HsaINT1047678 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000267254 | ZNF790-AS1
Description
ZNF790 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27617]
Coordinates
chr19:36801876-36823821:+
Coord C1 exon
chr19:36801876-36801933
Coord A exon
chr19:36801934-36823730
Coord C2 exon
chr19:36823731-36823821
Length
21797 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAGGC
5' ss Score
5.3
3' ss Seq
TATAAATCCCTCTGTTCCAGGTC
3' ss Score
9.97
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCTGCGCCTGGATCCCTCAGCAGTGAGGAGACCTGAAGACCAGAGGAAACACAGCAA
Seq A exon
GTAGGCCCTTTAAACCACTCACCTGTGTTGTCTTCCAATTTATTCTGTTTTATTTTGTTTCCATCATTTTAAGGGGTTAAAATCATCTTGTTCAGACCTCAGCATATAAAATGACCCATCTGTAGACCTCAGGCTCCAACCATACCCCAAGAGTTGTCTGGTTTTGTTTAAATTACTGCCAGGTTTCAACTGCAGATATCCCTGGAAGGAATATTCCAGATTCCCTGAGTAGTTTCCAGGTTAAAGTCTTATAGGCTTCTTCTGTTTTGAGGAGGAGTTCCTGTCAGAGAAAAGCCTGATTTGGATTTTTAACTTTAATGCCTGTGAAATGCTATAAAAAATAATTTTCTACCCCTAACATTAAAGTACTGTTAGTGAGAAATTAAAATTCCCTCAGGAGGATTAAACTGCCATTTCAGTTACCTGAATTCCAAATGTTTTGGTTGTTAGAATTTTCTTTAATGTTCATGAGGAAGTGTTTTATATTTTCTATCAAGATTAATTCTCTTTTTTTTTTTTTTTAGACGGAGCCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGTGTGTAGTGATCTCAGCTCACTGCAAGCTCCACCTTCCGGGTTCACACCATTCTCCCACCTCAACCCCCGGAGTAGCTGGAACTACAGCCTCCTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCTAGGATGGTCTCGATCTGCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTAAGCCACTGCGCCTGGCTGTTTTTTCATTTCTATTATGATTTGTCCTGTGGAATGTCAGTGACTTAGCGGTATTTTTATCACACGTTTATAAAGCTGAATAGTTTTGTATGTCAGCTCAGCACCCTTAGTGTCAGCCATGCTAGTCTCCTGCTGTGCATAGATCGAGGCCTGTCCATACCCGAATCTCCTGGGTTCCCACTGTCAGCACCTGAAGGTACCCACCAGATGTGTCTGTCACTTCCCTACATCCACCTCTATTGTGGTTCTCATGTTTCTGCCTCCCTAGAGACCATTTCTCTGTAGAGCAGCGCTTTCGAATAGAAATACAATGCCAGACACATAAGTTGTTTTAGATTTTCTAGTAGTCACTTTAGAAAAGTTAAAAAGAAACAGGTGAAATTAATGTTTTATTTCACCTAAAATGTTAGCATTATCCAAAATATCACTTCAACATCTTATCAAAATAAAATTATTAATGAGATTGGTTACCGTTCCGATAAATAGGTGAACTGAGAGCATACACAGTAGTATTCTGTTCTAATTTCTGCTTCACTGTGAGTGTCTTGACATAGTCTTAAAAGAGTATTGCTGTGAAATATTATACATGTAACTCATAACCTCTACAATTCTGCAGTTGTAATTGGTTGTCTTACCTAATAATCAGTTGCTTTGCTTCATAATATTTAAATTGGCATCTCTATTTTCCAAAAGGCATAAATACTAGTATAGTTTTTTAGTTAAGCCAGGAGAAAGTTCACTTTATTTACATAACTTATACGTAAAAATTTAATAAATCTCCCTGCTTCTTTTCTTTTGCATCATAACAACCACTGAAAATAATATTTCTATGGCAGTTGGGGGTAAATGGACAATAGCTTTTGTGACCAGAGGTGAATGGCCCAGGGTCTCCAGCACTCCAGGTCCCACTGAGCCTGCCCCACAGCTGAGGGCATCGGTATTTCCACACACCTATAATGTACAGTGCCCCAGAACAGAGATCGGATGCTCTGCTTTATTCAGATGGGGTGTTGAGAGTATTGTCATTGTAATTGAATTAGTAAGTAAGTATTTATACACTGTTAAAATCTGGTTGGATTTGTGTCCCTTCACAAAACAAATTGCTTAAATGAAACCACAGAGTTAACATAATTGACTACATCTGCTTCTATGAGCTGCTGTTCTAACATTTAACTAGAATCTAATTTGAAATTAGTCAATAAAAAGTTTATTCAACTGAATTATATTTAGACTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTAGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCTTCTCCCGGGTTCAGGCGATTCTCCTGCCTCAACCTCCCGAGTAGGTGGGATTACTGGTGCCTGCCACCACGCCCAGCGTGAAGCACTGCACCCGGCCTTCATAGATTATTTTACTTTATTTTAGTTACTTATTTTTATGACTTTATTGTTATAAAAATGCTTGTTTTTAAAAAAAATCAACCAGTATAACAAAGAACAAAGAAGATAATCAACAAGCATTCCCACCTCCATGATTTAGAAATAACTGTCATCAATACAGGAAAATACCATGCCATTCTTTCTCCTCTAGGCACATGGACAGACAGATAGAAGGATGGGAAAATAGATAGATGGTCCAGGCACAATGGCTCACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGTGTGGATTACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTAGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTTATAATACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGGCCAGGAATGGTGGTGGGCTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTATGCCATTGCACTCCATCCTGGACAACAGAGTGAGACTCCTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACAGTTGATGAAGGATGGATAGACTAAAACAATGCTGCATTAATGAGGCTACGATAGTGCGTATTTGTATAAAAAGCATTAATTTGCATTTGTTGGCATTTTGAAGCTCTGTTGTTGGATGCATACACATTTAGTATCTATATGTCGTTATGATTTGTAAATCATGTAATGCGTCTCTTTACATAATGATTTTTAAATTATTTTGTAATGTTTCTCATTACGTTATGTAATGCCCTTATTAACTTTCCTTGGAAATCTTTTTTACCCGTTATCCATACAACCACTCTTGCTTTCTTAATACTGATGTTAGCATGATATACCTTTTTTCTTTTGTTCGTTTTTTATTTTAACTGTCAACTTACCTATGCTGTGTTTGAAGTGAGGTTCTTGTACGTGGCATGTAGTTGGGTTATGTTTTATTTTATTTAAACTGCCATCTCTGTCCTTTACATCAAAGGTAAATTGATGTTCTTAGACCACGTACCTTTAAAGTAATTCTTGATGTGTTAAAGCTTAATTCTGCCATTTTATTATTTGTTTTCTGTTTGTTTCCTGTTTCCCTGTTCTAGTCTTCCACTGGATACTTGATCACTTTTAAAATTCCATCTTGTTTAATTTATACTGTATTTGAGTATATCACTTACATAGTTCTTTTGGTGGTTGCTCTAGGTATTACAGTATATATCTATAACTTAGCCTATTGCTATCCACATTTAAGTACTTGCAGTGGAGCATTGAAAACTTACTTTCATTTAGGTCTTTACCCTCTCTACCTTTTAGATATAATTGTTTCCAATGTTTCCTTTTTCATATTGAGCATTCCAACATATGCTTTTATAATTTTTGCTTGAGTCATCAAATATGATTTCAGAAATTCATAAGAAGGAGATTCTTACGGCTTTGTGGCCCTAGATATACTGCCTGTAGTATACTGACCAGTGGCTCCAGACCTCTTTTCTTTGGTGGGAGAGGGTCTGGCACTTGGGTGGGCCTTGCCAAAATTTTCTTTCTCTGTTGTTGACCATCATCTCCCTCTGAAGTTTACTGCCTGACCTGTTTCTGTGTTTGGTTACTCCAGGTGAACTTGTGCTATTTCTGTTGTCTTTAGGTTGAGAGTGGTAGAACTTTTTTTTAACTTCATTCTATCATCTTTACCCCAAAGTCTTACATTTTTAATAAAATTAAAAGCCACCATTTTTGGTCCTTTGTCAGTGACAGCTATCTAAAGAAAGACATTAGCAGCTTTTTAGATATTTAAGGAAGTTTCTGTCATTCTTTGGTTGTCATATCTTTAGGAAACATTTTTTTCCCTAAATTACTCCAAATTAAATTAATCCTACAGTTGGTCTAATTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCATTCTGTAACCCAGGCTGAAGTGTAGGGGTGGAATCATAGGTTATTGCAGCCTCAAACTCCTAGGCTCAAGAGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGAACTGCAGGTGTGCACCGCCATGCCTAGCTAATTTAAAAATTTTTTTGCAGAGGTGGGGTTGGGTCTCACTATGTTGCCCAAGCTGGTCTCAAATACTTGAGCACGAGTGATTCTGTTACCCTGGCTTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGTATGAGCCACCATGCCTGGCCCAGTTACTTGCTTTTTAAATAGCTCAAAAGTTTTTCATCCTTTTAACCAAAGTTGCCAAATCTAAAGCATTATTCCTTTTGGTCATCAAGTAGAGGAATGGATGAATATATTTCAGTTTGCTTATTACTAAAATATGTTAGTAATAGCATATTTTATTCAAATCACTGCATATTAGCTCTGTCTTATTTTCCATTTTCATGACAAACACACCCAAAGCTCAGCTCACTGTATTTACTTTCTTTTCATGATACTGTTTGCTAAGTTTTTTCTGTTTGCTTCACCATATTTTGAACAATTTTCTATTAAACTAGGATATTTTAAAAGTTTGCCTTTTCAGGCCGGGTGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCAGGTGCCTATAGTCCCAGCTACTCGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCG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Seq C2 exon
GTCCAGGCACTCCCACTCCTCCTGAGAGAAATCTACAGCCACATCCCTGAACATCATCAACTGTTGGAAAGAATAATTCCAAGTATTAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000267254:ENST00000588906:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains