HsaINT1045169 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000221926 | TRIM16
Description
tripartite motif containing 16 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17241]
Coordinates
chr17:15651091-15677280:-
Coord C1 exon
chr17:15677176-15677280
Coord A exon
chr17:15651947-15677175
Coord C2 exon
chr17:15651091-15651946
Length
25229 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTAAGT
5' ss Score
10.16
3' ss Seq
GAATCTTCTGTCCTTTCCAGAGC
3' ss Score
9.66
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCAGGCACAGAGACACGTGGTCTTCAGCAGAGCCTATGGGGTTCAGATGATTCACATAAGAATAGAAGTTTCAGGGCTGGACCTGGGGAGGCAGCCTGAGCCTGAGCCGGCTGTCCTGAGCCTGAGTACTCTAGCTGCCTTGTCGTCATCGCATCTGGCTGCCATCCAGCGCCAGCACACAGTAATGAGTGGCCGAGCTTCCTCTGGGAGGGAGGAAACAGTTAAAATCTTGCAGCAGCTGCAATCATCTAGGCGTGGTTCTCTTGTCTGACTTGGGCTGCACAGATCCTGGGCCAAGGGACAGAAGAAAGACAGCCTAGGAGCAGAGCCTCCCAGATGGCTGAGTTGGATCTAATGGCTCCAGGGCCACTGCCCAGGGCCACTGCTCAGCCCCCAGCCCCTCTCAGCCCAGACTCTGGGTCACCCAGCCCAGATTCTGGGTCAGCCAGCCCAGTGGAAGAAGAGGACGTGGGCTCCTCGGAGAAGCTTGGCAGGGAGACGGAGGAACAGGACAGCGACTCTGCAGAGCAGGGGGATCCTGCTGGTGAGGGGAAAGAGGTCCTGTGTGACTTCTGCCTTGATGACACCAGAAGAGTGAAGGCAGTGAAGTCCTGTCTAACCTGCATGGTGAATTACTGTGAAGAGCACTTGCAGCCGCATCAGGTGAACATCAAACTGCAAAGCCACCTGCTGACCGAGCCAGTGAAGGACCACAACTGGCGATACTGCCCTGCCCACCACAGCCCACTGTCTGCCTTCTGCTGCCCTGATCAGCAGTGCATCTGCCAGGACTGTTGCCAGGAGCACAGTGGCCACACCATAGTCTCCCTGGATGCAGCCCGCAGGGACAAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000221926:ENST00000578237:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.434
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0064319=zf-B_box=WD(100=23.1)
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains