HsaINT1041222 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000248445 | SEMA6A-AS1
Description
SEMA6A antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:51110]
Coordinates
chr5:116449624-116498555:+
Coord C1 exon
chr5:116449624-116449817
Coord A exon
chr5:116449818-116498460
Coord C2 exon
chr5:116498461-116498555
Length
48643 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGA
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CTGTTTGCTTTTTGTTTTAGGAA
3' ss Score
12.75
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAGGGTCCTCCTCCCTTCAATTGTGACATCACAGTTGGTTGCTGTGGAAATGATTGTCCTGTGACAAAGGATTGTGACTTAAGTAGAAGCAGCAAATATCTCTTAAGAAATAAAGATTCTGTGATCCAACAAATACCCTTGGTAATAAAAGGCAGTCAAGGCAATTCACCATAAGGAAAGAGTGTACAAGACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains