HsaINT1044651 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000153802 | TMPRSS11D
Description
transmembrane protease, serine 11D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24059]
Coordinates
chr4:67842558-67854186:-
Coord C1 exon
chr4:67854068-67854186
Coord A exon
chr4:67842626-67854067
Coord C2 exon
chr4:67842558-67842625
Length
11442 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CCCTCTCTTTCTTTCTACAGATT
3' ss Score
12.95
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAAAAATCTTACTTTTATAGGAGCAGTTTTCAACTCCTAAATGTTGAATATAATAGTCAGTTAAATTCACCAGCTACACAGGAATACAGGACTTTGAGTGGAAGAATTGAATCTCTG
Seq A exon
GTAAGTTAATATTTGTCTTTGCTCTTTATTCCATTATAAAATGAATATGATAATAAACCTAATGTTTTGTAATATATTTTCAGTTGCTAAGTGCTCTACATATTTTCCTTCCTTGAATGGTGAAACATGTGTTTCTCTCTGCTTTTATCCAGTTAGTTTACTCATATACTGGTTCTTATTCACATCTTTGTCATGAGTAAAAAGTGTTAGAAAGGCCACGAGTAAATATGCATTTTATTTGTTTATGAATTCAAATACTAAAAGTTTTTTATTTGTTTAATTAAGCATTGACATTGTCTTTTTAAATTCTTTTCATTTTACCTTCTTCCCTCTTCCTTATCCAACTAAAGACGCAAAGCAGGAGGTGTTAAAAAACAGGTTTACCATATCAGCAGTAACATAGTTTGGACAACATTACACTTTGGTTCAATGATAGACATAGAAGTTTGAACAGAAATATGCAAAGCAAGTTTGAGCTCTAACTTGAAGAGAGCCTCTGGGTGCCTGCCAGGAAACCTCACGAGTGGACCCTTAACATTCATGTGTCACCACAAACTAGGGGCTGCCCTTTAGTTTTGACCAGTCTCAGTGTCACTCACTTACCCTTACCTTTTCAAAAAAAAGTCCTAAGAATATAAAGTAATTCAATGGTTCTACAATTTTAGCATGTAACTGAGTCACCTGGCAGGGTTGCTTTGGTGAGCTCAAGATAAAATTTTATCAGCATTTCTACATTTTCTGGAATATTCCTTAATCCAGGCTTTTAATCCCTTGGTGCTTTTCTGAACCACTGCAATGAGCTTCTAACTGTTCTCACTGTGTGCAGGCTCTTTTCCTTCTAATCTAATTTACACACTTCTGAACACAAATCTCTCACAGCCTGTTTCCTTCATGTTACCTCCAGCTCAAGACTTTTTGCCTACAAAATAAAATTCAAACTTGTTAGCTAAGCACCTTCTCATGTCTATGCTTTGGCTCATATTTCAGCCATCGTGTGCCCCACTTATTCTTATAGCCAACCTGAAAAGCCATCTTTTATAAGAAACTACCTCTGCTCTCCATGATTGGATATAATTAATCCTCCTTCCACATCACCTCGCCACAAAATTGTATCTGTGTTGATCTCATGCCACATACCTGTATGTATTTTATATTATAAATATTTGCAGACTTGTTTAATTTGCCATGTTAGACTAAGTTCCATGAAGACAGCTCCATATCCATTCCATTTTTATATATCCACAACATTTGGTCGGGTTGATGCTTAATAAATGTTTATTGAAGGAACAGGAGTCTCCCACTTCTGACATAATGAACTTATTTCCCCCAGTGTTAACCCTACATCTGGTTCCTGTCCAAGAGTCTCTTCCCAAATCATTCTGATTCAACTGTTCATTCTGATCTCATTAAACATTTAAATGATATATCTAACTTCGCTTGCTTTATTCTATGCTCATCCTGCAGTCTCCTCATAACTTGGTTTCAATGATGCTTGCTTCTAGAGAAAAAAATGTATTAAATAAGCTTATGATTCAGTCCTCCAGCTGTGATGGTTCTCACTGAACATTAGCTCAGTGGTTTTCGAAGTATGGTCTCTAGCATAACCTAGAAACTTGTTAGAAATGCAAATTCTTGGGCTCACCAAGACATACTAAATCAAAAATTCTGACATTGGGGCCTAGAAATCTGTGTTTTAACAAGCCTGCCAGTGCAGCCTGGTCCCTTTTCTTCTCGGAGCCCCACTCAAAGCTTTCAGTGCTCATCTCCCACCAATGACAGGGTCCTCTATGGAAACCGGCAGGACGGTTTCCAACTCTAACTACGTTTTAGAGTTTGCTTCCTAGGGCTATCCAGGCACCAAGTATCACAGGTTAGTTTCCCAGGGAAGCAGACTCTGAGACTTGCATGCAGGGAGTGTCTCTGGGGTGCTCTCAACCAACACCTTCAGGAAGAGAAGGAAGCAGCATTGGGCAGAGGCATAGTCAAACTACAGTGCTGTTGGCACAGAAGACTGAAGGGAGTCAGAGCCAGGGGGTAGAGGTGGGCCCTTAGCATCCATCCTTCACCATTAGGTGTGAGTTGCCCCACCTCCTTGATGGTGTAACCTCAGTCCCAAGGTGGGTGGGAGTGCAGCAGAGCAGCCCCTACAAGGGCCAAACCAGAGATACACCAGGCGCCAGAAGTGCTGCCAGGGAATAGAGAGGAAAGGATGGGCTTAAGGTAGGATCCACAGAACTTGGCAATGGATTAGAAGACAGGATGAGAAGTGACAGGTTAACACTAACACAGAAATGTCTAACTTCGGTAGATAATGGTGCCATTGGCTAGAAGAGGAAACCGAAATGAAAGCAGGTTGTTCAGGGAGACAAAAGTTCACTGTGGACATCTCAGCAGAGTGATTCAGTGGGGAAAGGAATGGATGCCCAGACCACCTCAGAGGAAGATCTAAGCTGGAGCCAGCAATAAAGATACAAGATGAACAATCCCTAACGAACTGCTCCTCAGCCATGCTCCCCAGACACGCTGCTTCAGATTTATAGTCCGGGTGAGGCTAGGAGGTGCGCCTCCCTCAGTGGAGGACAGCAAAGCACCAGTGGCTCCAGGGAGTTAAAATCTTTTGATAATTTTTGTTCTAGCATCTGTCTGCAGAGCTGTCTCTCAGCCATTGCCTGCCTTTACACAGGAGTGCAGTCCGAAATTGGGAGATGAGTGAAATTTATTATGCCTAGAGATCTGGATCCCCAGTTGTTTGGGAGTATATTTTCTGAACCACTTGTTGGTTTAAGTAATGCAGATTTATTGATGCCACTTCTCTTGAATCTGTGACTCTGGACCCACCATCTAAGTGAATGTGCAGAGGGAACGGAATGGCTGCAATAGATCTCCATTAAAACCAGTGCATCCTCCCAGACACATACAGTAGTAGGGAGGTGAGTCAATGTCAGGACAGCACCAGCTCCCGCTTCGGTACATTTCCAAAGTTCTCAGTCTGTGTACAAAGGTTTGCTCTGGGGCAGCAGAAATAGCCCTGGGCAGGTAGTCAAAGGCCTGGTTTGATTTCCTCCACTTCCAGGCAAGTCACTCGAAGGCTCACAGGCTTTTTCCTCACCTGCCACATGGGTCCAGTGAGATCTACTGAGCTGTAAATAATGAAATGAGTGTGTGTGCAGTCATCTATAAGTTGTAAAGTACTAGAAAATGGTGAAACTTTGGGATTTGGGCTATTTAAGGCTGAATGCTAAAAATGTCAGGCATTGTGGAGAAAGGAATTTAAATATAAGATTGATTGACTGGGATTTAAAGACAAATGAAGGCACACACGCAAGTGCACACCCACACTGACACTGCACAGCTCCCGTTGGAGGCATATCCTGACCATGCAGACCTGGGGCTCTGCCTGTCCAAGTGCACTCCTTTACTACATAAACCCTCCTTCTCTTTTGGGGCTGTCACCCCACCAGAGCTGGCACCGAGCCCTTGCTGCTGCGCTTCCCTGGGGTGTCAGCTTTTGACAGGGTGTTTCCTCCCTCTGCAGGAGCCTTAACATCCCTTGGACTTCCTTCCCCCCACCCACCCCCAGCAGTTTTATCTCTTCCTAACTCGGGACCCTTTTTTTCCCACACAAAGTTTATTGTCAGTTGCTGGTTTCATCTGTTTGAGCGGCTGCAACAAAATACCATAGACTGGGTGGCATATGCACGACAAAAATTTATTTCTCACAGGAGAAGTCAAAGATTAATGCACCAGCAGATCTGGTGTCTGAGGGGCCACCTTCTGGTTTGTAGATGATGCTTTCTAGTTAAAACACCTATTTAACACACTATTAAACACTAAGTGTGTTAAATAGTGCAGTTGATGTATTTGTCATGTCACCTTTATCATACACTAAATCCTTCTTTGTCTTTTTTTCTGTACTCTAATCTCTTTCTGTAAGTAATCTTTGCTTGCAGCAGTAGGATATTTAGAGTACTGTGGCTTGACAATATATTTAGTATTTCAAGATTTCCATGAAATTCTTCTGATGTATGAGTTCCCTAGTTAATCTTACATATGTATCCCTTTGTAAAAACACTTTGAACATTTAAAATGATACATGAATAGTACTCTAATACAATGCCATAAAAATTATAAATCATTTGTATAGACTGGTAAGTAAAGATTGTGAGATTAAGAAACGCATCAAAGGCCATTGAGCTGGAAAGTGGTATAATGAGAATTCAAACCAGGGTCTCTTGACTCAAAATCTAAGGATCATACCATTTCTCATGATAATATGAGTATTATTGTTATCTCTATCCCATAGACAAAGTGTTAACACTGAATGAGCAGTGAAATAGTCTCAGAATTTTTTATTTTATTTAGCAATTCACTTGTCATTTCTGGTCCTCAGTTTATTCACGAGTAAAATAAAATAGTTGGACTAGATAATTTCTATAGTACATTCTTACACAAAAAATCTATGATTTTGTTATTTTTAATGTGATATACTCATGGCACTCATTCACCTCATTTTCCCAGCCTGCCTCACTGGTCATTACTTCTCTGTGTTCTTTACAGGCTCCCCCTCCTCTACACTGCCATTAAATATTGAAACACCTCAAAGCTTTACTTATGTCCACCTCTCCTCTGACACTATCATTCTGTCTAGATGATCCCATACATACATGCCCATTACTTCAACCTGTATTTATACGCCAATGATTCACTATATTTCCAGCCTAGACATTCTTTTGTACTCTAGTTACCAGCTTGATATCCTTACATGGCTGTTTCAAAACAACTCAAATATATTATCTCTCAAAATCAAACTCATGATGTCCCCACACCATCCTAGCTTTCCACCAACAATACCTATCCCTATTAATAGCAATACCATTTATTCAGTTATCCAAATCAAAAACCTAGAATTCATCCTTAAAATTCTACTATCATTCCAAATATCCTATCCATCAGCAGCCACTGTATTCTTAATCCCCTGTATTTCCTTCAAATCCATTCACCTCTCTCCATATCCATTGCTGCATGACTATCCAAGCCATCGCCTCTACCCTAGGGTACCAAAATAGCAACAAACCTAATCTGTTCATTTGCATTATTTTTTCTCCAAAACTGATTATCTATATGTAGCAAGACAGATTGTTCTCAAATTGCAAATCCCACTATATTATCCTCTTGCTTCAAACACTTCCATGGTTTCCCATTGTTTATGATAAAACCAAATGCTTCAAGTTCGAAGACCGGCATGATTGGGAATTTCCTGTCACCCTAGCCTACTTGCTCTCCATGGTACAGTTGCACTGGCTTTCTTTCATTCCTTAAGTACAACCTGTTTCCTCCCACCTCAGGACTGTGCATGTGCCATTCATTCTGCTGAGGAGCCTTTTTCCTTCCACTTCAATCAGCTAAGTCTGATTCTTCCTGACAATCTCAGCTCAATAAGCATTTCCTCTAAGAAATGTCTCTAATATCATTAATTGGCTCAGGTCCCTCTACTGTATTGCTGCACTTTTCACAGTTATAATTTTACTTAATTATGAATGATTATTTGATTAGGTCTATTTCCATCCATTAGACATAAGCTTCATGATGGCCAGATTACTGTTTTCTATCCATCGTTGTATTCCAATACCTGACAGAAGGAGGGCGGGAGGTGGTGGCACACAAGAGATGCTCAAAAACAATTGTTGAATAAGTAAATGAATGAGGCCATTTAGAAATAACGAAAGTACCTGTTTACAAAGTACATGTATCAAAACTATGAATGCATTCTACTTACATGGTTTTCTCCAAATAAAACAAAAGACTTCAATCAGGATTAATACCTGGGATAAACTGAGTCATTAAATCTCTCCTTTGCCATCAGGAGTGACATTGAAACAAATGTCTGCAAACAACAAATACTTTTTTCCCAAAATATATTGAATGGCATTTCCATAAACAAACTAGAACATGGGAGGAGAAAGAAAGCAATATTAATTTAAAATTAATCTTATCACATAACTTATACCATCAGGGATTTCGGGTAAAATTCCTTTCAGGCACATCCATTTAACAAGAATTGATTGTTACTGAAAGCCTAGAAGAGAATTTGGCACATACTTGGTGTTCAAATATTTGTTGACTGAGTGAATAAATGATGCAAGTGTCTAAGAAACACAAAATAAGGACATGATTACAGTCACGGTGGAGTTCACAGTCATCTCCAAAATGAGGATATGCATCCCAGGGAGGACCAACAATTCATTGGAGTGCTGAAATAAAATACTCAAAGGTCATTTTACATGTATTTTTTCTCTAAATTACTTTTCTTAAGACACAGAAAACAAAAAAAGAAACTTAGCTTTGTTACTTTCTAACAAATAGTTAAATCATTAAACAGGATTGACACTAGCATCCTTGTTTGGTCTTATGCCTTAGGGGAACATGAAATGTGTGAAGACATTCTGAGATCTGAGGGAAGGGTAGACAGTAATACAGTGGGACTGACCAGGCTTCAGCACACCTTTACCTCCTCTCAGCAGATTTCAGTGATGAGCAGTTTACAACTAGATTGAAAGATTATATTATCTAGTTCTAAAAGAAAACTAAGCCTCCCAAAAGCAACAAGGGAACTGAGAGGAATCCTGCAAAACAAAAACAAATTTTAAAACTTGCACTTTGTAATAACCCTAATATGTAATCACAGTAATGAACAGTAAGATAATGACAGAACTGACATATTTCCTTATCTATTAAAGCCATATTAACAGGTAAAGCAATGCCAGTCAGTGGTACACTTCTTAGAAGATATTTAATACATACTAGACACATACACACACACAACATTTTCCTTCAAGGTGTATGTATCAGAAAATCACTTTTTAAGGCCGGATGCAGTGGCTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGACGTGGGCGGATCATCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGCCCAACATGGCGAAACCCCATCTCTACAAAAATACAAAAATTAGCCAGGGATGATGGTGGATGCTTGTAGTCCCAGCTACTCAAGAGGCAGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATCACTTTTTAGATAAAATTCATGCTATAGAGAGAAGACTATGAAAATATGTTTAGCAATGTGTCCATCATTAGGTGATTGAGTTTCCTTTTGTTTTGTTTTACTGAAAATCATATAAAGTATGTTATCTGTAAAAGTTCTCTGACATGCACACATAAAAATTTGGGAGAAAAGATTAACTATAATGTTTAATAGATTTTGTACACATTTCTTTAAAAATATATAAAACACAACACCTTTCAATTGGTTTGCAAGAATAACCAATTGACATCATGGAAAATGGAAATTCACTTGCTGAATTTTAACAAAAATTTGCATGATGAGTGAGACTGACAACTTAGTGTCATGATTTAATGAATTATGCCAATGGTAAACTTCATGCACATGGGGCCAGGTAATTATGTGGAAACTTTTTCAATGCTTAAAGCCAAGTATTGAAATTAAACTTAGAATCAGACCTTTGAACCATTTTATGACAATGTTCAAAAATTATAAATTCTATCCACTTATATTATAATATTAAAAATATCATTACAAAAAAAACCTGTGTTTATTTTATAACTCAGCCTTTTTAATTTCTAATTTCATAAATATATTATAATGGATATTGTTAGTAATGTAGTATTATTACATGTATATAATTTATAAGTAAATATACATGTTTTGGCTACTCATGCATAAAATGTTTCACCCATAGGAGCACATAATCAGAAATGTCTGGAGACCATTATAGTAATAGATAGATCATATTGCCACATATTTTATCTCCTCCTTGACAACTGAGCTTTCCAGATCTTCTGGTGAAACGAAAGAGAAAGTTGTAACAGAAGAGTGATTAAAATGACAAAAGCATTACTTCTATTACTTCTATTCTAATAATATGAGCAAAGCTATAACTATCAAGTAATAATGCACTAAAGAAGGTGATTAATCTGATATATTCACAGGCAACTAATAAGACCTTTCTATTGCAGCCATGAAAAATATGTGACAATTATAGATATCCTGTGTGCAGTGTTTCAACCTTTATGTGACCTGTTCTACTAACAGATTTAGTGATGTTCACTTTGTTAGAATTTTCTTACACATGCCATAACTTGCTTCAGTCTTTTGATTATGAATATTATGGATATTAAGGATTCTAGACTATTCTAGATTTAAAAAATAATATTGTCACCTCAATCAGAAGGGAAATATTAAATAGTTCTCATTTTTTCAATGTTTACTCAGTTTTTGTCCAATGTAATGAAAGTGTCAGCAGTACAGGTTACAAAATAAAATGTGTATTAAAGTAAACTCATTTGAACAGGTTAATAATTGTAGAGGGAGGGAAAAGGCTAAAAGATTGAATGTAAAACTTATGAAAAGTAGATACATCGTCTCTATGATTTGCAGTAGTCAACTGCATACAGATGAATCATTTTAATACACGTTAACTACTTTCCTTTTACAGATGGAGAAACTGAGAGGAAGAAAGTTTATATGGTTCATTAAACTTTGTGATGCAAGCTAAACTAACCTGTCTCTGTATTTTCCATCTACTGCCCTTATCACTATCTCATTAGAATACTCTTCAAGCATCTCCTTACTGATTTTCTTACCAAGCATTTGTTAAGTTCTAATGAGAGTTGGTAGTAACATTTTCACCCACTCTGTGAAATATGAAATCTTATTCATAGGCCTCTTCTTTTATTCTTGTATTTGCATATCAACCAATTAATCAACTTGCTTTCTTTATGTTGCTTATTATCTTAGTCCTTACTAAATTGCCTCTTAATGTTGTCCACATAACAGAAATGTTAAGGTGGATACTTAACATTTTAGTCCAGTCTAGCCGGTGCCAGTGCAATGCCAAATCATGAATTAAAATATAATTACAAGAACCACTTATCAAATTTTAACAATTCCTTCAGCTTTGTGACAGTTTTTTCTACTTCGATTAAAGTCAAGTAAAATTAAAGTTAAATATTTTTATTAAAATATCTCCTTTAACATTCCATATTAATAAACATATTAAAGCTCATGCTTCTAAGTAGATTACTAGAAGTTACTTTATCGAATTACAGCAATGGTTAATTCTAGATCATAGAATTTAGAATGACTTTTTGCCTTCTTCTTTTTTTTCCTTTTTTTTAAACAGAGTCTTGCTCTGTTGTCCAGGCTGGAGTGTACTGGCGCGATCTTGACTCACTGCGACCTCTGCCCTGCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCCCAGCCTCTTAAGTAGTTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAGGAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACTTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTGACTTTTTGCTTTCTTCTTAATACTTACTAGTATTTCTTGAATTTTTAAAAAAGAAACATAAAGTACTTTGATAAAACCAACAGTCTCATTGTTCTTAAAATTGTTCAAAGGTTCTCTGGAAAAAAAAAAGAAAATTATCATTTGGTTAAGAATCATGTTGGTCTGACATCAATCATCCTATAGGAGTGAATATTGAAAAAGTAAGATATATTGTGGTATAATCGAGATTGCATAAATTTTACCATTTTTGAGAAGAATCTGCTCCAAATCCTGGCTTAATGTAATATCCAGCATGCTACTTAATTTTCTTGTCTTCACCTTTTCATATCCACATCCACCTAGGTGCCACCTCACAGTATAAGCCAGCATAATCCATTCTTCTCAATGAAACCACAATACATCTGACCCTGCATCTCAGGAGA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Seq C2 exon
ATTACTAAAACATTCAAAGAATCAAATTTAAGAAATCAGTTCATCAGAGCTCATGTTGCCAAACTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000153802:ENST00000283916:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139015=SEA=PU(34.5=95.0)
A:
NA
C2:
PF0139015=SEA=FE(20.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains