HsaINT1044301 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146872 | TLK2
Description
tousled like kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11842]
Coordinates
chr17:62565001-62573367:+
Coord C1 exon
chr17:62565001-62565137
Coord A exon
chr17:62565138-62573214
Coord C2 exon
chr17:62573215-62573367
Length
8077 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
AACGTCTTTTATATCTCTAGGCA
3' ss Score
9.24
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTGGGCCACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCTTATCAA
Seq A exon
GTAAGTGAATTGTTATGATTAAATGGAGAATTGAAAAGTTCGTTTGCATTTTTTAGGTTTTCTGTAATTGTAGTCATTAATAATCCTACTATTGGTAGTCATCTTTTCAGTTAGTTTTTTAGTCACCACATGTGGAAAGAAATGTATCGAATGAGGTGAAGTCCTGAAAAAAAACGACACAAGTAAAATCAGGAGTACAAAATGAGTTCCAGAAAATAAATAAAGTATGAGTTCAGGCCAGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAGACCCTGTCTCTACTAGAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGAGAACTGATTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATGAGTTCTGCATTAAAACTTAAAAGAATCAGAATTGCTGAAGCTAAGGAAGAAAAACCTAGGGTTTGACTTTCTATCTTTCTAATTATATAATGAATTTTCATTAAGAGTCTATTGAGCATTTCTTCTGGATCCACAGAAAAATGAAATGTGAAAGGACCTGAGAAAGAATTTCCTGAGATAAGTTTAGGTATAAAGCAGAATAAAACCACTGAAGAACTTTATAGGACATGTTCCTGGGATTATTTAAGGAGACAGTGTCCAGTCATCAGAGAGTCACTTCCTGGAAGGCAGTGGTGACCAGCCCCACTGTGTGTGCCTGTGTGCAGCTTGGAATCTTGAACATTCATTGTCTTTGTCATAACTTTTGATTTGAAACATTCAGGTATTTATTCCAATGAGGGAATTAACATTTAAAATCCTCAAATTCCAACTGTGTGACTAGCTACCGTTAGCTTAGATCTTTAAATGTATATAGATATCTTCAGATTGCAGTACCTTTTGGTGAATCTTCTTTTTTTTTTTAATCTCTAGGTCATGATGAGTTGGAAGGGTCTATAGACTGCCTTTCTTTCCTGTGTTTTTTTGCTGAAATAGCTTGTTGAGTATGAATTGGAAAGCATGTGACTACTTTTGAGTAATAATGAAACAAATAAGAAACTTATGCCTGAAAGAAAATACAAATATTGATGCTATTTATAATATTTGTTAAAACTAACCTCTGAGTTAGACGTTAGTAGTCCTTGTTTTATGTGTGAAACATTAACCTCCAACTTAGATTAAGCGTGTTTTTGCTTCATGATTATTCCTCATGTGTGTATATTTTGGTGTGTGAAGAGGCTTTCAAGTCAAAGAATACCTTGGAAGGAAAGCACAGACTTTTCTTAGGCCGGCACCAGACATTCAGAGCAGCATTCACTCTGTGCTCTTAAGCATAGGTGGCTGGTGATAGCAGAGGTATCAGGGCAGTGTAAACAGCAGTTACATGGAGGTATGATACCTGTTTATAACATCCTGGCCAAGACATGCAAGTTGTCCTGGAAGTGACATACCATCCAGTTTCCAGATTTGTTAAAATGGAATCAGAAGAAGATAAAACTTAAGATCCACATAGTGGCCAAAGCCACCTAATGCTTACACTGACTTCTAGTAGTGGTAGTCACTCTGAGCAGCCCTGTCAATGGCTACTATTTAGATAGCAGTCTTTTTAGACTTTGATTCAGGAAAGATGGTGAGTTTGTATAGAGATGTAATTAGTTTTAAGAAGTGCTTTTGGCCGGGCACAGTGGCTCTTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAAGCGGGTGGATCAGTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGATGAAACCCTGTCTCTACAAAATATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCACACACCTGTGGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATGACTTGAGCCCAGGAGGCAGAGGTGAGTCATGCAGTGAGCCGAGAATTGTACCACTGTCCTCCAGCCTGGGCGACAGAGCCAGACCCTGTCTCATAACAAAACAAAACAAAAAGAAGTGGTTAAACTTACTGCTTATAGTAGCAATATTTTATCTCTTACTCTAAAAGCAGCTTGATGCCCACGAGGGTCTGGAAATCTGTATGGTAGAGTACAAAATGATGACTTTGCTATAGAGCCACCAGATCAGAGGAAGTGAGACTATGTAAATGAAATCCCTAAGTAGGACTCTTCACTGTAGGTGGATAGCACTGTTTTACCATTTTAAGTCATATAAATGGCCAGAAATCTGTGTCTTCTCTTGGGAAGATGTTTCTGGCTGATGTCTATTAATTATAGGTATTTTAGTTCCTGAAATTTTGCTTTAATAAATTAATTTCCTTCAGTATAGAAATTGAAATTCTCTAGTTGTAAAAGGCTATATCTAATAGCCTCAGAGGTCACAATTCTGCACATGAGAAACTCCAAGACATGTGAAGTAATTTGGTGGGTGAAGTAGCTGAACACTAACAACACTACTAGGTTTTATGGGAAGAGACAAACCTAAAGGCATTTAAAAAATGAATCAGATAATCAAATATAGCCTCAATAGGACCCTTAGCACCATTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTATTTTTGTTCACTGGTTCTTTTTTTGAGTGATCTTTAATTTCCTAAAACAGAAGATTCATTGTCTAATAGGAAAATTATATCAGATTTGTAATATTTTTTGGCCAGTTTAGTAATTTTTGCTTTCCACAGTATGTTTGAATCTTTTGAAAAAGTAGCTTATTTTATAGTTCTGAGAAAGTAATGTTAAATACTAAATGTTAATGTTATTCAGTATATCACTTTTTGTTTAAAGAAGTCTCAAACAGTCCATGGCAAGGCAATAAAAATTCTTTACTAAGATTTTGTTTATGTTGAAGTAAACAAAATTAAAGTAATGGGATTTGGCCAGATGTGGTGGCTCCCACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGATGGGCAGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAAAATGATGAAACCCTGTCTTTACTAAAAATACAAAAATTAGTTGGGCATGGTGACACACGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGCAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACATGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCCAGGCTGGGTGACAGAGCGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAATGGGATTTGACCTGTGTACAAAATTGTGATCATTTAAGATGCATATAACTAGAGGAAGAAATTAAAGTTTACAGCATTGTAATGCTAGTCCAGGTATTTATTCTGAAGTGTAACAAGTTCCAGTATCCATTTCATTTATTTTATTTTGAGACGGAGCCTCACTCTATTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGAGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTCAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACTATGCCTGATGAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCCACCTTGTCCTCCCAACCAGTATCCGTTTTAAAGCAATTTACGTCAAACCATCTGATTCTCAGTCATATGATTCACTCATTTTGTTGATTTTATAAACATTAGATCTTCTTTAGGTATCGTATACCATTTCACAGCTCCCAGTTTATACAGAATATATTCAATCCTGGGAATCTTTAAAAATCTCATCTGGGCTGGTTGTGGTGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCAGTTTGGGAGGTCGAGGTGGGTGCATATCCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCTTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGTGCACCTATAGTCCCAGCTACCCAGGAGGCTGAGACAGAATTGCTTGAACCTGGGAGATGGAAGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTTCGTCTCCAAAAAAAAAAAACAACCCATCTGGGATATTGACATGTTGTTTGAAGTTTTGAAGTTTCAGACCTCTCAGAGATGAAATAGATAACAGATTATTTAAAATAATTTTGTTTAAATAATGACTGGAAATACGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTGTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCCCTGCCCCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACACACCACCACTCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGAGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTAAGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCACATTTTTTAAAATACCTTTACTACTAGTTACTTCTTGTATGGTTGAAGTGTAAAATGTAGTTTTGCTGCTGAAGGTACCCGCATTTCAGTTCCTGGGATGCTGTAACAAATACCATAAACTGGGTAGTTTAAAGTAACAGAAATGTATTCTCTCACACTTCAGGAGTCTGAAAGTCTGAAATCAAGGTGGGGCAGGACCATACTTCCTCAAACCTTTAGGGAACATCTTTCTTTGCCTCTTCAGCAGTGTGGCAGCCCCAGGTGTTGGGCTTGCGGCAGCATAACTCCATTCTCTGTCTCCTCTTCACATGGTGCTCTCCCTGTGCGTCTCTGTGTCTTCTCTTCTCATAAGGATACCGGTCATATTGGATTAAGGTCCTATCATGTCCAGTATGACCTCATCTTCACTAGTAATATCTTTATTCACCCTATTTCCAAATAAGGTCATATCCTGAGGTACTAACGACTTTAACACATCTTTTGGGGGACACAACCCATAATGGTGCAGAAGATTGATTGTCTTGTTTCTCTTTTGCAGGCAGTGGCTTGGTAAATAGAGTTATTTAGATTTGAATGAGATGGATTTATTGGGTCCTCAATACTTCTGTAAAATATAGAAGAAATAGCCTCTTGCTATGGGTGATGAAGGGCGAGCGCTCTCTAAAATTGATGCTATACAAGAAATATTTAAGGATCAACTCTGTGAAAGGCACTGTTAATGCATGCTGGGGGATATACGGATTGCTAAGACACGATTCCTGTTCTGTGAGAAGTTACAGTTTGACATAATCCAGCCTTTGTACTCCCAAAATAAATCTAAATGAAGTACCACTGATAGACTCTCTTTATTCTTTTCTTCTTCAATAGCTAAACAGTTTCAGGAACATCAAGAATTGATATGGGAATCCTTAAAATACGTAACATTGATCTTTGGTGCATCAGCTTTCATGTTCAAACTTTCGTTCTCAGAATGTGCAGTTTAGGATTTCCCTAAAGGTGTTTTGGAATCTGTGTCCCTTGTGTTATGGTTTATATATATTATGGCTGTGGGGAGCATTTCTTGGTGAATCTGAAGAGATTAAACATATGAATTGTCCTTGAAAATAATAGATTATTTTCATGTTTGATGAAGGTGATTGCTAAAATCTCAATTTTGCAAAACACTGTTAATCTTCAAAGACAAAATGTTGTGGCACTCCACTAAGCTACTCTAGTTTATAGTTTAAACTGTATATTGTATGTTTATCTGTAGGGAGTTCAGAGTGTCTTACATTCATGGCCCCTGAAAAGGGTAGAAATGAGCTAAAGATGTTTACTAGTTTTTTAATTGGGAAATTCATGTTCAGTTAAGGTAAATGTTTTCTCCAGAATAAAGATTGTGATTTTTTACTTAAGGATTCTGTGTCTCAACCCAGATTTCTTTCAAGCCATGAATTATATATATAGTTGTCCCTTGTGGGGAATTGGTTCCAGGACCTTCCTCAGATACCAAAATCCATGGATGCTCAAGTCCCTGATATAAAATCTGTAGTATTTGCACATAGCCTATGCATATCCTCCCATATACTTTAAATCACCTCTGGATTACCTATAATACCTAATAAATGTAAATGCTATGTAAATAATTGTCATACTATATTGTTTATGGAATAATAAGGAAAAAAGTTTGTACATATTCAGTATAGATGCAGCCATCTTTTTTTTTTCGTGTATTTTCAATCTGCAGTTGGTTGAATCCATGGATATGGAGAGCCATCCTTATATGTGTTCTGTGAGTAGGGATGAGGAGGTCTAGCTAATAATCAAAAAGAATTTTCAGGCAAACAGAAAACTCTTGAATTATCATTTTCATTTTGCTGTTCGATTGATGTCTAATCAGTGACCTGGCTCATCTTGAAGCCAAGGGCATAGTATTATCAAGTGACTGGCTGTTTCTTTGTAATACTCTGATTAGGTTAATTTTGCATACAGCATTGCCCTTCTAGATATGTTCGAATAAACTGTATTGTGGGTATCTACCTTAGAGTAATCTTGGTTTTCTGCTTGTCGTTCTTCCACGAAAGATACTGTACTGAATCTGGAAAAGATCTGACAGCAATGTTCAGGGAAGAGGGTAGAGCAACTTCCATTTGAGTGTAGGTTTTAAAAAATTAGATTTTGCCGGGCACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACTTGAAGTCAAGAGTTTGAGACCAGCCTAGCCAACATGATGAAACCCTGTCTCTACTAAAACAATACAAAAATTAACTGGGCATGGTGGCGCACACCTGTAATCCCAGCTATTAGGGAGGCTGAGGCACGAGAATCACTTGAACTTGGGAGACAGAGCTTGCAGTGAGCTGAGAGCTGAGATCGTGCCACTGCATCCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGGCTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTTATTATTCCACAAAAATGAAGGTTGGTTCCACAAAAGAGAATGTGTGGAAAAGCACAGTAGAGGAAGAAGGAGAAGGGAGCTATCATTTGATTGTCAATTATAGTGGGTGACTTAAAGACTAACCTGTTAGATGGTTAATCTCCAATTTTGTATGTTTTTATATACCAAGTCTGTAAACCTTAATATCTGTTAGGTGGTAGGATACATGAGAGAAAGTGTTTTTTTTTTTTACAATGGAGTTTTTATTGGTCCCTAATTTGTAAACTAGTTAATCACAGAAAAATGTGACATCTTATTAGGAAATACTCTAATGGTAATGGTGTTAGATTAACTGCAGTTGTAAAATATGTTTTATACTAATTCATTTTGTATACTATTCCCTAAGGAGTTCTTACTAGTTGGAAGACTTCGTTGTGCTTTCTCCAAATGTATTTTTCTTTTAAAAACTTAATCTAGGTGTCACTGTATCAGTGGGCGGGGTTGACGTGTAGAGTAGTAATGGCTCCCTTAGACTAGAATAAAGGATAGGTCTAAAAAGAAAATCTTGTTTACTTTCTTTAGCATCCTACAAACTTGGTATCTTTTTACGTAAAACTGAGAAGCTTTCATCCAAAGAAAAATAAAATAGAACTTGGAACTTTTTACAACTTTTAAAATACGATTTACTTTTAATGGGTTCAGATCAGAGAATTGTTTCCTTAGCTGTTAAAAAGGAATCAGAAAATTGTTCCTTCTGAGTCAGAAAATAAGGTCACAATAGAAATTTGATATGTTCCTTCCTGTCCACTCTGAAAATAGTAATAACTAGTGTCTTAAAGCACAGACTCATTCCCAGAAAACATCTATCACCAATTATTTGGCCCTTCCAATCTGAAGTTAAAATCAAATCTCTACTTGACTTAAAGGGGCTTATTTTTTCTGAAATTGGATACACAAGTGACAAATTGTGTGTGTTCCATAGCTGTGGTAAAACTTTTGACTTTCTTTCTTTGTACAACGTCTTTTATATCTCTAG
Seq C2 exon
GCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGAAACCTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCTGAAAATGAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146872:ENST00000346027:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.440 A=NA C2=0.962
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains