HsaINT1047788 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000186814 | ZSCAN30
Description
zinc finger and SCAN domain containing 30 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:33517]
Coordinates
chr18:35251068-35263657:-
Coord C1 exon
chr18:35263513-35263657
Coord A exon
chr18:35254382-35263512
Coord C2 exon
chr18:35251068-35254381
Length
9131 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
CTTTCTATTCACATTTTTAGATG
3' ss Score
9.58
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGGCAGGATGGTGGCTGGCAAAGTGTTGATGGCAAAGCAAGAAATTGTTGAATGTGTAGCCTCAGCAGCTATGATATCGCCGGGAAAACTTCCTGGAGAAACACATTCCCAACGGATAGCTGAAGAAGCTTTGGGAGGTCTGGACAACTCTAAGAAGCAAAAGGGAAATGCTGCAGGGAACAAAATCAGTCAGCTTCCTTCCCAGGACAGACATTTCAGTCTGGCAACCTTCAACAGAAGAATCCCCACAGAACACAGTGTCCTTGAATCTCATGAGAGTGAAGGAAGTTTCAGTATGAATTCAAATGATATTACACAACAGAGCGTTGACACTAGGGAAAAGCTCTATGAGTGCTTTGACTGTGGGAAGGCCTTTTGCCAGAGCTCAAAGCTGATTAGACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAGACCTTATGCATGTAAAGAATGTGGCAAAGCCTTCAGTTTGAGCTCAGACCTTGTTAGACATCAGAGAATTCATAGTGGTGAAAAACCCTATGAATGTTGTGAATGTGGAAAAGCCTTCAGGGGCAGTTCAGAGCTCATCAGGCATCGGAGAATCCACACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGTGGAGAATGTGGGAAGGCCTTCAGCCGGAGCTCAGCCCTTATTCAGCATAAGAAAATTCACACTGGAGATAAAAGCTATGAATGTATTGCATGTGGTAAGGCTTTTGGTAGGAGTTCTATCCTTATTGAACATCAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCTTATGAATGTAATGAATGTGGAAAATCCTTCAATCAGAGCTCAGCCCTCACCCAGCACCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGTAGTGAATGTAGAAAAACATTTAGGCATAGGTCAGGCCTTATGCAGCATCAGAGAACACACACCAGAGTTTAACTCTGTGGGTAAGAGTTGTACAATTGTGAAATGCAAGGAGTTCACTGTAGGGGTGAGACTCCACAGAAAAGAAAAGTTTCCTGAGAGCAGAACTTCTGTCCTTCCCTCCCAGTTCGGTACTATAAGAAGACATGCACACAAAGATGTTTGTTATGATTATTGAAGTGTTAAATGGAAGAAAAATGTTACCCAAGTCTTCTCCAAAAAGAATGGTAGATATTTCCTTGAAATGCCTAACCCATTTCTGGATGAGACTCATCAATATCCCCTTCACTCCACTCTCTGCCAACTCAGATATAATTTCCATTGGGCACCTTCACAGTAATGCCAGGATTGGGGCAGAGATCCTGAAAGAGCTTCTTATAAGATGGCAAATGTGCCTGGCAAGAGCATTTGTATTTTGTCAGGTGGAGGCATGTGCTGAGAGTTATTCAACTATCTGAAATGTTGAATTTGGAGGTTGTGAAAATATTGAATTATGCTATTAGTTTAATAATATCTGAGGCAGTAAAATAGTACCTGAGGAATGGTGCCTCATTCTGCCCCCTTGCCAGTTGTCTCCTCAATCCTGAGCTTCCTGCTGAGGTTAATTCAAGTCTACTAGTTTATTGAGCACCTGCTATGTGCTAGGCATTGAGGTAGACCTGGTCATTGCCCTCCCAGAGTTAAGGGCTAATAGGATATGCATATATACTAAACAGTAATTACAGTAAAGTGTGGTAAGTGCTTTGGTAGGAAAAATGCGGGTTTCCATCAAAGTACATGGCAGGGATACCTAAATCTGGTCTATGAGTCACTAAAGACTTCCTGGATATGATGGTATCTCAGACATAAAGGTGGGTAGAAGGTAGCAAGGGCAGGGGAGAAGAGAACAGGATCTGGAGACACTCCATGAAGACTCTTCTCTACTGCAGAAATTGTCATAGACCTAATTTTTAAAAAAATGAATCTGAAGGAGTAATTCAACAAATATTTATTGCCCTCAAGTATAATAGCTCAGGGCCTGCAAGCCTGGTAAGGAGGGGTGTGGGCAGGGAATGGGGAATAGCAGAGCCTGGGAAGGCAGATCACCGTGTTCCTTTATACTTCCCACTGCCTGAGTCCCAGAGTCATGGGACACAAACACTCCAGTCCCCACTGTCTCTCTAGCCTCTGATATGCATTCTTTCCCTGTGTATATACATGCCTTTTCCCATAAAATGCACCAGTCTCTCACCACACTAATTCTGAGTACTTCAGAGTCTCACAGGTCATTCTGGGTCTAGAATAGGCTCCCCAACTCAGTGATTATAAGTAGGAAGAGGAAAAGCAACACATGGGGATTCTGAGCCAGGCTTTATGACAACTAATTCCTGCTGGAGAGAAGAGTCCTGATGATGGGCTGTCTCCAGATCCTATCTTATCTTCATGCCATTGTATGGGCTATAACCTCTGCCTGTAACTCTCTCTGCTAATTTTTATTTTGGCAGTTTTAATTAACCCACAATTGCTGAGGGCAATTAATACCTAAAAGAAAGTTTGATTCCTCTTCTAAGATATCCTAGGTAGTGTCATTTCTAAAGAAGACTTGGTGATCACTGCTTGTATTAGTCCATTTTCACAGTGCTATGAAGATACTACCTGATACTGGGTAATTTATTAAAAAAAAAAAAGAGGTTTAATTGACTGACAGTTCTGCAGGGCTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTAAATCATGGTGGAAGGCGAAGGGGAAGCAAGCACCTTCTTCACAAGGTGGCAAGAGAGAGTGCAGGGGAAATGCTAGGCACTTATCAATCAGCCAAATCTCATGAGAATTCACTATCATGAGAACAAGGGGGAAATCTGCTCCCATGATCTAATCACCTCCCACCACGACCCTCCCTCAACACCTGGGGATTACTATTGGAGATTTGGGTGGGGACACAAGAGCCAAACCATATCACTGCTGTTGTGGGTAATAGGGGAGGTGAAATTGGGGGGACAATTCGGCCTCTTTGTGTCCAGAGGTTGTGCAGTTATCGAGTGAGGTCGATCAGAAGTCTAAAGGGATCTTTCAAATGGATAGTGAGTTGCCTTTTCCTATAGGTGACAATCAGAGATTTAATGTTTTAAGTATCATATAATAGGTTTTTCTCCTGATTGTGAATTGTAAGTGTTGGTAATACAGAAAATGAGAAAGTATAAACCACCCCCAATCCCAATGCCCATAGAAACGTTGTTAACATTTTGGAGTACTTTCTATTAGTGTTTATTTTTCCCAATCCTAGTATTTTTAGTAAAACTACTGTTTAGTAAATGATTTTTGGTAACTAATTTCAAAATTTATACTTCAACCGTTTATTATTAGAATGTAATGCAAGATGTATTGCAATAAAACTTGAGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000186814:ENST00000420878:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.777 A=NA C2=0.297
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0202312=SCAN=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains