MmuINT0036743 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000064302 | Clasp1
Description
CLIP associating protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923957]
Coordinates
chr1:120457588-120467576:+
Coord C1 exon
chr1:120457588-120457694
Coord A exon
chr1:120457695-120467425
Coord C2 exon
chr1:120467426-120467576
Length
9731 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTAAATTATAGCAT
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CATGCTGGACTATGATACAGAGAACCTGAACTCTGAAGAAATCTACAGCTCTTTGCGTGGAGTTACAGAAGCCATTGAAAAGTTCAGCTTCCGAAGCCAGGAGGATCTAAATGAGCCAATCAAACGAGATGGCAAGAAGGATTGTGATATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000064302-Clasp1:NM_177548:30
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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