HsaINT1047184 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000066827 | ZFAT
Description
zinc finger and AT-hook domain containing [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19899]
Coordinates
chr8:134590268-134600668:-
Coord C1 exon
chr8:134600436-134600668
Coord A exon
chr8:134590356-134600435
Coord C2 exon
chr8:134590268-134590355
Length
10080 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TATGTTCTCTTTCTATTAAGGAC
3' ss Score
9.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000066827:ENST00000377838:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(53.6=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains