RnoINT0125333 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000025881 | Rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1588240]
Coordinates
chr8:124844235-124892718:-
Coord C1 exon
chr8:124892608-124892718
Coord A exon
chr8:124844313-124892607
Coord C2 exon
chr8:124844235-124844312
Length
48295 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
TTTTCTTTGATTTTCTCTAGTAT
3' ss Score
8.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCTGTGATCACACCCACCATGGACCACCCCATGTCAATGCAGCCAACCAACATCGTGGGTCCCCTGACGCAGCAGATGAACCATCTTTCCCTGGGGACGGCAGGAACG
Seq A exon
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
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Other Skipping Isoforms:
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]