Special

HsaINT1047651 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000183850 | ZNF730
Description
zinc finger protein 730 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:32470]
Coordinates
chr19:23135948-23147219:+
Coord C1 exon
chr19:23135948-23136043
Coord A exon
chr19:23136044-23145270
Coord C2 exon
chr19:23145271-23147219
Length
9227 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GTTATTTTTATTTCTTTCAGTTA
3' ss Score
8.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTGCTGTCTCAAAGCCAGACCTGATCACCTGTCTGGAGCAAGAAAAAGAGCCTTGGAATTTGAAGACACATGATATGGTAGCCAAACCCCCAG
Seq A exon
GTAGGTGACAGTAAATACAATACACAAAACTGATAAGAGATCTATAGTTTAAAAAAAGAAAAAAAACCAGTTTTTAAAATAATTTGGGAAGCTGTTTTACAAAGGAAATAGTTTCTGTTTCTTTTTATTTATTTTGCTTTTTATTTATTTTTTTTCCTCTCACATAGAAGCATCTTTTGTTTTATCTTTTTTAAAATCTCTAAAAATTCTTTCCCTTTGGTAATCTTACTTTACAGTGAGAGCCAAAGTCCATTTCATGGCATATAATAGACTGCACAATCTCACTGCTTTTCCATTGTTTCTGGAAACACACAGATATTTGAATAATTTTGAGAAACTCTATGTTGAACTATTTTTATTTTATTTATTTATTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCACTATCACCAGGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGTCTCTCGGATTCATGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGATTACAGGCGTGCATCACCACACCCAGCAAATTAAACTATTTTTTAAGTTATCTTTTTGCATTATGTCTGAAATGTGTGAGAATAGTGGTTTCTGTTTCATTTATTTATTGCTAATTTTTCTGCATATTCCATGCCGTTTTATTACTATAGTTTTGAAATATAGTTTGAAATTATACAGTATGATGTCCTCCTGCTTTTTTTTTTTTCTTTCAGGATTGCTTTGGCTATTCAAAGTTTATTGTAGTTTCATGTAAATTTTGGAATTGTATTTTCTATTACCTTAAATAACTGGAATTCTGATGGGAGTTTATTGAATCTAGAGACACCTTAGATAACAAGGCATTTTAGCCTGGGCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCATGAGGTCAGGAATTCCAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGACGTGGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGACAGGAGAATTGCTTGAATCTGGGAAATGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGTGCCACTGCACTCCATCCAGGGCAAGAGAGTGAGACTCTGTCAAAAAAATAAAAATTAAAAATAAGGCACTGCAACAATATTTATTCTTTCCATTAATAGACATAAAATATTTTTAAATTTATTTGTGTCTTCTCTAATTTTTTTAATTGATATATCTTTCATTTAAAATATTTTTTAGTTCCTTGGTTAAATTTGTTCTCAGAAATTTATTTTAGTGCTATTGTAAATAAGGTTACTTTCTTTCTATATTTTATCAGATAGTTTAAGTGTATGGAACCATAACGTATAGTTGTATGTTAATTTTCTATTTGCTAATGTATTGAGTATAATTATTACTTTAATCAGGTTTTAATGTACTGTTTATGGTTTTTTATATATAAAGTCAAATGCTCCAGAACCAGCAGCTTCTTACTTGTCTTCAATGTCAGTGACTTTAAAAATTTATTTTGACTAATTTTTCTGCCACGTACCTTCAGTGCTATGTTTAAGTAGAAGCATTGAGAATGGGCACAATATAGTTTTGCTTTGTTCTCTGTGAATTTTAAGAAGCAAACACCTCTTCAGGTTTTTATAAACTGGCTTCAAGATGTAAAGATATTCTTTTGTTGGGTGCCCAGGGTGATAGAATGCCCTCTGGGCTTATAGTGGAGAGGGGTTGTAGCTTGGTAACAAGGCTGCTGGGTCTTCACTGGGGTCCAACTTTAGTTGACTTGTTACAAGGGGCTTGGGTAGTTATAATTCCCATTATATTTTTGGGCAGAGTGAATATCCTTTAGGACTTTGCTCTGTAGGGTAGACACTAGGGCAGGTTTCTGCAATTGGTTGTGCATATATGGTGGGCTTTATATCAAAATGTAGATGAAAATGGCTTTCACGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCCGGCTAAAACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCCCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAATGGCTTTCACTGGGTACCAGAAAGGATTTCCCCAGGTCTCTGTGTGGGTTTCCATGTAGGTAGAGCTGACCATGAACTGTGGCTCAAAGAGCTGGAACTGAGTCATGCAAGTGCTTCGGGGAAGACAATAAGGACCAAGGTCTGCAGTCTTGTCTGTGTGGCTATAAATGAGTGTCTTTCTCCAGGCCTCTGAAAAGGCAGGACCTCTTCCAGACTTTGGCTGGGAAGAGTTTTGGATGGTTTCAGAGTAAGTTCAAAATTCTCAGTGGGACCAAGTTGGGTGGATAATTTTCTGGTCTGTAGCCAAGAACAGGGGTCCTGTTGTTTGCCACCTGAATGAAAGCCTGCCTTCTAAAAAGGATGCTCCTCAATCTTGGGCATTAGCAGAGTTTCACAACTTCCTTCCTGAATCTCAGAGCTCTCTTAAAGGCACTTATTTTGGAGATGGGGTCTTGTTACATAACCCAGACTAGTCTTGAAATCTTTGCCTGAAGCAATTCTTCAGCCTTAATGTACCATGTAGCTGTCATTACAGGTTTGAGCCATGATGCCTGTTTCTCTCATAAAGGCATTTTTTTTCAGGGATTGCTGACAGATTTTCTTGCTGTAGGAAAATAAGCAAATAGGGCACCTTTTATTTTTCCATCTTACTGATGTCACTCTCCCTGTACATTTTTACTTTCTATTTCAATTTTGTGTGTAATTTTAGATTGAAACATTTAGGGAAATATACTAGAATTGACATGTTATGTCTGAAGTAAATTAGATAATTAGTAGGCAGGCAGGCAAAAAGAAATAGACAGGCAAAATGGAATTATAGGATTTTCACCCATGTTTGTCAGCCTATGTCTAAAAAATAACATGATTTATTCTCAAATATTTGGTTTATATATCAGAGATCCTAACTATATTCTGCAAAAAATATATTTTTTTTTCTTTATTTAGCATTGTAAAGCTATTCTTTGCTTCTAAGCTTGGATTACAGCAGTTTCATTTTGTGTATAAATAGCATATATTTAAAACTTAAAAATTATTTTTAGTTTCTTTTAAATGTTTATCAAAAGTTTTTCATAGAATCTTCTATTTATAATTATACTGCATTTTATCTGAAATTTTACTACCATATAGTGGATGCCAGTGATTCAAAATACCTTTCCTCCATGAGTACAGTTTCAGTCTAATATTGCATTATCTAGACAAACTCTTTTTTTGTTTTTATTTTTTGTTTTTTTCTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCCCTGCAACATCCACCTCCTGAATTCAAGCAATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAACTGGGACTACAGGCACCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCTTGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGCTCCACACACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGTGCTCAGCTGACAAATTCTTTTTAATGCTACATCAACGTTGCATACCAGATTTTATGAGTAAGCATTTCTGTTATTATTGTTTTGCAGTTCCATATCAGTGTGTTTTTTCGGTGTGGGTTTCCTAATATCAGTTTATTGTGTTTGCTGGTTTTACAGTTTTAGGCGGTTTGCAACTCTGTTTGTACATATAAGTCAATGTGGGATATAATTAAGAGATAAATCAGCCATATGTTTATCACAATCAGATTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATCTATAAATATGACCCCTACTTTGGTTATGGCACATCTTATATATTTTTTTTTCTCAGCAGATTTTCCATGGTGTTTTTTTCTTGTGTAAGTGAGTAGTCATGAAAGTAGTTTTATTTTCACCTTGTGTTTAATAATAAATATTTCCTTTGAGAAAAACACTTTTGTGACTTGAAGGTCATATTTGAAAAAATTTATAATTTTGTATCTTTTAATTTATTCTTTTTAAAAAATAGATTGGTTGTGGTGGCTCGTGACTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTATGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAGACCCCATCTCTACTGAAAACACAAAAAATTAGCCGAGTGTAGTGGCGTGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGACAGGAGAATTGCTTTAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAAGTAGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAAAGCAAGACTCGGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGTAAAAACATATAACCTAAAATTTACCATCTTAAAACTATTTAAGGCCGGGCGTGGTGGCTCACGTCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCTGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTCACCAATATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTGGCCAGGCATGGTGGCCAGTGCCTGTAGTTCCACCTACAGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTCAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCTAGATTTTGCCACTACACTCTAGCCTGGGTGACAGAGCGAGATTCTGTCTCAAAAAAAAACTAAGTATTCATTTCATGGCCAGTCATGGTGGTGTTTCACATCTGTAATCCCTGGATATTAGGAGGCTAAGGCAAAAGGATCG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Seq C2 exon
TTATATGTTCTCATATTGCCCAAGACCTTTGGCCAGAGCAAGGCATAAAAGATTATTTCCAAGAAGTCATACTGAGACAATATAAAAAATGTAGACATGAGAATTTACTGTTAAGAAAAGGCTGTAAAAATGTGGATGAGTTTAAGATGCACAAAAAAGGTTATAATAGACATAACCAGTGTTTGACAACTTCCCATAGCAAAATATTTCAGTGTGACAAATATGTGAAAGTCTTTCATAAATTTTCAAATTCAAACAGACATAAGATAAGACATACTTCGAAGAAACCTTTCAAATGTAAAGAATGTGGAAAATTATTTTGCATTCTTTCACACTTAGCTCAACATAAAAAAATTCATACTGGAGAGAAATCCTACAAATGTGAAGAATATGGCAAAGCCTTTAATGAGTCCTCAAACTGTACTACACATAAAAGAATTACTGAGAAAAAACCTTACAAATGTAAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAACTGGTTTTCACATTTTACTACACATAAGAGAATTCATACTGGAGAAAAACCCTACCAATGTGAGAAATGTGGCAAATTTTTTAACCAATCCACAAACCTTACTACACATAAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAACCAGTCCTCAAACCTTACTGAACATAAGAAAATTCATACTAAAGAGCAACCATACAAATGCGAAAAATGTGGCAAAGCTTTTAAGTGGTCCTCAACCCTTACAAAACATAAAAGAATTCATAATGGAGAAAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCGATCCTCAACCCTTAATAGACATAAGATAACTCATACTGGAGGGAAACCCTACAAATATAAAGAATGTGGTAAAGCTTTTAACCAATCCTCAACTCTTACTATACATAAGATAATTCATACTGTAGAGAAATTTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAGCCGTATCTCACACCTTACTACACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAGAGCTTTCAACCAGTCCTCAACCCTTACTACACATAAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCGGTCCTCAACCCTCACTACACATAAGATAATTCATTCTGGGGAAAAAATCTACAAATGTAAAGAATGTGGTAAAGCCTTTAGGCGGTTCTCACACCTTACTAGGCATAAGACAATTCATACATAAAATTGTAAAGACTGTGGCAAAGCTTTTAAACAATCTTTATACCTTACTACACATAAGATAATTCATACTGAAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCAGTCCTCAAATCTTACTAAACATAAGGTAATTCATACTGGAGAAAAACCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGTCTTCAACCAATCTTCACACCTTACTACACATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAGTGTGAAGAATGTGACAAAGCCTTTAACAAATCCTTAATTCTTAACAGACATGATTCATACCAGAGAGAAACTCTACAAACCTGAAAGTTTTAACAGTGCTTTTGACAACACCTCAAACTTTTCCAGATGTCAAAGAAATGCTGGTGAGAAATTCTAGAAATATGAAGAATGTGACAAAGCCATTAAATTGTTGTCACATTTAATTGTAGGTAAGGTGATTCATACTGGAGAAAACTTCTACAAGTGTAAACAAAGTGGCAAAACTTTTAACCAATGCTCACACTTTATTGCACAGGACATTTATACTTGAGAATAAATATACAAGTGTAAAGAAAGTGAAAACCCTATTAATATCTGCTCACATCAACTCAACATCAGAGTTCATACTTAATAAAATCATTAAAAGTGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000183850:ENST00000597761:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.052 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1)


Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains