Special

HsaINT1047675 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000196597 | ZNF782
Description
zinc finger protein 782 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:33110]
Coordinates
chr9:96827080-96845016:-
Coord C1 exon
chr9:96844890-96845016
Coord A exon
chr9:96827182-96844889
Coord C2 exon
chr9:96827080-96827181
Length
17708 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGC
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GCTACTGCTTTACAAAACCAGAACTGATCTTCACATTGGAACAAGGAGAAGATCCATGGTTATTAGAGAAAGAGAAAGGATTTCTAAGCAGGAACTCCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196597:ENST00000481138:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.136
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains