HsaINT1047419 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197937 | ZNF347
Description
zinc finger protein 347 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16447]
Coordinates
chr19:53134937-53148809:-
Coord C1 exon
chr19:53148681-53148809
Coord A exon
chr19:53142557-53148680
Coord C2 exon
chr19:53134937-53142556
Length
6124 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TGGATCTTTATATCTTGTAGCTC
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATCTCTTGTTTTGACCTCAGTATTATCTCTATGTTGGAGCAAGGGAAGGAGCCTTTCACTTTGGAGAGCCAAGTACAAATAGCAGGAAACCCAGATGGATGGGAATGGATCAAAGCTGTGATCACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCTCTCTTCCGAATTTGTAATGAAAGATTTACTACACAAAGGGAAGAGTAATACAGGAGAAGTATTCCAAACAGTGATGTTGGAAAGACAGGAAAGCCAAGACATTGAAGGATGTTCCTTCAGGGAAGTCCAGAAAAATACACATGGCCTTGAGTATCAATGCAGAGATGCTGAAGGAAATTACAAAGGAGTGCTTTTGACCCAAGAAGGCAATCTCACTCATGGAAGAGATGAACATGATAAAAGAGATGCAAGAAACAAGCTTATTAAAAATCAGCTTGGATTAAGCCTTCAGTCACATCTGCCTGAACTGCAGCTTTTTCAATATGAAGGGAAAATTTATGAATGTAATCAGGTTGAGAAGTCTTTCAACAATAATTCCTCAGTTTCACCACCTCAACAAATGCCTTATAATGTCAAAACCCACATTTCTAAGAAATATCTCAAAGATTTTATCTCTTCTTTATTACTCACACAGGGGCAAAAAGCAAATAATTGGGGAAGCCCTTACAAATCTAATGGATGTGGCATGGTCTTTCCTCAAAATTCACACCTTGCAAGTCATCAGAGAAGTCATACTAAAGAGAAACCTTACAAATGTTATGAGTGTGGCAAAGCCTTTAGAACACGTTCAAACCTAACTACCCATCAGGTGATCCATACTGGCGAAAAACGTTACAAATGTAATGAGTGTGGTAAGGTCTTTAGTCGAAATTCACAACTCTCACAACATCAGAAAATTCACACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTAACGAATGTGGCAAGGTCTTCACTCAGAATTCACACCTTGTAAGACATCGAGGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGAGCTCGTTCAAGCTTAGCTATCCATCAGGCAACCCACAGTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTCACTCAAAATTCACACCTTACAAATCACTGGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGCGGCAAAGCCTTTGGTGTTCGTTCAAGCCTAGCTATTCATCTGGTAATTCACACCGGAGAAAAGCCTTACAAATGTCATGAATGCGGCAAGGTCTTTAGGCGTAATTCACACCTTGCAAGGCATCAGCTAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAGTGTAATGAGTGTGGCAAAGCCTTTAGAGCACATTCAAACCTAACTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAGAAAAGCCTTACAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTCACTCAAAATTCACACCTTGCAAATCATCAAAGAATTCATACTGGAGTGAAGCCTTATATGTGTAATGAGTGCGGCAAAGCCTTCAGTGTGTATTCAAGCCTAACTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAATGAGTGTGGCAAGGTCTTCACTCAGAATTCACACCTTGCAAGACATCGGGGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTTAGGCATAATTCATACCTTTCAAGGCATCAGCGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTATAATGAGTATGGCAAAGCCTTTAGTGAACATTCAAACCTAACTACCCATCAGGTCATCCATACTGGTGAAAAACCTTACAAATGTAATGAGTGTGGCAAGGTCTTCACTCAGAATTCACACCTTGCAAGACATCGGAGAGTTCATACTGGAGGTAAACCTTACCAGTGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTTAGTCAAACATCAAAGCTTGCAAGGCATCAGAGAGTTCATACTGGAGAGAAACCATATGAGTGTAATCAGTGTGGGAAAGCCTTTAGTGTCCGTTCAAGCCTAACTACCCATCAGGCAATCCATACTGGAAAAAAACCTTACAAATGCAATGAGTGTGGGAAGGTCTTCACTCAGAATTCACACCTTGCAAGACATCGGGGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAAGCCTTTAGTCAAACTTCAAAACTTGCAAGGCATCAGAGAATTCATACCGGAGAGAAACCATATGAGTGTGGGAAACCCTTTAGTATCTGTTCAAGCCTAACTACCCATCAGACAATCCATACTGGTGGGAAACCTTACAAATGTAACGTGTGGAAAGTTCTAAAGTCAGAGTTCAAACCTTGCAAGCCATCACAGAATTCATAGTGGAGAGAAACCTTACAAATGAAGGTGGTAACTTTTGCAGTTAGAATTCATTCCTTTGACAACGTCAGAGAATTTATGCCTGAGAGATTCCTTGAAAATGCAATGACTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGTCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATGGCGAAACCCCATTTCTACTAAAAGTACACAATTAGCTAGGCCTGGTGGCGTGCGCCTGTAATCCCAGCTATATAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCAATGCACTCCATCCTGGGCAAAAAGAGCAAAACTCCATCTTAAAGGAAAAAAAAAAAATGCAATGACTGTGGCAAACTCCTCATGAGTTCAAGTATTAATAGACATCCAAGAGTCCATAATAATGAGAAATCACATAAATGTACTGTGTGTGACAGAGGCTTTATTCAGGCCTCACAGCTTTGCAGGCATTAAAATCTACGTATTTGATGGAACCACACAAATGTAATGTGTAAGAGCATCCTGAAGCTCTTACTCTAAGACTGTAACTGTAGGTGAGGATTCATACAAAGAGTGACTCAGTCTCTAGTTCTTTGATTCACTTTTAAAATGATAAACTGCACAATAATTACACGTTCCAATATGGTAAAACTTAAGACATTATATATTTCAAAGGTCAAAGGACATTTGGAAATGGCTACTTACCTTCAGGTTATAAAATCTTTTATTCCATTGTTTGAGGTTTCTCAAAAAGGCTACTGTTTGTGACTTTCAACCTGAACTATGGATCTGTGGCTATTTTGCATCCTTAAGCACCTTTCGTGGTGCCTATCTGGGAAAGAACCACAGTATGGAAAGGCTTACTTCATTACATGAGGATCATTTTTATCCATGTTTATTGAAGAAGGAGGACTCTGCCTTGTAAAATTAAATATTCTCTCAATTGAGAGACCATGGTTTTGGGGCAGAAAATAATGTAAAACTATGATATCAATCATCATACTGATTGTGTTCAGGGTGCTTTTCTGAGAGAAAGACACCATGGGTTTTAGGGAAGTAAGGCTCTACCTGCATTGAGCAGGCCAAGACCTCAGGACACTGGAATTTTTATGAGAGGAGAGTAATAAGTTATTAGTGACTGATTATGTGATGGGAATAGTGCAGGGGAAATGGTTGCCACTTTCTCTACTGAATGGCAATAGCTGTTTTATAGCAGAGATTGATGAAAAATAGGCTTATTTTTGAAATTGAAGAGGTAACAGTTATTAGAGTGGAGAGCTTGGTCAGAAAAACCAGAATACCATGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTAGTAGAATTCACACTAATTGCTGGAATTACATTTTGCTACAGTTTTATTAAGAATGTGTCACAGACATAATGTTTTGCTAAAAAAAATTCAACGTTTTCTTATAACTATAAACAAATCACATTCTTTGTACCAACATCATTTTATCCTACCTCAGTAGGATACTTCATAGCAGATAATAACAATACACTCAGTCTTTTAGGTTGGAGGATGTAGAACAATTTTTTTTTTCTTTGTGGAATCAACATACAATTTTGGGAAAATGTAATCATACTCTGCACTTGAATTATTCTCTCTACACTCTGCCTTAGAATATTTATATGGATATAATGAAAATCCCATAGAAAGTGCAGTTTTCATACTCTTACACTCTGAAAGCTGCCACAGTGTTGGTGAATATATACCATATTATATTTTTACATGCTTGTGTGCTAAATAACTATGGCATGCATCTTTATTTACATGAAGTGAAAATACAAATATAGAAAGTGTATGGGCTGGGTGTGGTGGTTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGAGAGCCCAAGGCAGGGGGGTCACTTGAGTCCAGGAGTTTGAACCAGCCAGGACAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACAAAAAAAATAGAAATATTACCCAGGCAGGGTGGCTCATGCCTGTAGTCCCAGCTCCTCAGGGAGACTGAGGCAGGTGGATCACTTGAGCCTGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACCCTGTCTCAAAAAAAACAATTGTATGAAAAATATTGGCTGGGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGCCAAGGCGGGTGGATCATGGGGTCAGAAAATCGAGACCACCCTGGCCAACACAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAAATACCAAATATATATATATTGGTTGGATGTGGTGGCATGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGAGAAAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAATTATGAAATTATAAATAGTGCAGAATAACAAAAATAACACTAAGAATGCTATGCTCACATAATTTGACAAGACTAATATTCATGAGTTTCCTCTTAAAAATGAACATATATAATGGAAATTTTGTTTTTGTAGGTAAACTAGAAGTTTCATAAATTTAGCCTTATCATGTTTTTGGTAATGTTAATTTGTCACCTCTCCACAGGAAGTGTATTGAACTCCATTTACAGTTTGGTTTAGATATGGAAAATGA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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197937:ENST00000334197:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.040 A=NA C2=0.132
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains