HsaINT1037141 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000238287 | RP11-656D10.3
Description
NA
Coordinates
chr1:40493157-40508661:-
Coord C1 exon
chr1:40508589-40508661
Coord A exon
chr1:40493689-40508588
Coord C2 exon
chr1:40493157-40493688
Length
14900 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
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3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000238287:ENST00000450713:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains