HsaINT1041466 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000109686 | SH3D19
Description
SH3 domain containing 19 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30418]
Coordinates
chr4:151159240-151165696:-
Coord C1 exon
chr4:151165589-151165696
Coord A exon
chr4:151159353-151165588
Coord C2 exon
chr4:151159240-151159352
Length
6236 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGC
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
ATTACTGCTACTTTTTCCAGGTT
3' ss Score
8.05
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCCTTTCAGCTCCCTGCAAAAACAGAACCAATAAAAGAACGAGCAGTTCAACCAGCACCCACCAGGAAGCCCACTGTAATTCGAATTCCAGCCAAACCAGGAAAAT
Seq A exon
GTAAGCACTTCTCTGCTTTCTTTATTAGCTTCTTCAAGAGGCTGGGAGAAATATATGCTAATTTATCAATGTCTGCTTTTGAAATTATGTATAATCTGCCATTCATAGTCAAAGCTATTTAAAAGCAAATTGTTTTTTCACAATTCTTCGAAGAATTAGTTCAGTAAATTTGGATTTCCCTTTCCCCTTCGCTTCCCTTTCCCTTTCCCCTTCGCTTCCCTTTCCCTTCCCTTCCTTTTCCTCTTTTTTTTGGGAGTCACGCTCTCTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCACCCTCTGCCTCCCGGATTCAAGCAATTCTCCTGTCTTAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACACGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCACATTGGTCAGGCTGGGGATTTCATTTTTCTTTAATGTTGTCTTTAGACAGAGAATAGAGGGAAACTGAAATTTAGAACAATTGTTATATCCCATGTTAACACCTCTGGTACAGATTTGGTGGGAAAGTAATCTAAACTAATAGCAAATAAAGGTGTATATGTCTATCAGTCAGGAGTATATTATTGCAATCAGCATAATCTCAAATATGGCTATGTGTGAATTCGGTGAAGAGCAGTAACCAAAGCTTTAAATAATAGTTTATAAAAATACTTCTTAAATTGGCCAGGTGCAGTGGTTGATGCCGGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAAGAGATCAGGACTATCCTGGCCAACATGGTGAAACTCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGCTGCGCGCCTGTAGTCCCAACTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCATTACAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTAGTGTAACGTTACATTTTGGTTTACTTCCTTACTTGATTTTTTCCTTACTTGATTTTTTAATAGTATAACAAATGAAATTCTATAGGAGCTTTAATAAGTACTTCAAAAAGAAATCTGATATTTATTATAATGGGAAAGCCACAAGGGCCAGAATTATTTATTTTAGGCACCAGATTATTAAAAACTGTGATTAAAAGGGTGTTTGTGTATGTGTACACACACACACAGTGGGTTCCAGAGCAGTTCATGGCACTGCTTGGAGTGATCACACAGCTTTCTCTGCGGGCATCTGATTTCATTTATGCCTGCAATGCCTTTATATCATAGCCCGCATGCATTCTTTCCTTTGTCTAACAAGAGATTCTGCCCACTTCATTCCTCCTAAAGCAGAACAAGCATTCCACTCTTTCACCTGTAGCACCCAGGATTGTATGCAGGCATATTCCCTTTATTTTAGGAGTTTGGTTTCTCTATAAAGCACTACCCAGAAGGATCATCTTGGTTTCAGTTTTTTGATGATTCTGTTACTAACTGATGGCTCTCAGCCAAGTAGCAAGAAAATTGAATTGAGTTGCTATGAAGAATGTGGAGGAGAAAAAAATCTAAGGTATCAAATTCTGGTTCTAGTTTCTTAGGAAGTTATATTTTATTTTTTTAGAGGTAATATTTTAATGTTAGATTTAAAAACCAGTGGTAGGCCAGCCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCTGCACTTTGGGAAGCTGAGGTGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTATCAAAAATACAAAAAAGTTAGCCAAGCATGGTGGCACACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTAAGGCACAAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCGAAGATCATGCCGCTGCACTCCAACCTGGGCAATAGAATGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAACTGGCAGTATATTTCTTTTGACAATATTATATAGCCCACAAATCAGTAAAACGATAGCTCATTGGGTTGTTTGCCTGTTTGCTATTACTTTGTTAAATGTATTCTGGATTTTAACAAGTATAGTAACATATAATAATAAGAAATTTTGCCTGGGTTTTAAGTAATACAACTTTTACAGAAATTAGTAATAAATACAAATTTTTAAATTTATTCATCTGTTGTGTCATTGTCCCCAAGACCACCCCCAGGTTTGATGATTCACTAGGAGGACTCACAGGACTCAACAGATAGTTGTATGTATGGCTATTATTTATTATAGCAAAAGTATATGAGGCACAATCAGCAAAGAGAAAAGGCAAATGTGGTGAAGTCTGGAGGAAACCAGATGCAAGCTTCCAAGAGTCTTCTACTGGTGGAGTCAGAGGACATATGTAACTCCTCCAGCAATGAGTTGTGATGACAAGTGTGAAATGTCAACCAGAGAAGCTCACTACTGATTCAGTGCCCAGGGTTTTTATTGGGGGCTGGTCAGGTAGGCACTCCTAGAAATTTTGGCACTTACCAAAATTCCAGATTCCCAGAAGGAAAGCAGATGTTCAGCATAAACCATATATTCTGTTTTATCAGTTTTGAGGATGGCGAGAACTGTCCCAAAGTCCAAGTTCCTATATGCCAGTCAAAGACCAATCCTGTGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGCCTATAATTCCAGCACTTTGGGAGGCAGAGGCAAGTGGATCACGTGAGGTCAGGAGTTCAAGATCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCATCTCTACTAGAAATACAAAAATAAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCTTGGCTGATGCAGGAGAATCGCCTAAACCCAGGATTTGGAGGTTGTGTTGAGCTGAGATCACGCCATTGCCCTCCAGCTTGGGCAACAAGAGCGAAACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGACCAATCTTGTAAGTAGGACTTTCTAGGGATAAAGTTTCAGACCTGCTATGTTTACTTTTTCTGCACACTTGTAAACTGCATTAATAAGCTTTGAAATCCTGAAAAGGATATGCTGAGGAAGCAGCTTTAATTATTATCCTGACAAAGCTCCAAGAACTAGTAGAAAATTGAATTCTAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTTCTAAAAATATAAAAATTAGCCGGGCTGCAGCCATAAAAAAGAATGAGTTCATGTCCTTTGCAGGGACGTGGATGAAGCTGGAAGCCATCATTCTCAGCATGCTAACACAGGAACAGAACTAAACACTGCATGTTCTCACTCATAAGTGGGAGTTGAACAGTGAGAACACGTGGACACAGGGAGGAGAATATCACACACCGGGGCCTGTTGGGGAGTTGGGGGCAAGGGGAGGGAGAGCATTAGGACAAATACCTAATGCATGCGGGGCTTAAAACCTGGATGACGGGTTGATAGGTGAAGCAAACCATCATGGCACATATATACCTATATAACAAACTTGGGTGTTCAGCACATGTATCCCAGAACTTAAAGTAAAATTTTAAAAATATTCTTTTAAAAAATGAATACATAAAAATAAAGGCTCAATTAAAAAAAAAGAATTTAGCCAGGCATGGTGGCACACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAAAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGACGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACCACATTCCAGCCTGGGTGACAAAGCGAGACCTCATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTATGAATTGAACAGTGAGAACACTTTGGCCACAGGAGCACACCAACATGGCACATATATACATATGTAACAAACCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAGAACTTAAAGTATAATTAAAATATATATATATATATATATATGTATAAAAGACAAAAACAAAGTGAGGAGGACTTTCTGCTTTAAATGGCAGGTAATTTATACCCAAAGAGGGTATTTTAATTCATCATTAAGCTCCTCTTCAAAGAAAAAAAGTAAGTTGAATTCTATACTGCCAAATGTAGGAGAACTGAAATGACAGAATGATTTCTAGAGAGTTATTTCTATTTATACCAAAAATCAATTCCTCAGAATTTTATTAATATAATAATGCATATATTCTGTGGAGGAAAAAGAATGAAACTTTGGTGTCTGAAGAATTTGGAATGGTCAAGGGAAAAAGGGGATAGCTTCGTGGTGCAAATGTCCTTGATCTTATTTGAACCTGTCAGCTCCTTTCCCCGGGGCCTGTTTCTTCTGACCAGGTTGTCCTTTTCCCAGATGTCTGCAAGGCTCCCTCCCTCACCAATCCTTCAGGTCTTTGCTCATTGCCACTTTTTCTCAGAGACCTTCCCTGACTACATTATTTAAAATTGGAAATCTCCTACCTCCACATCCCACACATACTCACACCAGATACTCCCTGTGTTTCTCCTTCCAGTAAGCTATCTCCTTTCTACTTTCATATTACTGGCTTATACTCTTAAATATTTGTCACGACAGTATTATACTCTATATGATTAACTATTTCCTTGTAAGAATAAGGAAACCACAGCACAGAAAATATCTTCAAGATGGTGACTGAGTTGGATGTTTTTATTATATATGTCTTAATTCCCAGAGCCACTGCACGCCTCTCACTAAGAATGTTTGCCTCGCTCTAAATCATTGTTTTCCTAGTTGCTGGCCTGGGTATTTTCCTCCCTTTGAGAATGTTGTCCTGTCTGCGGATAAAACAGGAACCTGACAAATCATCTTCTTGTTATAGGTTTTTCACTTGAAATGGAAGAAGAGAGTGTACATTTGAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAAAGAGACAGAGTGCTCATCTGCTCATCTCCTTTTAATGTCTAAACCAAACAGTGTAAAAGGTGGCTTTAGCGTCCTTCAGTATGTTAC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Seq C2 exon
GTTTACATGAGGATCCACAAAGTCCACCTCCTCTCCCTGCTGAAAAACCTATTGGAAACACTTTCAGTACAGTATCTGGAAAGCTCAGTAATGTTGAGAGAACTAGAAACTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000109686:ENST00000409598:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains