGAAGCTATGGACTATGTATTTGTGTGATTAATCTGTGAGAATGTTTGATTTTCTGCGGTCATGATTAGTAGCCAAGAAGGCAGACAGGCAAATTAATGCAGGGTTAATATTTACTAGGTGAAGTGAGGAAAAGGATAGTGTGCAATTATGATATTGGCAAGAAAGTAGTTGAGTGGCAAACTGTGGGTTTAAGGAAGAATAAAGAAGGAAGAAAAAAGAAGGCAGTGGTGGATGAGAGATAGAAAACAAAATATACAGATTAGCAGTTTCAATGAGATGTACTAACTACAATGTATTTTACTAACTACAATGTAGTTAGCAAAATACTTGGATTTAAGATTTTGGATAATGAACTATTTCTTGGCAAAGTTTGAATCATGGGAGCAGGTGGCCACAGTGGACTTGAGGTGAAAGTGACAGAAGTTAAGGGAGTTCATTAATGTGAACATAAAAAGTGACTAATGAAGTGGGGGTATCTTGCATATTTTAGTTTTGTTTTCTTCGTTCTTTGCCATTAATAAATTATACATGGCTCAAGAATATTTTACTTAGGAAGAGTCTGAGTTACATATTTAAGCTTCAACAATGAATATGTCTTAAAAATAATAATAATCTGGGAAGAAAGAGTTAAAGCAGAAATGGTGATGTTCAAAAGAAAGAAGGAAGCTTGGGAAACAAAAGCATCTCTGATTTATTTCCCTGGAGTCACCTCTTGTTGCCTACATCTCTGCTAGGCCTTACCTAGCTCATTTCAAGGAGGGAAGACAGAAGGCTGAAACTGCCCTCTACATTTTCACACCAAAGCAGGAATCTATTCTCCTTTTAGTATTTCTTTTCCATAACAACTATAACTCCTTTAAAAATCCTCCTCTCTTAAGCAAATGTTAATGAAAAAATATGTAAAGGCATAGTAAAATGCCATTTTCTATACATGGTTGGGTTTTATGAAACACCTATGAAAACCGAAGATAATTTGTAGTCAAATTTTTATTTCAGTTGTTTTGAGCTTAATTTCCTTGAATGACATCAGCATGAAATCAAGCAGAAGACTACTATCACTAGAGAACTAAAGTAGAATCAAAATCTGTCCTCTTTTTCTAAAAAGCTTTGAGTTCAGAATTTGAACCTAGGTTTGAAAAAAATTTTTTTTTAAAAAAGAAAAGAAAAACGGGGCCTGAAAAATACACTGAAAAGAACCTGTAGAACTTGTGGAGCATATTTTCATTCTTTGCTCTAACCTTTTATGCACCAGCTGAAACAGGCTGAAATAATAAGTGTTATCAGTACAACTTCATGATGAGATTTCACAGAAAAAGTTTGCATAAATCACAATATACTGGTCCAATAAGAAATTTTTAAATGTCTGATTTCTAACCATGGAGTTGTGCTCTACGAATAAAGTTCTTCATTGGAGTACATGATGCAATTAAGACAAAATTCACTGTTATAAACAGCATGCACTTTCTCACATTGTTTTTGTTTCAGCAATCTAAGTTTGCATTGGAAAGCCTCATTAATTTGGAATTTGTGATGTCCAAGCAAAGATTTAATTGAAGCCTATTTCTTATGCTGCATCTTAGGTGAGAATTGCTGTGTGAAACTATCCTCTATCATCCAGAGGAGGGAAAGGCAGAGTATTTTAGCTGCTTCAAAGAACAAGGAGAACAAGACCATCTTTCAAGCTCTAAGCAACATTTGTTTTCATAGATACCATGAGCTAATTACAAATAATTTCCATCTTTTAATTAAAAATTAAGTTCATTAGTACCTCCAATTAGCAACAATTAGCCATTAAATTGTTTTTATTGTAAAAGACCTGACACATTGTTATGTGTTCCCACAAGCCACACGTGAAAATCAGTTTCATTTTTTGGCTCAAATACCGTGCATTTATGTTGACTACAAAACTATCTTTCTTTACATGAGTTAATTGATTTTTTCTTTGTAATAAGTTCTTAGAGACTTTGCTTTACTTATTCTTCATTTATTCAACTAATATTTACAGAGTACCTACAGTGCTACAAAAAACTAAGGGTAGGTCCATTTCTTGCCCCCAAAGAACAAAGATTCTAACAGAGTAAAAGGTTATAAAGAAATGTCATGTAACATAGTATATGACAGACATCACAGGAGTGGTCTGCAGAGCAGGACTCTGTACATGATATGTGCGCAAGTATTTGACAAAAATAGGCATGTGAATGCTGAGTTATTGTGTTCCTGCTGGTGCATTTATTTTGTTCGCTAAATTATAAAAATTGAATCATTAAGAATTTTCCTATGGGACCATAATTGTTATTTATGTATTAAAATAGGCAACTAGATTGGACTAGTATATAAATATCACTGTTATTTAGCCCAGGTTGTTTTTTGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCAGAGGATGGGATAGGTGGGTGTAAAATTCTATGCC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Seq C2 exon
TATATGACTGCTGCTGCTCCTATGCAAGGGACCTACATTCCTCAGTACACGCCTGTGCCTCCGACAGCTGTTTCTATTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.284
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains