HsaINT1047650 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000183850 | ZNF730
Description
zinc finger protein 730 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:32470]
Coordinates
chr19:23116975-23134206:+
Coord C1 exon
chr19:23116975-23117176
Coord A exon
chr19:23117177-23134079
Coord C2 exon
chr19:23134080-23134206
Length
16903 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGA
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
TGTTTGTTTGTGTTTTTCAGGGA
3' ss Score
11.55
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAGCGTTGACATTTAGAGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGAGGAGTGGCAATGTCTGGACACCGAACAACAGAATTTATATAGAAATGTAATGTTAGATAACTACAGAAACCTGGTCTTCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000183850:ENST00000597761:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains